α-bromo-3′,5′-O-bis(tert-butyldimethylsilyl)-3-[(trimethylsilylethoxy)methyl]thymidine | 171614-42-9

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘧啶核苷
• 英文名称: α-bromo-3′,5′-O-bis(tert-butyldimethylsilyl)-3-[(trimethylsilylethoxy)methyl]thymidine
• 英文别名: N³-trimethylsilylethoxymethyl-3',5'-O-di(tert-butyldimethylsilyl)-5-bromomethyl-2'-deoxyuridine；N³-trimethylsilylethoxymethy-3'5'-O-di-tert-butyldimethylsilyl-5-bromomethyl-2'-deoxyuridine；5-(bromomethyl)-1-[(2R,4S,5R)-4-[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxy-5-[[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxymethyl]oxolan-2-yl]-3-(2-trimethylsilylethoxymethyl)pyrimidine-2,4-dione
• CAS: 171614-42-9
• 化学式: C₂₈H₅₅BrN₂O₆Si₃
• 分子量: 679.915
• InChiKey: WFWMZZWXHVBBLG-RBZQAINGSA-N

物化性质

• 沸点：
  580.9±60.0 °C(Predicted)
• 密度：
  1.14±0.1 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  6.92
• 重原子数：
  40
• 可旋转键数：
  14
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.86
• 拓扑面积：
  77.5
• 氢给体数：
  0
• 氢受体数：
  6

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  α-bromo-3′,5′-O-bis(tert-butyldimethylsilyl)-3-[(trimethylsilylethoxy)methyl]thymidine 在 (S)-adenosylmethionine DL-dithiothreitol 、 potassium chloride 、 四丁基氟化铵 、 四氯化锡 、 lithium diisopropyl amide 作用下， 以 四氢呋喃 、 正己烷 、 二氯甲烷 、 甲苯 为溶剂， 反应 19.5h， 生成 beta-胸苷
  参考文献：
  名称：

  DNA孢子光产物类似物的合成和立体化学分配。

  摘要：

  缺乏详细酶学研究所需的确定底物，严重阻碍了由孢子光产物（SP）裂解酶修复酶进行的DNA修复过程的研究。该问题特别严重，因为修复酶属于强氧敏感性自由基（S）-腺苷甲硫氨酸（SAM）酶，众所周知，这种酶很难处理。我们报告了孢子光产物类似物1 a和1 b的合成，它们具有开放的骨架和非对映异构体。为了解决立体化学分配的问题，制备了另外两个具有封闭主链的衍生物2a和2b。合成2 a / b的关键步骤是基于易位的大环化，可大大提高合成孢子光产物衍生物的构象刚度。环状异构体的NOESY实验提供了清晰的峰间模式，可以明确地分配立体化学。将结果转移到异构体1a和1b的数据中，随后将其用于酶修复研究。这些研究是用来自嗜热脂肪地芽孢杆菌的新型孢子光产物裂解酶修复酶进行的。研究表明，根据我们最近对枯草芽孢杆菌的孢子光产物裂解酶进行的研究，发现只有S异构体1a被识别和修复。现在，制备确定的功能性底物的能力为SP裂解

  DOI：

  10.1002/chem.200600169
• 作为产物：
  描述：

  beta-胸苷 在 咪唑 、 N-溴代丁二酰亚胺(NBS) 、 N-乙基异丙基胺 、 过氧化苯甲酰 作用下， 以 四氯化碳 、 二氯甲烷 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 97.0h， 生成 α-bromo-3′,5′-O-bis(tert-butyldimethylsilyl)-3-[(trimethylsilylethoxy)methyl]thymidine
  参考文献：
  名称：

  DNA孢子光产物类似物的合成和立体化学分配。

  摘要：

  缺乏详细酶学研究所需的确定底物，严重阻碍了由孢子光产物（SP）裂解酶修复酶进行的DNA修复过程的研究。该问题特别严重，因为修复酶属于强氧敏感性自由基（S）-腺苷甲硫氨酸（SAM）酶，众所周知，这种酶很难处理。我们报告了孢子光产物类似物1 a和1 b的合成，它们具有开放的骨架和非对映异构体。为了解决立体化学分配的问题，制备了另外两个具有封闭主链的衍生物2a和2b。合成2 a / b的关键步骤是基于易位的大环化，可大大提高合成孢子光产物衍生物的构象刚度。环状异构体的NOESY实验提供了清晰的峰间模式，可以明确地分配立体化学。将结果转移到异构体1a和1b的数据中，随后将其用于酶修复研究。这些研究是用来自嗜热脂肪地芽孢杆菌的新型孢子光产物裂解酶修复酶进行的。研究表明，根据我们最近对枯草芽孢杆菌的孢子光产物裂解酶进行的研究，发现只有S异构体1a被识别和修复。现在，制备确定的功能性底物的能力为SP裂解

  DOI：

  10.1002/chem.200600169

文献信息

• Spore Photoproduct Lyase Catalyzes Specific Repair of the 5<i>R</i> but Not the 5<i>S</i> Spore Photoproduct
  作者：Tilak Chandra、Sunshine C. Silver、Egidijus Zilinskas、Eric M. Shepard、William E. Broderick、Joan B. Broderick

  DOI：10.1021/ja807375c

  日期：2009.2.25

  Bacterial spores are remarkable in their resistance to chemical and physical stresses, including exposure to UV radiation. The unusual UV resistance of bacterial spores is a result of the unique photochemistry of spore DNA, which results in accumulation of 5-thyminyl-5,6-dihydrothymine (spore photoproduct, or SP), coupled with the efficient repair of accumulated damage by the enzyme spore photoproduct lyase

  细菌孢子在抵抗化学和物理压力方面表现出色，包括暴露于紫外线辐射。细菌孢子异常的抗紫外线能力是孢子 DNA 独特光化学的结果，导致 5-thyminyl-5,6-dihydrothymine（孢子光产物，或 SP）的积累，同时有效修复积累的损伤。酶孢子光产物裂解酶 (SPL)。SPL 是自由基 AdoMet 酶超家族的成员，它利用铁硫簇和 S-腺苷甲硫氨酸通过直接逆转机制修复 SP，该机制由胸腺嘧啶二聚体的 C-6 的 H 原子提取引发。虽然原则上可以在细菌孢子的紫外线照射下形成两种不同的 SP 非对映异构体（5R 或 5S），由于 DNA 结构的限制，双螺旋 DNA 中相邻胸腺嘧啶形成的 SP 仅可能为 5R 构型；5S 构型在不太明确的 DNA 结构中或作为链间交联是可能的。我们在此报告对立体化学定义的 SP 底物进行体外酶促测定的 HPLC 和 MS 分析结果，表明 SPL 仅能特异性修复
• The spore photoproduct lyase repairs the 5S- and not the 5R-configured spore photoproduct DNA lesion
  作者：Marcus G. Friedel、Olivier Berteau、J. Carsten Pieck、Mohamed Atta、Sandrine Ollagnier-de-Choudens、Marc Fontecave、Thomas Carell

  DOI：10.1039/b514103f

  日期：——

  The spore photoproduct lyase is a Fe-S/AdoMet DNA repair enzyme, which directly repairs spore lesions, induced by UV irradiation of spores, using an unknown radical mechanism. The air sensitive radical SAM enzyme was for the first time challenged with synthetically pure substrates. It was found that the enzyme recognizes a synthetic 5S-configured spore lesion without the central phosphodiester bond

  孢子光产物裂解酶是一种Fe-S / AdoMet DNA修复酶，它利用未知的自由基机理直接修复由孢子的紫外线照射诱导的孢子损伤。空气敏感性自由基SAM酶首次受到合成纯底物的挑战。发现该酶识别没有中央磷酸二酯键的合成的5S-构型的孢子损伤。与5R构型的病变相反，目前的看法不是底物。
• Chemical Syntheses of Oligodeoxyribonucleotides Containing Spore Photoproduct
  作者：Yajun Jian、Lei Li

  DOI：10.1021/jo400013n

  日期：2013.4.5

  also called spore photoproduct or SP, is commonly found in the genomic DNA of UV-irradiated bacterial endospores. Despite the fact that SP was discovered nearly 50 years ago, its biochemical impact is still largely unclear due to the difficulty of preparing SP-containing oligonucleotide in high purity. Here, we report the first synthesis of the phosphoramidite derivative of dinucleotide SP TpT, which

  5-(α-Thyminyl)-5,6-dihydrothymine，也称为孢子光产物或 SP，通常存在于紫外线照射的细菌内生孢子的基因组 DNA 中。尽管 SP 是在近 50 年前被发现的，但由于难以制备高纯度的含 SP 的寡核苷酸，其生化影响在很大程度上仍不清楚。在这里，我们报告了二核苷酸 SP TpT 的亚磷酰胺衍生物的首次合成，它能够通过标准固相合成将 SP TpT 成功并入低聚脱氧核糖核苷酸中。这一结果为科学界提供了一种可靠的方法来制备含 SP 的寡核苷酸，为未来的 SP 生化研究奠定基础。含 SP 寡核苷酸的热变性研究发现 SP 使双链不稳定 10-20 kJ/mol，
• Synthesis of the Dinucleotide Spore Photoproduct
  作者：Seong Jin Kim、Cathy Lester、Tadhg P. Begley

  DOI：10.1021/jo00125a006

  日期：1995.10
• Chemoselective Deprotection of Triethylsilyl Ethers
  作者：Tilak Chandra、William E. Broderick、Joan B. Broderick

  DOI：10.1080/15257770903362172

  日期：2009.12.7

  An efficient and selective method was developed for the deprotection of triethylsilyl (TES) ethers using formic acid in methanol (5-10%) or in methylene chloride 2-5%) with excellent yields. TES ethers are selectively deprotected to the corresponding alcohols in high yields using formic acid in methanol under mild reaction conditions. Other hydroxyl protecting groups like t-butyldimethylsilyl (TBDMS) remain unaffected.