4-(4-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)氨基)-1-甲基-1H-吡咯-2-甲酰胺基)-1-甲基-1H-咪唑-2-羧酸 | 1040393-13-2

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 芴
• 中文名称: 4-(4-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)氨基)-1-甲基-1H-吡咯-2-甲酰胺基)-1-甲基-1H-咪唑-2-羧酸
• 中文别名: DNA荧光探针前驱体,DNA小沟配体
• 英文名称: 4-(4-((((9H-fluoren-9-yl)methoxy)carbonyl)amino)-1-methyl-1H-pyrrole-2-carboxamido)-1-methyl-1H-imidazole-2-carboxylic acid
• 英文别名: Fmoc-PyIm-COOH；FmocHN-PyIm-CO2H；4-[[[4-[(9-fluorenylmethoxycarbonyl)amino]-1-methylpyrrol-2-yl]carbonyl]amino]-1-methylimidazole-2-carboxylic acid；4-(4-((((9H-Fluoren-9-yl)methoxy)carbonyl)amino)-1-methyl-1H-pyrrole-2-carboxamido)-1-methyl-1H-imidazole-2-carboxylic acid；4-[[4-(9H-fluoren-9-ylmethoxycarbonylamino)-1-methylpyrrole-2-carbonyl]amino]-1-methylimidazole-2-carboxylic acid
• CAS: 1040393-13-2
• 化学式: C₂₆H₂₃N₅O₅
• 分子量: 485.499
• InChiKey: RPAFQKJNIISOHV-UHFFFAOYSA-N

物化性质

• 密度：
  1.43±0.1 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  2.8
• 重原子数：
  36
• 可旋转键数：
  7
• 环数：
  5.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.15
• 拓扑面积：
  128
• 氢给体数：
  3
• 氢受体数：
  6

安全信息

• 储存条件：
  2-8°C

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  N,N-二甲基-1,3-二氨基丙烷 、 4-(芴甲氧羰基氨基)丁酸 、 4-bromo-5-cyclobutyl-1-methyl-2-(2-trifluoromethyl-phenyl)-1,2-dihydro-pyrazol-3-one 、 4-(4-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)氨基)-1-甲基-1H-吡咯-2-甲酰胺基)-1-甲基-1H-咪唑-2-羧酸 在 4-甲基哌啶 、 O-(1H-benzotriazol-1-yl)-N,N,N',N'-tetramethyluronium hexafluorophosphate 、 N,N-二异丙基乙胺 作用下， 以 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 1.17h， 以54%的产率得到
  参考文献：
  名称：

  DNA结合聚酰胺配体的简便二聚体合成。

  摘要：

  吡咯-咪唑聚酰胺配体是具有高亲和力的高度序列特异性合成DNA结合配体。为了解决与将富电子杂环酸偶联至缺电子亲核咪唑胺相关的合成难题，描述了一种用于固相肽合成（SPPS）的Fmoc保护的二聚体合成新方法。该方法以高收率生产二聚体，广泛适用于其他含杂环的聚酰胺，并提高了配体收率和合成时间。

  DOI：

  10.1021/ol1013262
• 作为产物：
  描述：

  1-甲基-4-硝基-2-(三氟乙酰)-1H-咪唑 在 4-二甲氨基吡啶 、 palladium 10% on activated carbon 、 氢气 作用下， 以 甲醇 为溶剂， 反应 127.0h， 生成 4-(4-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)氨基)-1-甲基-1H-吡咯-2-甲酰胺基)-1-甲基-1H-咪唑-2-羧酸
  参考文献：
  名称：

  用于固相合成DNA结合聚酰胺的4-甲基三苯甲基保护的吡咯和咪唑结构单元。

  摘要：

  结合DNA的聚酰胺是吡咯/咪唑单元的合成低聚物，对双链DNA具有高特异性和亲和力。为了增加它们的合成多样性，我们报告了一种基于4-甲基三苯甲基（Mtt）固相肽合成（SPPS）的温和方法，该方法的构建基比标准Fmoc和Boc SPPS更为容易。我们通过准备和研究带有所有前体的发夹来证明该方法的鲁棒性。重要的是，我们的策略是正交的并且与敏感分子兼容，并且可以很容易地实现自动化。

  DOI：

  10.1021/acs.orglett.9b04288

文献信息

• Structural Evaluation of Tandem Hairpin Pyrrole–Imidazole Polyamides Recognizing Human Telomeres
  作者：Akiyoshi Hirata、Kiyoshi Nokihara、Yusuke Kawamoto、Toshikazu Bando、Asuka Sasaki、Satoru Ide、Kazuhiro Maeshima、Takeshi Kasama、Hiroshi Sugiyama

  DOI：10.1021/ja506058e

  日期：2014.8.13

  A polyamide containing N-methylpyrrole (Py) and N-methylimidazole (Im), designated PIPA, binds with high affinity and specificity to specific nucleotide sequences in the minor groove of double-helical DNA. Based on a recent report of the synthesis of PIPA for telomere visualization, the present paper focused on the size of the connecting part (hinge region) of two PIPA segments of the tandem hairpin

  含有 N-甲基吡咯 (Py) 和 N-甲基咪唑 (Im) 的聚酰胺，称为 PIPA，以高亲和力和特异性结合双螺旋 DNA 小沟中的特定核苷酸序列。基于最近关于端粒可视化的 PIPA 合成报告，本文重点研究串联发夹 PIPA 的两个 PIPA 段的连接部分（铰链区）的大小，Dab(Im-Im-Py)-Py- Py-Py-Im-[铰链]-Dab(Im-Im-Py)-Py-Py-Py-Im-βAla-NH(CH2)3N(CH3)-( )3NH-[染料]。本论文还描述了通过测量热熔化温度和表面等离子体共振以及通过对人类细胞中的端粒 (TTAGGG)n 进行特异性染色来表征结合。还通过高分辨率质谱法研究了微异质性。
• Selective Targeting of the KRAS Codon 12 Mutation Sequence by Pyrrole-Imidazole Polyamide<i>seco</i>-CBI Conjugates
  作者：Rhys D. Taylor、Anandhakumar Chandran、Gengo Kashiwazaki、Kaori Hashiya、Toshikazu Bando、Hiroki Nagase、Hiroshi Sugiyama

  DOI：10.1002/chem.201501870

  日期：2015.10.12

  2‐e]indol‐4‐one conjugate (conjugate 4) designed to target the KRAS codon 12 mutation sequence. Herein, we have compared the alkylating activity of 4 against three other conjugates that were also designed to target the KRAS codon 12 mutation sequence. Conjugate 4 displayed greater affinity for the G12D mutation sequence than for the G12V sequence. A computer‐minimized model suggested that conjugate 4 could

  KRAS突变是许多癌症中的关键步骤。突变最常发生在第12位密码子上，但众所周知，靶向KRAS非常困难。最近，我们通过使用烷基化发夹证明在肿瘤携带KRAS密码子在小鼠模型12突变的体积选择性还原Ñ -methylpyrrole- Ñ甲基咪唑聚酰胺开环-1,2,9,9a-四氢[1,2 Ç设计用于靶向KRAS密码子12突变序列的] benz [1,2 - e ]吲哚-4-酮缀合物（缀合物4）。在本文中，我们比较了4的烷基化活性与其他三种针对KRAS密码子12突变序列的偶联物。共轭图4显示出对G12D突变序列的亲和力大于对G12V序列的亲和力。一个计算机最小化的模型表明，缀合物4与G12D匹配序列的结合比与单碱基对错配序列的结合更有效。共轭物4被修改用于下一代测序。Bind-n-Seq分析支持的证据表明，缀合物4可以以比野生型序列更高的亲和力靶向G12D突变序列，而以更高的亲和力靶向G12V突变序列。
• Simultaneous Binding of Hybrid Molecules Constructed with Dual DNA-Binding Components to a G-Quadruplex and Its Proximal Duplex
  作者：Sefan Asamitsu、Shunsuke Obata、Anh Tuân Phan、Kaori Hashiya、Toshikazu Bando、Hiroshi Sugiyama

  DOI：10.1002/chem.201705945

  日期：2018.3.20

  respective segment via hybrid molecules, and the synergistic and mutual effect of each binding component that was appropriately linked on higher binding affinity and modest sequence specificity. Monitoring quadruplex and duplex imino protons of the quadruplex/duplex motif titrated with hybrid molecules clearly revealed distinct features of the binding of hybrid molecules to the respective segments upon

  AG-四链体（quadruplex）是鸟嘌呤丰富的序列采用的核酸二级结构，被认为与各种药理和生物学环境有关。尽管许多研究人员已努力发现和开发四链体相互作用分子，但由于各种四链体骨架的拓扑相似性而导致的配体可设计性差，仍然是获得单个四链体特异性的瓶颈。这项工作报告了由双重DNA结合成分，环状咪唑/赖氨酸聚酰胺（cIKP）和发夹吡咯/咪唑聚酰胺（hPIP）构成的杂化分子），目的是通过读出与基因组中指定的四链体相邻的局部双链体DNA序列，实现特定的四链体靶向。通过圆二色性（CD），荧光共振能量转移（FRET），表面等离振子共振（SPR）和NMR技术，我们显示了通过杂化分子对各个片段的双重识别和同时识别，以及以较高的结合亲和力和适度的序列特异性适当连接的每个结合成分。监测用杂化分子滴定的四链/双链基序的四链和双链亚氨基质子清楚地揭示了杂化分子与它们各自的片段同时识别时结合的独特特征。
• Control of Forward/Reverse Orientation Preference of Cyclic Pyrrole–Imidazole Polyamides
  作者：Yuki Hirose、Sefan Asamitsu、Toshikazu Bando、Hiroshi Sugiyama

  DOI：10.1021/jacs.9b05516

  日期：2019.8.21

  3'-terminus of DNAs, sometimes causes unintended binding. Here, we synthesized optical or structural isomers of previously reported cyclic PIPs (cPIPs), which differ in the position of the amino groups in the γ-turn units, and we investigated their binding affinities both in the forward- and reverse-binding orientation. We show that cPIPs with (R)-α-amino-γ-turn units prefer the forward orientation

  吡咯-咪唑聚酰胺 (PIP) 与预定的双链 DNA 序列结合并选择性靶向多种 DNA 序列。尽管 PIPs 的 N 端面向 DNA 的 5' 端的正向结合 (5'-3'/NC) 方向被认为是 PIPs 的主要结合方式，但反向结合（5 '-3'/CN) 方向，其中 PIP 的 C 端面向 DNA 的 3' 端，有时会导致意外结合。在这里，我们合成了先前报道的环状 PIP (cPIP) 的光学或结构异构体，它们在 γ 转角单元中氨基的位置不同，我们研究了它们在正向和反向结合方向上的结合亲和力。我们表明，与发夹 PIP 一样，具有 (R)-α-氨基-γ-转角单元的 cPIP 更喜欢正向。更重要的是，我们首次记录了具有 (S)-α-氨基-γ-转角的 cPIP 显着的反向结合偏好。这些结果表明，cPIPs 的方向偏好可以通过氨基在 γ 转角单位上的位置来控制，这可能会显着增加 PIPs 可以靶向的 DNA
• Induction of Stem-Cell-Derived Functional Neurons by NanoScript-Based Gene Repression
  作者：Sahishnu Patel、Sy-Tsong Dean Chueng、Perry T. Yin、Kholud Dardir、Zhichao Song、Nicholas Pasquale、Kelvin Kwan、Hiroshi Sugiyama、Ki-Bum Lee

  DOI：10.1002/anie.201504902

  日期：2015.10.5

  integrating multiple gene repression molecules with a nanoparticle. First, we show a proof‐of‐concept demonstration using a GFP‐specific NanoScript to knockdown GFP expression in neural stem cells (NSCs‐GFP). Then, we show that a Sox9‐specific NanoScript can repress Sox9 expression to initiate enhanced differentiation of NSCs into functional neurons. Overall, the tunable properties and gene‐knockdown capabilities

  尽管基因抑制是一种强大的外源调节细胞行为的方法，但开发一个有效抑制目标基因的平台，尤其是干细胞应用，仍然难以实现。在此，我们引入了一种基于纳米材料的平台，该平台能够模仿转录抑制蛋白的功能，在转录水平下调基因表达，从而增强干细胞分化。我们通过将多个基因抑制分子与纳米颗粒集成来开发“NanoScript”平台。首先，我们展示了使用 GFP 特异性 NanoScript 敲低神经干细胞 (NSCs-GFP) 中 GFP 表达的概念验证演示。然后，我们证明 Sox9 特异性 NanoScript 可以抑制Sox9表达，从而启动 NSC 向功能神经元的增强分化。总体而言，NanoScript 的可调特性和基因敲除能力使其能够用于干细胞生物学中的基因抑制应用。