Tracing Binding Modes in Hit-to-Lead Optimization: Chameleon-Like Poses of Aspartic Protease Inhibitors
作者:Maren Kuhnert、Helene Köster、Ruben Bartholomäus、Ah Young Park、Amir Shahim、Andreas Heine、Holger Steuber、Gerhard Klebe、Wibke E. Diederich
DOI:10.1002/anie.201411206
日期:2015.2.23
on the binding geometry. We present an example in which minor chemical modifications within one inhibitor series lead to surprisingly different binding modes. X‐ray structure determination of eight inhibitors derived from one core scaffold resulted in four different binding modes in the aspartic protease endothiapepsin, a well‐established surrogate for e.g. renin and β‐secretase. In addition, we suggest
基于结构的药物发现中成功的前导优化取决于对潜在的结构-活性关系(SAR)的正确推论和解释,以促进对下一个要合成的候选物的有效决策。因此,出现了一个问题,即需要多长时间进行一次绑定模式(重新)验证,以确保不被关于绑定几何的无效假设所误导。我们提供了一个实例,其中一个抑制剂系列中的微小化学修饰会导致出乎意料的不同结合方式。X射线结构测定来自一个核心支架的八种抑制剂导致天冬氨酸蛋白酶内皮肽中四种不同的结合模式,这是一种公认的替代物,例如肾素和β-分泌酶。此外,