5´-deoxy-2´,3´-O-isopropylidene-5´-(5-nitropyridinyl-2-disulfanyl)guanosine | 1300714-09-3

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机杂环化合物 - 咪唑并嘧啶类
• 英文名称: 5´-deoxy-2´,3´-O-isopropylidene-5´-(5-nitropyridinyl-2-disulfanyl)guanosine
• CAS: 1300714-09-3
• 化学式: C₁₈H₁₉N₇O₆S₂
• 分子量: 493.524
• InChiKey: YFJVZCFVVFTVHB-RVXWVPLUSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  1.86
• 重原子数：
  33.0
• 可旋转键数：
  6.0
• 环数：
  5.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.44
• 拓扑面积：
  173.31
• 氢给体数：
  2.0
• 氢受体数：
  13.0

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  、 5´-deoxy-2´,3´-O-isopropylidene-5´-(5-nitropyridinyl-2-disulfanyl)guanosine 在 N,O-双三甲硅基乙酰胺 作用下， 以 四氢呋喃 为溶剂， 反应 3.0h， 生成
  参考文献：
  名称：

  由发夹核酶中的核碱基介导的一般酸碱催化

  摘要：

  发夹核酶加速 RNA 磷酸二酯骨架裂解或连接的催化机制尚未完全了解。有实验证据表明腺嘌呤 (A38) 和鸟嘌呤 (G8) 具有重要作用，并且已经提出它们在一般的酸碱催化中起作用。在这项工作中，我们表明用嘌呤 (A38P) 取代 A38 时裂解速率的大幅降低可以通过用硫 (5'-PS) 取代易裂磷酸盐上的 5'-氧原子来逆转，这是一个很大的最好离开小组。这与 A38 作为未修饰核酶中的一般酸一致。A38P 核酶对 5'-PS 底物的切割速率随 pH 对数线性增加，表明需要具有相对较高 pK(a) 的去质子化碱基。在用二氨基嘌呤取代 G8 时，5'-PS 底物裂解率首先随 pH 值增加，然后保持在一个高原，表现出明显的 pK(a)，与此核苷酸在一般碱催化中的作用一致。讨论了发夹核酶反应性的 pH 依赖性的替代解释，从中我们得出结论，A38 和 G8 的一般酸碱催化是与所有实验数据一致的最简单和最可能的解释。

  DOI：

  10.1021/ja3067429
• 作为产物：
  描述：

  2',3'-O,O-isopropylidene-5'-deoxy-5'-iodoguanosine 在 氨 作用下， 以 四氢呋喃 、 甲醇 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 生成 5´-deoxy-2´,3´-O-isopropylidene-5´-(5-nitropyridinyl-2-disulfanyl)guanosine
  参考文献：
  名称：

  由发夹核酶中的核碱基介导的一般酸碱催化

  摘要：

  发夹核酶加速 RNA 磷酸二酯骨架裂解或连接的催化机制尚未完全了解。有实验证据表明腺嘌呤 (A38) 和鸟嘌呤 (G8) 具有重要作用，并且已经提出它们在一般的酸碱催化中起作用。在这项工作中，我们表明用嘌呤 (A38P) 取代 A38 时裂解速率的大幅降低可以通过用硫 (5'-PS) 取代易裂磷酸盐上的 5'-氧原子来逆转，这是一个很大的最好离开小组。这与 A38 作为未修饰核酶中的一般酸一致。A38P 核酶对 5'-PS 底物的切割速率随 pH 对数线性增加，表明需要具有相对较高 pK(a) 的去质子化碱基。在用二氨基嘌呤取代 G8 时，5'-PS 底物裂解率首先随 pH 值增加，然后保持在一个高原，表现出明显的 pK(a)，与此核苷酸在一般碱催化中的作用一致。讨论了发夹核酶反应性的 pH 依赖性的替代解释，从中我们得出结论，A38 和 G8 的一般酸碱催化是与所有实验数据一致的最简单和最可能的解释。

  DOI：

  10.1021/ja3067429

文献信息

• Synthesis of Oligoribonucleotides Containing a 2′-Amino-5′-<i>S</i>-phosphorothiolate Linkage
  作者：Nan-Sheng Li、Selene C. Koo、Joseph A. Piccirilli

  DOI：10.1021/acs.joc.1c01059

  日期：2021.10.1

  Oligoribonucleotides containing a photocaged 2′-amino-5′-S-phophorothiolate linkage have potential applications as therapeutic agents and biological probes to investigate the RNA structure and function. We envisioned that oligoribonucleotides containing a 2′-amino-5′-S-phosphorothiolate linkage could provide an approach to identify the general base within catalytic RNAs by chemogenetic suppression

  含有光笼罩的 2'-氨基-5' - S-硫代磷酸酯键的寡核糖核苷酸具有作为治疗剂和生物探针的潜在应用，以研究 RNA 的结构和功能。我们设想含有 2'-氨基-5'- S-硫代磷酸酯键的寡核糖核苷酸可以提供一种通过化学遗传学抑制鉴定催化 RNA 内一般碱基的方法。为了对这一想法进行初步测试，我们开发了合成方法来合成含有光笼罩的 2'-氨基-5'- S-硫代磷酸酯键的二核苷酸、三核苷酸和寡核糖核苷酸。我们加入了光笼化的 2'-amino-5'- S-硫代磷酸酯连接到丁型肝炎病毒 (HDV) 核酶的寡核糖核苷酸底物上，并研究了在存在和不存在核酶的情况下，在紫外线照射后其裂解的 pH 依赖性。底物表现出修饰键的 pH 速率曲线特征，但在与核酶结合时反应较慢。HDV 核酶对切割的抑制可能反映了与修饰底物的亲核 2'-NH 2的非生产性基态相互作用或修饰过渡态在核酶活性位点的拟合不佳。