(S)-2-[(R)-2-((2R,4aR,6S,7R,8R,8aS)-7-Acetylamino-6-benzyloxy-2-phenyl-hexahydro-pyrano[3,2-d][1,3]dioxin-8-yloxy)-propionylamino]-propionic acid 2-trimethylsilanyl-ethyl ester | 387881-21-2

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机酸及其衍生物 - 羧酸及其衍生物
• 英文名称: (S)-2-[(R)-2-((2R,4aR,6S,7R,8R,8aS)-7-Acetylamino-6-benzyloxy-2-phenyl-hexahydro-pyrano[3,2-d][1,3]dioxin-8-yloxy)-propionylamino]-propionic acid 2-trimethylsilanyl-ethyl ester
• 英文别名: (S)-2-(trimethylsilyl)ethyl 2-((R)-2-(((2R,4aR,6S,7R,8R,8aS)-7-acetamido-6-(benzyloxy)-2-phenylhexahydropyrano[3,2-d][1,3]dioxin-8-yl)oxy)propanamido)propanoate
• CAS: 387881-21-2
• 化学式: C₃₃H₄₆N₂O₉Si
• 分子量: 642.822
• InChiKey: CZDBGNWJELFWEC-RRKGGWBSSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  3.71
• 重原子数：
  45.0
• 可旋转键数：
  13.0
• 环数：
  4.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.55
• 拓扑面积：
  130.65
• 氢给体数：
  2.0
• 氢受体数：
  9.0

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  (S)-2-[(R)-2-((2R,4aR,6S,7R,8R,8aS)-7-Acetylamino-6-benzyloxy-2-phenyl-hexahydro-pyrano[3,2-d][1,3]dioxin-8-yloxy)-propionylamino]-propionic acid 2-trimethylsilanyl-ethyl ester 在 吡啶 、 4 A molecular sieve 、 diaminoethylene-derivatized Merrifield resin 、 silver trifluoromethanesulfonate 、 对甲苯磺酸 作用下， 以 甲醇 、 二氯甲烷 、 正丁醇 为溶剂， 反应 24.5h， 生成 (S)-2-{(R)-2-[(2R,3S,4R,5R,6S)-2-Acetoxymethyl-5-acetylamino-6-benzyloxy-3-((2S,3R,4R,5S,6R)-4,5-diacetoxy-6-acetoxymethyl-3-acetylamino-tetrahydro-pyran-2-yloxy)-tetrahydro-pyran-4-yloxy]-propionylamino}-propionic acid 2-trimethylsilanyl-ethyl ester
  参考文献：
  名称：

  脂质 II：细菌细胞壁前体的全合成和利用作为底物用于通过大肠杆菌的青霉素结合蛋白 (PBP) 1b 进行糖基转移和转肽

  摘要：

  革兰氏阳性菌和革兰氏阴性菌生命周期中的一个基本特征是新细胞壁的产生。细胞壁也称为 murein，是一种二维聚合物，由线性重复的 N-乙酰胞壁酸 (MurNAc) 和 N-乙酰氨基葡萄糖 (GlcNAc) 基序组成，通过附加到 MurNAc 的肽交联。murein 成熟的最后一步是由一种单一的双功能酶催化，称为高分子量 A 类青霉素结合蛋白 (PBP)。PBP 催化糖单元的聚合（糖基转移），以及利用脂质 II 作为底物的肽交联（转肽）。由于难以获得足够量的脂质 II 以及方便且信息丰富的检测方法，因此对该酶的详细酶学研究受到限制。

  DOI：

  10.1021/ja0166848
• 作为产物：
  描述：

  H-Ala-O-Tmse 、 N-acetylmuramic acid 在 benzotriazol-1-yloxyl-tris-(pyrrolidino)-phosphonium hexafluorophosphate 、 1-羟基苯并三唑 、 N,N-二异丙基乙胺 作用下， 以 四氢呋喃 、 二氯甲烷 为溶剂， 反应 5.0h， 以59%的产率得到(S)-2-[(R)-2-((2R,4aR,6S,7R,8R,8aS)-7-Acetylamino-6-benzyloxy-2-phenyl-hexahydro-pyrano[3,2-d][1,3]dioxin-8-yloxy)-propionylamino]-propionic acid 2-trimethylsilanyl-ethyl ester
  参考文献：
  名称：

  金黄色葡萄球菌青霉素结合蛋白 2 可以使用源自万古霉素耐药菌株的 Depsi-Lipid II 来合成细胞壁

  摘要：

  耐万古霉素金黄色葡萄球菌（S. aureus）（VRSA）使用含有缩酚肽的修饰细胞壁前体来生物合成肽聚糖。转糖基酶负责肽聚糖的聚合，青霉素结合蛋白 2 (PBP2) 在野生型金黄色葡萄球菌的几种转糖基酶的聚合中起主要作用。然而，尚不清楚 VRSA 是否使用 PBP2 处理含有缩酚肽的肽聚糖前体。在这里，我们描述了 depsi-lipid I（VRSA 的细胞壁前体）的全合成。通过使用这种化学方法，我们制备了 depsi-lipid II 类似物作为无细胞转糖基化系统的底物。重建的系统表明，金黄色葡萄球菌的 PBP2能够像其正常底物一样有效地处理 depsi-lipid II 中间体。此外，该系统还成功地用于证明两种抗生素莫诺霉素和万古霉素作用方式的差异。

  DOI：

  10.1002/chem.201301074

文献信息

• Differential Peptidoglycan Recognition Assay Using Varied Surface Presentations
  作者：Elizabeth A. D’Ambrosio、Klare L. Bersch、Mackenzie L. Lauro、Catherine L. Grimes

  DOI：10.1021/jacs.0c03933

  日期：2020.6.24

  Bacterial peptidoglycan (PG) is recognized by the human innate immune system to generate an appropriate response. To gain an appreciation of how this essential polymer is sensed, a surface plasmon resonance (SPR) assay using varied PG surface presentation was developed. PG derivatives were synthesized and immobilized on the surface at different positions on the molecule to assess effects of ligand orientation on the binding affinities of NOD-like receptors (NLRs). NLRP1 and NOD2 are cytosolic innate immune proteins known to generate an immune response to PG. Both possess conserved leucine rich repeat domains (LRR) as proposed sites of molecular recognition, though limited biochemical evidence exists regarding the mechanisms of PG recognition. Here direct biochemical evidence for the association of PG fragments to NOD2 and NLRP1 with nanomolar affinity is shown. The orientations in which the fragments were presented on the SPR surface influenced the strength of PG recognition by both NLRs. This assay displays fundamental differences in binding preferences for PG by innate immune receptors and reveals unique recognition mechanisms between the LRRs. Each receptor uses specific ligand structural features to achieve optimal binding, which will be critical information to manipulate these responses and combat diseases.