3',5'-O-TPDS-α,α,α-trifluorothymidine | 133100-91-1

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机杂环化合物 - 二嗪类
• 英文名称: 3',5'-O-TPDS-α,α,α-trifluorothymidine
• CAS: 133100-91-1
• 化学式: C₂₂H₃₇F₃N₂O₆Si₂
• 分子量: 538.712
• InChiKey: ZETUTVIVORACFE-IPMKNSEASA-N

物化性质

• 密度：
  1.201±0.10 g/cm3(Temp: 25 °C; Press: 760 Torr)(predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  4.8
• 重原子数：
  35.0
• 可旋转键数：
  5.0
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.82
• 拓扑面积：
  91.78
• 氢给体数：
  1.0
• 氢受体数：
  7.0

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  3',5'-O-TPDS-α,α,α-trifluorothymidine 在 四丁基氟化铵 作用下， 以 四氢呋喃 为溶剂， 以94 %的产率得到三氟胸苷
  参考文献：
  名称：

  通过金 (I) 催化糖基 (Z)-Ynenoates 的 N-糖基化合成核苷和脱氧核苷

  摘要：

  核苷类似物广泛用作抗癌和抗病毒药物。在这里，我们开发了一种高效的金（I）催化的N-糖基化方法，用于以糖基（Z）-炔酸作为供体合成各种类型的核苷和脱氧核苷。31 个嘧啶核苷和 8 个嘌呤核苷的合成证明了N-糖基化方法的广泛范围。值得注意的是，金（I）催化的吡喃糖基（Z ）-炔酸酯与嘌呤的N-糖基化被发现对于吡喃糖基N9嘌呤核苷的区域选择性合成非常有效。基于催化N-糖基化方法，方便合成两种5'-脱氧核苷药物（卡培他滨和加西他滨）、四种2'-脱氧核苷药物（氟尿苷、三氟尿苷、地西他滨和克拉屈滨）、四种3',5'-双脱氧核苷类似物，并集体获得了4个2',5'-双脱氧核苷类似物。

  DOI：

  10.1021/acs.orglett.2c03964
• 作为产物：
  描述：

  在 偶氮二异丁腈 、 三正丁基氢锡 作用下， 以 甲苯 为溶剂， 以82 %的产率得到3',5'-O-TPDS-α,α,α-trifluorothymidine
  参考文献：
  名称：

  通过金 (I) 催化糖基 (Z)-Ynenoates 的 N-糖基化合成核苷和脱氧核苷

  摘要：

  核苷类似物广泛用作抗癌和抗病毒药物。在这里，我们开发了一种高效的金（I）催化的N-糖基化方法，用于以糖基（Z）-炔酸作为供体合成各种类型的核苷和脱氧核苷。31 个嘧啶核苷和 8 个嘌呤核苷的合成证明了N-糖基化方法的广泛范围。值得注意的是，金（I）催化的吡喃糖基（Z ）-炔酸酯与嘌呤的N-糖基化被发现对于吡喃糖基N9嘌呤核苷的区域选择性合成非常有效。基于催化N-糖基化方法，方便合成两种5'-脱氧核苷药物（卡培他滨和加西他滨）、四种2'-脱氧核苷药物（氟尿苷、三氟尿苷、地西他滨和克拉屈滨）、四种3',5'-双脱氧核苷类似物，并集体获得了4个2',5'-双脱氧核苷类似物。

  DOI：

  10.1021/acs.orglett.2c03964

文献信息

• Synthesis, annealing properties, fluorine-19 NMR characterization, and detection limits of a trifluorothymidine-labeled antisense oligodeoxyribonucleotide 21 mer'
  作者：William H. Gmeiner、Richard T. Pon、J. William Lown

  DOI：10.1021/jo00011a028

  日期：1991.5

  The synthesis and characterization are described of trifluorothymidine groups incorporated into an antisense 21 mer designed to target gene sequences that encode serine proteases in T-lymphocytes. H-1 NMR titration studies on 3',5'-O-TPDS-trifluorothymidine (3',5'-O-(1,1,3,3-tetraisopropyldisiloxane-1,3-diyl)trifluorothymidine) with 3',5'-O-TPDS-2'-deoxyadenosine provided clear evidence of normal Watson-Crick base pairing via detection of the imino proton signals. The chemical shift of the imino proton is moved ca. 0.5 ppm upfield relative to the position with the natural nucleoside. H-1 NMR also confirmed normal annealing in the 21 mer with its complement in the imino proton detection with the most notable difference being that six AT signals move upfield into the region characteristic of Watson-Crick GC base pairs. 1D-NMR experiments confirm that a single species exists in solution and CD studies indicate that the duplex formed with its complement adopts B-form geometry. The 1D-NMR experiments show that two of three ordinary methyl groups in the hybrid duplex exist in a single conformation while the third methyl group is predominantly in a single conformation. Molecular modeling of the duplex formed between the trifluorothymidine antisense sequence and complementary mRNA indicates a stable A-type helix in which the CF3 groups cause the thymidine base pairs to be displaced somewhat compared with the natural structure. The limits of F-19 NMR detection of the trifluorothymidine labeled 21 mer were determined to be ca. 10-mu-M at a 10:1 signal to noise ratio, i.e., satisfactory for projected in vivo NMR imaging studies.