3-[[6-[1-[(3-methoxycarbonylphenyl)methyl]indol-6-yl]indol-1-yl]methyl]benzoic acid | 1613153-48-2

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 苯和取代衍生物
• 英文名称: 3-[[6-[1-[(3-methoxycarbonylphenyl)methyl]indol-6-yl]indol-1-yl]methyl]benzoic acid
• 英文别名: 3-[[6-[1-[(3-Methoxycarbonylphenyl)methyl]indol-6-yl]indol-1-yl]methyl]benzoic acid
• CAS: 1613153-48-2
• 化学式: C₃₃H₂₆N₂O₄
• 分子量: 514.58
• InChiKey: NBBFKEGVAMAGBT-UHFFFAOYSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  6.3
• 重原子数：
  39
• 可旋转键数：
  8
• 环数：
  6.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.09
• 拓扑面积：
  73.5
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  4

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  3-[[6-[1-[(3-methoxycarbonylphenyl)methyl]indol-6-yl]indol-1-yl]methyl]benzoic acid 在 水 、 sodium hydroxide 作用下， 反应 1.0h， 生成 3-[[6-[1-[(3-carboxyphenyl)methyl]indol-6-yl]indol-1-yl]-methyl]benzoic acid
  参考文献：
  名称：

  基于吲哚的化合物作为靶向糖蛋白 41 的小分子 HIV-1 融合抑制剂的构效关系研究

  摘要：

  我们之前描述了通过靶向跨膜糖蛋白 gp41 的疏水口袋来抑制 HIV-1 融合的含吲哚化合物。在这里，我们报告了基本支架的优化和构效关系研究，定义了形状、接触表面积和分子特性的作用。在结合、细胞-细胞融合和病毒复制试验中评估了 30 种新化合物。低于 1 μM 阈值，结合和生物活性之间的相关性减弱，表明细胞活性需要两亲性。最活跃的抑制剂6j表现出 0.6 μM 的结合亲和力和 0.2 μM EC 50抗细胞 - 细胞融合和活病毒复制，并且对 T20 抗性菌株有活性。具有相同连接性的 22 种化合物在对接计算中显示出一致的姿势，其排列顺序与生物活性相匹配。这项工作提供了对 HIV-1 融合的小分子抑制要求的深入了解，并证明了一种有效的低分子量融合抑制剂。

  DOI：

  10.1021/jm500344y
• 作为产物：
  描述：

  6-溴吲哚 在 四(三苯基膦)钯 、 水 、 sodium hydride 、 potassium carbonate 、 sodium hydroxide 作用下， 以 四氢呋喃 、 甲醇 、 N,N-二甲基甲酰胺 、 mineral oil 为溶剂， 反应 7.5h， 生成 3-[[6-[1-[(3-methoxycarbonylphenyl)methyl]indol-6-yl]indol-1-yl]methyl]benzoic acid
  参考文献：
  名称：

  基于吲哚的化合物作为靶向糖蛋白 41 的小分子 HIV-1 融合抑制剂的构效关系研究

  摘要：

  我们之前描述了通过靶向跨膜糖蛋白 gp41 的疏水口袋来抑制 HIV-1 融合的含吲哚化合物。在这里，我们报告了基本支架的优化和构效关系研究，定义了形状、接触表面积和分子特性的作用。在结合、细胞-细胞融合和病毒复制试验中评估了 30 种新化合物。低于 1 μM 阈值，结合和生物活性之间的相关性减弱，表明细胞活性需要两亲性。最活跃的抑制剂6j表现出 0.6 μM 的结合亲和力和 0.2 μM EC 50抗细胞 - 细胞融合和活病毒复制，并且对 T20 抗性菌株有活性。具有相同连接性的 22 种化合物在对接计算中显示出一致的姿势，其排列顺序与生物活性相匹配。这项工作提供了对 HIV-1 融合的小分子抑制要求的深入了解，并证明了一种有效的低分子量融合抑制剂。

  DOI：

  10.1021/jm500344y

文献信息

• A targeted covalent small molecule inhibitor of HIV-1 fusion
  作者：Guangyan Zhou、Li He、Kathy H. Li、Cássio C. S. Pedroso、Miriam Gochin

  DOI：10.1039/d1cc01013a

  日期：——

  exhibited an order of magnitude enhancement of anti-fusion activity against HIV-1 compared to its non-covalent counterpart. The findings represent a significant advance in the quest to obtain non-peptide fusion inhibitors.

  我们描述了一种低分子量共价抑制剂，靶向 HIV-1 糖蛋白 41 的疏水口袋内的保守赖氨酸残基。与非共价对应物相比，该抑制剂选择性地结合到疏水袋上，并表现出对 HIV-1 的抗融合活性增强了一个数量级。这些发现代表了寻求获得非肽融合抑制剂的重大进展。
• Multi-hydroxyl POSS supported iridium complexes as a recyclable catalyst for selective synthesis of N-/C-substituted indoles and the total synthesis of HIV-1 fusion inhibitor
  作者：Jiahao Li、Li Chen、Likui Wang、Gang Shi、Dawei Wang

  DOI：10.1016/j.jcat.2023.115205

  日期：2024.1

  pyridyl-thiadiazole ligand has been designed, synthesized, and employed in the preparation of a heterogeneous iridium catalyst supported on multi-hydroxyl polyhedral oligomeric silsesquioxane. The as-prepared catalyst exhibits excellent catalytic activity in the one-pot cascade selective synthesis of N-/C-substituted indole derivatives from amino alcohols and alcohols borrowing hydrogen strategy. Meanwhile

  设计、合成了一种新型吡啶基噻二唑配体，并将其用于制备负载在多羟基多面体低聚倍半硅氧烷上的非均相铱催化剂。所制备的催化剂在利用氢策略从氨基醇和醇一锅级联选择性合成N-/C-取代吲哚衍生物中表现出优异的催化活性。同时，观察到该方法具有良好的官能团耐受性和广泛的底物范围。值得注意的是，通过采用该催化系统，只需四步“借氢”策略，就可以方便地从 2-氨基苯乙醇衍生物和苯甲醇合成出针对 gp41 介导的 HIV-1 融合核心结构的抑制剂，总产率为 41%。机理探索表明，这种转化经历了级联过程，包括通过借氢策略进行 N/C 烷基化和氧化环化。回收实验表明，该催化剂可以很容易地回收并重复使用至少七次，并且具有良好的TON。
• Investigation of the molecular characteristics of bisindole inhibitors as HIV-1 glycoprotein-41 fusion inhibitors
  作者：Guangyan Zhou、Shidong Chu、Ariana Nemati、Chunsheng Huang、Beth A. Snyder、Roger G. Ptak、Miriam Gochin

  DOI：10.1016/j.ejmech.2018.10.048

  日期：2019.1

  each of the ring systems and various substituents to compound potency. Hydrophobicity, polarity and charge were varied to produce 35 new compounds that were evaluated in binding, cell-cell fusion and viral infectivity assays. We found that (a) activity based solely on increasing hydrophobic content plateaued at ∼ 200 nM; (b) the bisindole scaffold surpassed other heterocyclic ring systems in efficacy;

  在以前的工作中，我们描述了靶向6到6-6'-双吲哚化合物作为HIV-1融合有效抑制剂的病毒糖蛋白41 N七重复序列区域上的疏水口袋。具有亚微摩尔IC50的两种有前途的化合物包含一个苯甲酸基团和一个连接在两个吲哚氮原子上的苯甲酸酯基。在这里，我们进行了详尽的结构-活性关系（SAR）研究，评估了每个环系统和各种取代基对化合物效能的贡献。改变疏水性，极性和电荷以产生35种新化合物，这些化合物在结合，细胞-细胞融合和病毒感染性测定中进行了评估。我们发现（a）活性仅基于增加的疏水性含量稳定在约200 nM；（b）双吲哚支架的功效超过其他杂环系统；（c）可能在口袋中涉及Gln575的极性相互作用可以取代特异性较低的疏水相互作用；（d）苯甲酸酯部分似乎没有与袋形成特定的接触。该疏水基团对化合物效价的重要性表明了一种机制，在融合过程中它可能与第三组分（例如膜）相互作用。与较早的化合物相比，发现了一种有前途
• Structure–Activity Relationship Studies of Indole-Based Compounds as Small Molecule HIV-1 Fusion Inhibitors Targeting Glycoprotein 41
  作者：Guangyan Zhou、Vladimir Sofiyev、Hardeep Kaur、Beth A. Snyder、Marie K. Mankowski、Priscilla A. Hogan、Roger G. Ptak、Miriam Gochin

  DOI：10.1021/jm500344y

  日期：2014.6.26

  described indole-containing compounds with the potential to inhibit HIV-1 fusion by targeting the hydrophobic pocket of transmembrane glycoprotein gp41. Here we report optimization and structure–activity relationship studies on the basic scaffold, defining the role of shape, contact surface area, and molecular properties. Thirty new compounds were evaluated in binding, cell–cell fusion, and viral replication

  我们之前描述了通过靶向跨膜糖蛋白 gp41 的疏水口袋来抑制 HIV-1 融合的含吲哚化合物。在这里，我们报告了基本支架的优化和构效关系研究，定义了形状、接触表面积和分子特性的作用。在结合、细胞-细胞融合和病毒复制试验中评估了 30 种新化合物。低于 1 μM 阈值，结合和生物活性之间的相关性减弱，表明细胞活性需要两亲性。最活跃的抑制剂6j表现出 0.6 μM 的结合亲和力和 0.2 μM EC 50抗细胞 - 细胞融合和活病毒复制，并且对 T20 抗性菌株有活性。具有相同连接性的 22 种化合物在对接计算中显示出一致的姿势，其排列顺序与生物活性相匹配。这项工作提供了对 HIV-1 融合的小分子抑制要求的深入了解，并证明了一种有效的低分子量融合抑制剂。