2',3'-O-isopropylidene-5'-deoxy-5'-methyleneuridine | 148981-67-3

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机杂环化合物 - 二嗪类
• 英文名称: 2',3'-O-isopropylidene-5'-deoxy-5'-methyleneuridine
• 英文别名: 5’-deoxy-5’-vinyl-2’,3’-isopropylideneuridine；1-[(3aR,4R,6R,6aR)-6-ethenyl-2,2-dimethyl-3a,4,6,6a-tetrahydrofuro[3,4-d][1,3]dioxol-4-yl]pyrimidine-2,4-dione
• CAS: 148981-67-3
• 化学式: C₁₃H₁₆N₂O₅
• 分子量: 280.28
• InChiKey: HEJXMHNILXNEFJ-QCNRFFRDSA-N

物化性质

• 密度：
  1.342±0.06 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  0
• 重原子数：
  20
• 可旋转键数：
  2
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.54
• 拓扑面积：
  77.1
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  5

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  2',3'-O-isopropylidene-5'-deoxy-5'-methyleneuridine 在 9-borabicyclo[3.3.1]nonane dimer 、 双氧水 、 碳酸氢钠 作用下， 以 四氢呋喃 、 甲醇 为溶剂， 反应 25.0h， 以81%的产率得到1-(5-deoxy-1,2-O-isopropylidene-β-D-ribo-hexofuranosyl)uracyl
  参考文献：
  名称：

  在选定位置具有酰胺作为尿苷间键的 RNA 类似物的合成和性质

  摘要：

  已合成在选定位置具有酰胺核苷间键（AM1：3'-CH(2)CONH-5' 和 AM2：3'-CH(2)NHCO-5'）的寡核糖核苷酸类似物，并且由这些形成的双链体的热稳定性已通过 UV 熔解实验评估了具有互补 RNA 片段的类似物。研究了两个系列的具有 2'-OH 或 2'-OMe 邻近酰胺键的低聚物。单体合成子（3' 和 5'-C 胺和羧酸）合成如下： 对于 AM1 类似物的合成，采用已知的自由基烯丙基化序列，然后是双键断裂。为了合成 AM2 类似物，开发了通过添加硝基甲烷然后将硝基官能团转化为氨基或羧基的新途径。单体胺和羧酸偶联，然后进行保护基操作和膦酰化，得到用于寡核苷酸合成的二聚体 3'-膦酸结构单元。还制备了具有 3'-酰胺和 2'-OH 或 2'-OMe 基团的单体模型化合物，并通过 (1) H NMR 确定了它们的构象平衡。AM1 和 AM2 模型对北方构象异构体表现出相同的偏好（在

  DOI：

  10.1021/ja0360900
• 作为产物：
  描述：

  (3aS,4S,6R,6aR)-6-(2,4-Dioxo-3,4-dihydro-2H-pyrimidin-1-yl)-2,2-dimethyl-tetrahydro-furo[3,4-d][1,3]dioxole-4-carbaldehyde 在 Lindlar's catalyst 氢气 、 potassium carbonate 作用下， 以 甲醇 为溶剂， 生成 2',3'-O-isopropylidene-5'-deoxy-5'-methyleneuridine
  参考文献：
  名称：

  由尿苷合成尿嘧啶多氧合蛋白C

  摘要：

  据报道，从2'，3'- O-异丙基亚氨基尿嘧啶-5'-醛不对称合成尿嘧啶多氧合蛋白C（UPOC）的方法有所改进。此处描述的方法基于1-（β-D-氟呋喃糖基）尿嘧啶的高度非对映体控制形成及其轻松转化为相应的2,5'- O-环尿苷衍生物，这是对端基α进行立体控制形成的关键步骤-UPOC的氨基酸。

  DOI：

  10.1016/0040-4039(95)02116-7

文献信息

• Synthesis and oligomerization of cysteinyl nucleosides
  作者：Miklós Bege、Ilona Bereczki、Dénes J. Molnár、Máté Kicsák、Krisztina Pénzes-Daku、Zsuzsanna Bereczky、Györgyi Ferenc、Lajos Kovács、Pál Herczegh、Anikó Borbás

  DOI：10.1039/d0ob01890b

  日期：——

  for oligomerization, in order to produce new types of synthetic nucleic acids. We elaborated different strategies for the synthesis of cysteinyl nucleosides as monomers of cysteinyl nucleic acids using nucleophilic substitution or thiol–ene coupling as a synthetic tool, and utilised on two complementary nucleosides, uridine and adenosine. Dipeptidyl dinucleosides and pentameric cysteinyl uridine were

  已知核苷和核酸类似物具有相当大的治疗潜力。在这项工作中，通过将半胱氨酸与核苷偶联，我们成功合成了化合物，这些化合物不仅单体形式具有有趣的生物学特性，而且还可以用于寡聚化，以生产新型合成核酸。我们使用亲核取代或硫醇-烯偶联作为合成工具，阐述了合成半胱氨酰核苷作为半胱氨酰核酸单体的不同策略，并利用了两个互补的核苷，尿苷和腺苷。由单体结构单元制备二肽基二核苷和五聚半胱氨酰尿苷，
• Nucleic acid related compounds. 78. Stereocontrolled syntheses of 6′(<i>E</i> and <i>Z</i>)-halovinyl analogues from uridine-derived vinylsulfones via vinyltin intermediates
  作者：Stanislaw F. Wnuk、Morris J. Robins

  DOI：10.1139/v93-028

  日期：1993.2.1

  Treatment of the 6′(E)-tosylvinyl homonucleoside 1a with Bu3SnH/AIBN/toluene/Δ gave separable mixtures of 6′-vinylstannanes 2a(E/Z) in high yields. Stereospecific halodestannylations with N-iodosuccinimide, bromine, and N-bromosuccinimide proceeded smoothly to give the 6′(E or Z)-iodo(and bromo) vinyl compounds with retention of configuration. Chlorine or iodobenzene dichloride effected moderately

  用 Bu3SnH/AIBN/甲苯/Δ 处理 6'(E)-甲苯磺酰基乙烯基同核苷 1a，以高产率得到 6'-乙烯基锡烷 2a(E/Z) 的可分离混合物。N-碘代琥珀酰亚胺、溴和 N-溴代琥珀酰亚胺的立体特异性卤代脱烷基化顺利进行，得到 6'（E 或 Z）-碘（和溴）乙烯基化合物，并保留构型。氯或碘苯二氯化物实现适度立体选择性的氯去甲酰化。用 NH4F/MeOH/Δ 处理 2a 导致碳-锡键断裂，得到游离的乙烯基衍生物 4a。三氟乙酸水溶液同时实现了 2a 的蛋白脱乙酰基化和脱保护，得到 4b。用四乙酸铅/乙腈处理2a(E)并脱保护得到炔衍生物3b。
• Design and NMR characterization of reversible head-to-tail boronate-linked macrocyclic nucleic acids
  作者：Mégane Debiais、Alejandro Gimenez Molina、Sabine Müller、Jean-Jacques Vasseur、Ivan Barvik、Carine Baraguey、Michael Smietana

  DOI：10.1039/d2ob00232a

  日期：——

  Inspired by the ability of boronic acids to bind with compounds containing diol moieties, we envisioned the formation in solution of boronate ester-based macrocycles by the head-to-tail assembly of a nucleosidic precursor that contains both a boronic acid and the natural 2′,3′-diol of ribose. DOSY NMR spectroscopy experiments in water and anhydrous DMF revealed the dynamic assembly of this precursor into

  受硼酸与含有二醇部分的化合物结合的能力的启发，我们设想通过包含硼酸和天然 2' 的核苷前体的头尾组装在溶液中形成基于硼酸酯的大环化合物,3'-核糖二醇。在水和无水 DMF 中进行的 DOSY NMR 光谱实验揭示了这种前体以浓度依赖性方式动态组装成二聚体和三聚体大环化合物以及自组装过程的可逆性。NMR 实验值和量子力学计算进一步深入了解了这些大环化合物的糖折叠构象。
• Synthesis of 5′-functionalized nucleosides: S-Adenosylhomocysteine analogues with the carbon-5′ and sulfur atoms replaced by a vinyl or halovinyl unit
  作者：Stanislaw F. Wnuk、Pablo R. Sacasa、Elzbieta Lewandowska、Daniela Andrei、Sumin Cai、Ronald T. Borchardt

  DOI：10.1016/j.bmc.2008.04.017

  日期：2008.5

  Adenosine and uridine analogues functionalized with alkenyl or. uoroalkenyl chain at C5' were prepared employing cross-metathesis, Negishi couplings, and Wittig reactions. Metathesis of the protected 5'-deoxy-5'- methyleneadenosine or uridine analogues with six-carbon amino acids (homoallylglycines) in the presence of Grubbs catalysts gave nucleoside analogues with the C5'-C6' double bond. Alternatively, the Pd-catalyzed cross-coupling between the protected 5'-deoxy-5'-(iodomethylene) nucleosides and suitable alkylzinc bromides also provided analogues with alkenyl unit. Stereoselective Pd-catalyzed monoalkylation of 5'-(bromofluoromethylene)-5'-deoxyadenosine with alkylzinc bromides afforded adenosylhomocysteine analogues with a 6'-(fluoro) vinyl motif. The vinylic adenine nucleosides produced time-dependent inactivation of the S-adenosyl-L-homocysteine hydrolases. (C) 2008 Elsevier Ltd. All rights reserved.
• Synthesis and Properties of RNA Analogues Having Amides as Interuridine Linkages at Selected Positions
  作者：Eriks Rozners、Dace Katkevica、Erika Bizdena、Roger Strömberg

  DOI：10.1021/ja0360900

  日期：2003.10.1

  oligonucleotides and RNA had stability similar to unmodified RNA-RNA duplexes (Delta t(m)= -0.2 to +0.7 degrees C per modification). However, the AM2 modification resulted in substantial stabilization of duplexes: Delta t(m)= +1 to +2.4 degrees C per modification compared to all RNA. A 2'-O-methyl vicinal to the AM2 linkage further increased the duplex stability. Our results suggest that RNA analogues having

  已合成在选定位置具有酰胺核苷间键（AM1：3'-CH(2)CONH-5' 和 AM2：3'-CH(2)NHCO-5'）的寡核糖核苷酸类似物，并且由这些形成的双链体的热稳定性已通过 UV 熔解实验评估了具有互补 RNA 片段的类似物。研究了两个系列的具有 2'-OH 或 2'-OMe 邻近酰胺键的低聚物。单体合成子（3' 和 5'-C 胺和羧酸）合成如下： 对于 AM1 类似物的合成，采用已知的自由基烯丙基化序列，然后是双键断裂。为了合成 AM2 类似物，开发了通过添加硝基甲烷然后将硝基官能团转化为氨基或羧基的新途径。单体胺和羧酸偶联，然后进行保护基操作和膦酰化，得到用于寡核苷酸合成的二聚体 3'-膦酸结构单元。还制备了具有 3'-酰胺和 2'-OH 或 2'-OMe 基团的单体模型化合物，并通过 (1) H NMR 确定了它们的构象平衡。AM1 和 AM2 模型对北方构象异构体表现出相同的偏好（在