2-cyanoethyl 2',3'-O,N⁴-triacetylcytidin-5'-yl N,N-diisopropyl phosphoroamidite | 160593-06-6

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物
• 英文名称: 2-cyanoethyl 2',3'-O,N⁴-triacetylcytidin-5'-yl N,N-diisopropyl phosphoroamidite
• 英文别名: 2-cyanoethyl 2',3'-O,N⁴-triacetylcytidin-5'-yl N',N'-diisopropylphosphoramidite；2-cyanoethyl 2',3'-O,N⁴-triacetylcytidine-5'-yl N,N-diisopropylphosphoramidite；2-cyanoethyl 2',3'-O,N⁴-triacetykcytidin-5-yl N,N-diisopropylphosphoramidite；2-cyanoethyl 2',3'-O,N⁴-triacetylcytidin-5'-yl N,N-diisopropylphoshoramidite；cytidine-2',3'-di-O-acetyl-4-N-acetyl-5'-(N,N-diisopropyl-2-cyanoethyl)-phosphoramidite；[(2R,3R,4R,5R)-5-(4-acetamido-2-oxopyrimidin-1-yl)-4-acetyloxy-2-[[2-cyanoethoxy-[di(propan-2-yl)amino]phosphanyl]oxymethyl]oxolan-3-yl] acetate
• CAS: 160593-06-6；160593-07-7；211231-62-8
• 化学式: C₂₄H₃₆N₅O₉P
• 分子量: 569.552
• InChiKey: HRNRJXQWALJCHD-WBJSAMKPSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  1.3
• 重原子数：
  39
• 可旋转键数：
  15
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.67
• 拓扑面积：
  169
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  11

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  2-cyanoethyl 2',3'-O,N⁴-triacetylcytidin-5'-yl N,N-diisopropyl phosphoroamidite 在 四氮唑 、 sodium methylate 作用下， 以 甲醇 、 乙腈 为溶剂， 反应 5.08h， 生成
  参考文献：
  名称：

  用于碳水化合物合成的微生物糖基转移酶：来自奈瑟氏淋球菌的 α-2,3-唾液酸转移酶

  摘要：

  来自淋病奈瑟菌的 α-2,3-唾液酸转移酶在大肠杆菌中过度生产，以利用其底物特异性和合成效用。本研究合成了几种潜在的受体底物，包括单糖和寡糖、糖脂、糖肽及其硫酸盐衍生物。还制备了一些在 C-5 位进行修饰的 CMP-唾液酸衍生物作为供体底物进行评估。发现与其他唾液酸转移酶相比，该酶表现出更广泛的受体底物特异性，尽管供体特异性非常有限。已证明该酶在代表性唾液酸糖缀合物的制备性合成中的应用。在这项工作和其他人的工作的基础上，

  DOI：

  10.1021/ja011382r
• 作为产物：
  描述：

  胞苷 在 四氮唑 、 Bukholderia cepacia esterase SC esterase S 、 sodium acetate 、 二异丙胺 作用下， 以 水 、 N,N-二甲基甲酰胺 、 乙腈 为溶剂， 反应 4.0h， 生成 2-cyanoethyl 2',3'-O,N⁴-triacetylcytidin-5'-yl N,N-diisopropyl phosphoroamidite
  参考文献：
  名称：

  基于酶催化的脱乙酰基合成胞嘧啶的区域选择性保护形式是关键步骤。

  摘要：

  N4-乙酰基胞苷（77％）和2'，3'-O，N4-三乙酰基胞苷（95％）通过共同的前体，黑曲霉脂肪酶（Amano A）和伯克霍尔德酒原洋葱酯酶的胞嘧啶过乙酰化形式获得（SC酯酶S），分别在非常温和的条件下使用。还详细说明了将三乙酰胞苷转化为相应的亚磷酰胺（82％）（糖核苷酸合成的中间体）的实验步骤。

  DOI：

  10.1271/bbb.64.363

文献信息

• Sialyltransferase Inhibitors Based on CMP-Quinic Acid
  作者：Christoph Schaub、Bernd Müller、Richard R. Schmidt

  DOI：10.1002/(sici)1099-0690(200005)2000:9<1745::aid-ejoc1745>3.0.co;2-8

  日期：2000.5

  Quinic acid was transformed into phosphitamides 16, 25, and 36, which could be readily linked to 5′-O-unprotected cytidine derivative 17. Ensuing oxidation of the obtained phosphite triesters with tBuO2H and hydrogenolytic de-O-benzylation furnished the corresponding phosphate diesters 18, 26, and 38. Base catalyzed removal of acetyl protecting groups, and methyl ester hydrolysis furnished CMP-Neu5Ac

  奎尼酸转化为亚磷酸酰胺 16、25 和 36，它们可以很容易地与 5'-O-未保护的胞苷衍生物 17 连接。随后用 tBuO2H 氧化获得的亚磷酸三酯和氢解脱-O-苄基化提供相应的磷酸二酯18、26 和 38。碱催化去除乙酰保护基团和甲酯水解提供 CMP-Neu5Ac 类似物 1d、1e 和 2。奎尼酸也转化为 1,2-不饱和二烯丙基α-羟甲基-磷酸衍生物（ R)-和(S)-46，它们与胞苷亚磷酸酰胺47反应得到亚磷酸三酯。随后用 tBuO2H 氧化，然后用 NEt3 处理得到磷酸二酯衍生物 (R)- 和 (S)-48。去烯丙基化、去除乙酰基和甲基酯水解分别提供 (R)- 和 (S)-3。用 DBU 作为碱处理 (R)- 和 (S)-48 导致乙酸消除，从而在去-O-烯丙基化、乙酰基裂解和酯水解后产生二烯衍生物 (E)-4。供体底物类似物 1d 和 1e 表现出良好的 α(2-6)-唾液酸转移酶抑制作用（Ki：2
• Acid/Azole Complexes as Highly Effective Promoters in the Synthesis of DNA and RNA Oligomers via the Phosphoramidite Method
  作者：Yoshihiro Hayakawa、Rie Kawai、Akiyoshi Hirata、Jun-ichiro Sugimoto、Masanori Kataoka、Akira Sakakura、Masaaki Hirose、Ryoji Noyori

  DOI：10.1021/ja010078v

  日期：2001.8.1

  of deoxyribonucleoside 3'-(allyl N,N-diisopropylphosphoramidite)s or 3'-(2-cyanoethyl N,N-diisopropylphosphoramidite)s employed in the preparation of deoxyribonucleotides, and 3'-O-(tert-butyldimethylsilyl)ribonucleoside 2'-(N,N-diisopropylphosphoramidite)s or 2'-O-(tert-butyldimethylsilyl)ribonucleoside 3'-(N,N-diisopropylphosphoramidite)s used for the formation of 2'-5' and 3'-5' internucleotide linkages

  研究了唑衍生物的各种酸式盐作为促进核苷亚磷酰胺和核苷缩合的促进剂的用途。在这些盐中，N-(苯基)咪唑鎓三氟甲磺酸盐、N-(对乙酰苯基)咪唑鎓三氟甲磺酸盐、N-(甲基)苯并咪唑鎓三氟甲磺酸盐、苯并咪唑鎓三氟甲磺酸盐和N-(苯基)咪唑鎓高氯酸盐在液相中显示出极高的反应性. 这些试剂用作脱氧核糖核苷 3'-（烯丙基 N,N-二异丙基亚磷酰胺）或 3'-（2-氰乙基 N,N-二异丙基亚磷酰胺）的强力活化剂，用于制备脱氧核糖核苷酸，和 3'-O-（叔-丁基二甲基甲硅烷基)核糖核苷 2'-(N,N-二异丙基亚磷酰胺)s 或 2'-O-(叔丁基二甲基甲硅烷基)核糖核苷 3'-(N,N-二异丙基亚磷酰胺)s 用于形成 2'-5' 和 3'-5' 核糖核苷之间的核苷酸间连接，分别。唑鎓盐允许核苷亚磷酰胺和不含 5'-O 的核苷顺利和高产率缩合，其中在乙腈中的粉末分子筛 3A 存在下使用等摩尔量的反应物和促进
• Systematic Syntheses and Inhibitory Activities of Bisubstrate-Type Inhibitors of Sialyltransferases
  作者：Hiroshi Hinou、Xue-Long Sun、Yukishige Ito

  DOI：10.1021/jo030042g

  日期：2003.7.1

  Bisubstrate-type sialyltransferase inhibitors 1/2a-e, having CMP-NeuAc and N-acetyllactosamine (or lactose) moieties connected by an alkanedithiol linker, were synthesized systematically. A uniform synthetic strategy was adopted that consists of consecutive couplings of three components (N-acetyllactosamine or lactose, sialic acid, and CMP), followed by oxidation. Due to the sensitivity of the compounds

  系统合成了具有CMP-NeuAc和N-乙酰基乳糖胺（或乳糖）部分的双底物型唾液酸转移酶抑制剂1 / 2a-e。采用了一种统一的合成策略，该策略包括三个成分（N-乙酰基乳糖胺或乳糖，唾液酸和CMP）的连续偶联，然后进行氧化。由于化合物在碱性条件下的敏感性，最终脱保护需要通过（1）H NMR进行仔细监测。1 / 2a-e对ST6N和ST3N的抑制活性表明，受体部分的结构以及供体和受体部分之间的距离都很重要。
• Synthesis of Anomeric Sulfur Analogues of CMP-Neu5Ac Containing Tethered Alkane or Arene
  作者：Wen-Shan Li、Kai-Hsuan Chang、Ying Shin Tao

  DOI：10.1055/s-2003-43349

  日期：——

  A new approach to the synthesis of anomeric sulfur analogues of CMP-Neu5Ac containing alkane or arene linkage 1a-d is described. The procedure involves the high β-stereoselectivity in sialylation of the peracetylated sialic acid methyl ester 4 with mercaptoalkyl (aryl) trichloroacetate 5a-d, followed by selective deprotection of the trichloroacetyl group to the corresponding hydroxyalkyl and hydroxyaryl thioglycosides 2a-d. Subsequent O-phosphitylation of 2a-d with respective 3a or 3c, followed by oxidation and deprotection led to the isolation of the target compounds 1a-d in good yields.

  本文介绍了一种合成含有烷或炔连接 1a-d 的 CMP-Neu5Ac 异构体硫类似物的新方法。该过程包括用巯基烷基（芳基）三氯乙酸 5a-d 对过乙酰化的硅酸甲酯 4 进行高δ-严格选择性的硅烷基化，然后选择性地将三氯乙酰基脱保护，得到相应的羟基烷基和羟基芳基硫代糖苷 2a-d。2a-d 与各自的 3a 或 3c 发生 O-磷酸化反应，然后进行氧化和脱保护，最终以良好的产率分离出目标化合物 1a-d。
• Fluorescent Mimetics of CMP-Neu5Ac Are Highly Potent, Cell-Permeable Polarization Probes of Eukaryotic and Bacterial Sialyltransferases and Inhibit Cellular Sialylation
  作者：Johannes J. Preidl、Vinayaga S. Gnanapragassam、Michael Lisurek、Jörn Saupe、Rüdiger Horstkorte、Jörg Rademann

  DOI：10.1002/anie.201400394

  日期：2014.5.26

  Oligosaccharides of the glycolipids and glycoproteins at the outer membranes of human cells carry terminal neuraminic acids, which are responsible for recognition events and adhesion of cells, bacteria, and virus particles. The synthesis of neuraminic acid containing glycosides is accomplished by intracellular sialyl transferases. Therefore, the chemical manipulation of cellular sialylation could be

  人细胞外膜上的糖脂和糖蛋白的寡糖带有末端神经氨酸，负责识别事件以及细胞，细菌和病毒颗粒的粘附。含有神经氨酸的糖苷的合成是通过细胞内的唾液酸转移酶完成的。因此，细胞唾液酸化的化学操作对于干扰癌症的发展，炎症和感染可能非常重要。本文描述了唾液酸转移酶的第一纳摩尔荧光抑制剂的开发和应用。发现所获得的糖核苷酸模拟物可结合所有四种市售并在荧光偏振测定中测试的真核和细菌唾液酸转移酶。而且，观察到，阴离子模拟物快速有效地侵入囊泡中的细胞，并转移到围绕CHO细胞核的细胞器中。新化合物抑制两种细胞系中的细胞唾液酸化，并为研究细胞唾液酸化开辟了新的前景。