2-(3-(1-(6-((2,5-Dioxopyrrolidin-1-yl)oxy)-6-oxohexyl)-3,3-dimethylindolin-2-ylidene)prop-1-en-1-yl)-1-ethyl-3,3-dimethyl-3H-indol-1-ium-5-sulfonate | 804551-46-0

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机杂环化合物 - 吲哚及其衍生物
• 英文名称: 2-(3-(1-(6-((2,5-Dioxopyrrolidin-1-yl)oxy)-6-oxohexyl)-3,3-dimethylindolin-2-ylidene)prop-1-en-1-yl)-1-ethyl-3,3-dimethyl-3H-indol-1-ium-5-sulfonate
• 英文别名: (2Z)-2-[(E)-3-[1-[6-(2,5-dioxopyrrolidin-1-yl)oxy-6-oxohexyl]-3,3-dimethylindol-1-ium-2-yl]prop-2-enylidene]-1-ethyl-3,3-dimethylindole-5-sulfonate
• CAS: 804551-46-0
• 化学式: C₃₅H₄₁N₃O₇S
• 分子量: 647.792
• InChiKey: HHJXGYUBANILAG-UHFFFAOYSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  5.39
• 重原子数：
  46.0
• 可旋转键数：
  11.0
• 环数：
  5.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.43
• 拓扑面积：
  127.13
• 氢给体数：
  0.0
• 氢受体数：
  8.0

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  6-amino-1-[bis(4-methoxyphenyl)(phenyl)methoxy]hexane-2-ol 、 2-(3-(1-(6-((2,5-Dioxopyrrolidin-1-yl)oxy)-6-oxohexyl)-3,3-dimethylindolin-2-ylidene)prop-1-en-1-yl)-1-ethyl-3,3-dimethyl-3H-indol-1-ium-5-sulfonate 在 N,N-二异丙基乙胺 作用下， 以 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 0.33h， 以130 mg的产率得到2-((1E,3Z)-3-{1-[6-({6-[bis(4-methoxyphenyl)(phenyl)methoxy]-5-hydroxyhexyl}amino)-6-oxohexyl]-3,3-dimethyl-1,3-dihydro-2H-indol-2-ylidene}prop-1-en-1-yl)-1-ethyl-3,3-dimethyl-3H-indolium-5-sulfonate
  参考文献：
  名称：

  New Indocyanine Derivatives for the Synthesis of Fluorescently Labeled Oligonucleotides

  摘要：

  新型磺化的Cy3和Cy5磷酸酰胺体以及固相支持物被合成。这些构建块用于合成末端或内部标签的寡脱氧核苷酸。对硫氰酸酯标记的寡核苷酸采用了温和的去保护方案。

  DOI：

  10.2174/157017809787003160
• 作为产物：
  描述：

  N-羟基丁二酰亚胺 、 在 N,N'-二环己基碳二亚胺 作用下， 以 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 生成 2-(3-(1-(6-((2,5-Dioxopyrrolidin-1-yl)oxy)-6-oxohexyl)-3,3-dimethylindolin-2-ylidene)prop-1-en-1-yl)-1-ethyl-3,3-dimethyl-3H-indol-1-ium-5-sulfonate
  参考文献：
  名称：

  New Indocyanine Derivatives for the Synthesis of Fluorescently Labeled Oligonucleotides

  摘要：

  新型磺化的Cy3和Cy5磷酸酰胺体以及固相支持物被合成。这些构建块用于合成末端或内部标签的寡脱氧核苷酸。对硫氰酸酯标记的寡核苷酸采用了温和的去保护方案。

  DOI：

  10.2174/157017809787003160