1-[2,5-bis-O-(tert-butyldimethylsilyl)-3-deoxy-3-(ethoxycarbonyl)methylene-β-D-ribofuranosyl]uracil | 251296-54-5

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机杂环化合物 - 二嗪类
• 英文名称: 1-[2,5-bis-O-(tert-butyldimethylsilyl)-3-deoxy-3-(ethoxycarbonyl)methylene-β-D-ribofuranosyl]uracil
• 英文别名: 2',5'-bis-O-(tert-butyldimethylsilyl)-3'-deoxy-3'-[(ethoxycarbonyl)methylene]uridine
• CAS: 251296-54-5
• 化学式: C₂₅H₄₄N₂O₇Si₂
• 分子量: 540.805
• InChiKey: JRPWCQBMZHLAKH-STZQEDGTSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  4.34
• 重原子数：
  36.0
• 可旋转键数：
  8.0
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.72
• 拓扑面积：
  108.85
• 氢给体数：
  1.0
• 氢受体数：
  8.0

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  1-[2,5-bis-O-(tert-butyldimethylsilyl)-3-deoxy-3-(ethoxycarbonyl)methylene-β-D-ribofuranosyl]uracil 在 10percent Pd/C camphor-10-sulfonic acid 、 氢气 、 1-羟基苯并三唑 、 O-(1H-benzotriazol-1-yl)-N,N,N',N'-tetramethyluronium hexafluorophosphate 、 三乙胺 、 N,N-二异丙基乙胺 、 三氯氧磷 作用下， 以 四氢呋喃 、 1,4-二氧六环 、 吡啶 、 甲醇 、 乙醇 、 二氯甲烷 、 乙腈 为溶剂， 反应 39.5h， 生成 N-[1-[(2R,3R,4R,5S)-5-[[bis(4-methoxyphenyl)-phenylmethoxy]methyl]-3-[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxy-4-[2-[[(2R,3S,5R)-3-[2-cyanoethoxy-[di(propan-2-yl)amino]phosphanyl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methylamino]-2-oxoethyl]oxolan-2-yl]-2-oxopyrimidin-4-yl]benzamide
  参考文献：
  名称：

  用酰胺键取代锤头状核酶底物的可裂解磷酸二酯键

  摘要：

  已经制备了其中天然磷酸二酯键被等排酰胺键取代的核苷二聚体。该二聚体类似物随后在锤头状核酶底物的裂解位置化学结合。尽管如凝胶阻滞分析所示，所得的底物类似物对核酶表现出高亲和力，但在核酶裂解活性的标准条件下，酰胺键被证明对裂解具有完全的抵抗力。

  DOI：

  10.1002/(sici)1099-0690(200002)2000:4<633::aid-ejoc633>3.0.co;2-u
• 作为产物：
  描述：

  2',5'-bis-O-tert-butyldimethylsilyl-3'-ketouridine 、 乙氧甲酰基亚甲基三苯基膦 以 二氯甲烷 为溶剂， 以90%的产率得到1-[2,5-bis-O-(tert-butyldimethylsilyl)-3-deoxy-3-(ethoxycarbonyl)methylene-β-D-ribofuranosyl]uracil
  参考文献：
  名称：

  合成2'，3'融合的（3.3.0）γ-丁内酯-核苷并与氨基核苷偶合，得到酰胺连接的核苷酸-二聚体类似物

  摘要：

  易于（通过3'-酮）从2'，5'-双-O-（叔丁基二甲基甲硅烷基）核苷获得的Wittigg产物的立体选择性加氢提供了2'，3'-融合的γ-丁内酯核苷的有效通道与5'-氨基-核苷（2-羟基吡啶催化）偶联，得到酰胺连接的核苷酸-二聚体类似物。

  DOI：

  10.1016/0040-4039(96)00715-0

文献信息

• Amide-Linked Ribonucleoside Dimers Derived from 5‘-Amino-5‘-deoxy- and 3‘-(Carboxymethyl)-3‘-deoxynucleoside Precursors¹
  作者：Matt A. Peterson、Bradley L. Nilsson、Sanchita Sarker、Bogdan Doboszewski、Weijian Zhang、Morris J. Robins

  DOI：10.1021/jo9908647

  日期：1999.10.1

  Treatment of tert-butyldimethylsilyl (TBDMS) derivatives of 3'-keto(adenosine or uridine) with [(ethoxycarbonyl)methylene]triphenylphosphorane gave exocyclic alkenes that underwent stereoselective hydrogenation to give 3'-deoxy-3'-[(ethoxycarbonyl)methyl](Ado or Urd) analogues. Saponification provided the 3'-(carboxymethyl)-3'-deoxy(Ado and Urd) derivatives 37 and 38. Treatment of 37 or 38 with DCC and 5'-amino-2',3'-bis-O-TBDMS-5'-deoxynucleosides gave the amide-linked dimers (74-82%). Activation of 37 or 38 with 4-nitrophenol/DCC, and direct coupling of the 4-nitrophenyl esters with 5'-amino-5'-deoxy(Ado or Urd) in pyridine also produced amide dimers efficiently (65-70%). Analogous activation of a 5'-O-DMT-protected carboxylate, and its coupling with 5'-amino-5'-deoxy-2'-O-methyladenosine gave the amide dimer in good yield (74%). Coupling (DCC) of a 5'-azido-2'-O-TBDMS-3'-(carboxymethyl)-3', 5'-dideoxyuridine intermediate with 5'-amino-5'-deoxynucleosides gave amide-linked dimers (72-78%) that can serve as masked (azide reduction) 5'-amino dimers for analogous synthesis of extended amide-linked oligomers.