5'-O-phthalimidothymidine | 140659-85-4

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘧啶核苷
• 英文名称: 5'-O-phthalimidothymidine
• 英文别名: 2-[[(2R,3S,5R)-3-hydroxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy]isoindole-1,3-dione
• CAS: 140659-85-4
• 化学式: C₁₈H₁₇N₃O₇
• 分子量: 387.349
• InChiKey: KCUZYQBFERZINQ-BFHYXJOUSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -0.3
• 重原子数：
  28
• 可旋转键数：
  4
• 环数：
  4.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.33
• 拓扑面积：
  126
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  7

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  5'-O-phthalimidothymidine 在 咪唑 、 Bis-(trimethylzinn)-benzpinakolat 、 甲基肼 作用下， 以 甲醇 、 二氯甲烷 、 水 、 N,N-二甲基甲酰胺 、 苯 为溶剂， 反应 29.0h， 生成 1-[(2R,4R,5S)-4-[[[(2R,3S,5R)-3-[tert-butyl(diphenyl)silyl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxyamino]methyl]-5-(trityloxymethyl)oxolan-2-yl]-5-methylpyrimidine-2,4-dione
  参考文献：
  名称：

  Intermolecular radical CC bond formation: Synthesis of a novel dinucleoside linker for non-anionic antisense oligonucleosides

  摘要：

  An efficient, stereoselective synthesis of a thymidine (T) nucleoside dimer (T-3'-CH2-NH-O-5'-T) 1 has been accomplished via an intermolecular radical reaction. The new dimer and methodology is useful for the development of backbone modified antisense oligonucleosides.

  DOI：

  10.1016/s0040-4039(00)79047-2
• 作为产物：
  描述：

  N-羟基邻苯二甲酰亚胺 、 beta-胸苷 在 偶氮二甲酸二异丙酯 、 三苯基膦 作用下， 以 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 18.0h， 以75%的产率得到5'-O-phthalimidothymidine
  参考文献：
  名称：

  含异羟肟酸的核苷抑制DNA修复核酸酶SNM1A。

  摘要：

  九个修饰的核苷，结合锌结合药效基团，已经合成并评估为DNA修复核酸酶SNM1A的抑制剂。该系列包括氧酰胺，异羟肟酸，异羟肟酸酯，酰肼，方酸酯和方酰胺。异羟肟酸衍生的核苷抑制了该酶，通过使用合理设计的核苷衍生的抑制剂为潜在的治疗开发提供了一种新方法。

  DOI：

  10.1039/c9ob01133a
• 作为试剂：
  描述：

  beta-胸苷 、 N-羟基邻苯二甲酰亚胺 、 三苯基膦 、 diisopropyl (E)-azodicarboxylate 在 乙醚 、 5'-O-phthalimidothymidine 作用下， 以 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 15.0h， 生成 5'-O-phthalimidothymidine
  参考文献：
  名称：

  Backbone-modified oligonucleotide analogs and preparation thereof

  摘要：

  提供了制备寡核苷酸类似物的方法，这些类似物具有改善的核酸酶抗性和改善的细胞摄取能力。在优选实施方式中，该方法涉及3'-和5'-取代或5'-和3'-取代的核苷酸合成物的自由基偶联。

  公开号：

  US05618704A1

文献信息

• Synthesis of Thymidine Dimers from 5′-O-Aminothymidine
  作者：Juan Xie、Sandrine Peyrat

  DOI：10.1055/s-0031-1289759

  日期：2012.6

  for various therapeutic and diagnostic applications. The facile secondary structure formation of N-oxyamide-linked peptide analogues and the high nucleophilicity of the aminooxy function prompted us to prepare O-amino nucleoside derived dinucleosides. Herein, the efficient synthesis of three novel thymidine dimers with N-oxyamide, oxime and oxyamine linkages via a convergent approach from a common 5′-O-aminothymidine

  摘要 修饰寡核苷酸的合成对于各种治疗和诊断应用非常重要。N-氧酰胺连接的肽类似物的容易形成的二级结构和氨氧基官能团的高度亲核性促使我们制备了O-氨基核苷衍生的二核苷。在本文中，报道了通过会聚方法从常见的5'- O-氨基胸苷有效合成具有N-氧酰胺，肟和氧胺键的三个新型胸苷二聚体。 修饰寡核苷酸的合成对于各种治疗和诊断应用非常重要。N-氧酰胺连接的肽类似物的容易形成的二级结构和氨氧基官能团的高度亲核性促使我们制备了O-氨基核苷衍生的二核苷。在本文中，报道了通过会聚方法从常见的5'- O-氨基胸苷有效合成具有N-氧酰胺，肟和氧胺键的三个新型胸苷二聚体。
• Photoredox-Catalyzed Deformylative 1,4-Addition of 2′-Deoxy-5′-<i>O</i>-phthalimidonucleosides for Synthesis of 5′-Carba Analogs of Nucleoside 5′-Phosphates
  作者：Yuta Ito、Airi Kimura、Takashi Osawa、Yoshiyuki Hari

  DOI：10.1021/acs.joc.8b00637

  日期：2018.9.21

  approach for the synthesis of the 5′-carba analogs of nucleoside 5′-phosphates from 2′-deoxy-5′-O-phthalimidonucleosides by a visible-light-mediated deformylative 1,4-addition was developed. This method enabled rapid and facile generation of 4′-carbon radicals of nucleosides. Moreover, this synthetic strategy was applicable to the 5′-carba analogs of nucleoside 5′-phosphates as well as other 5′-carba nucleosides

  开发了一种简明的方法，该方法通过可见光介导的脱甲酰基1，4-加成从2'-脱氧-5' - O-邻苯二甲酰亚胺核苷合成核苷5'-磷酸的5'-carba类似物。该方法使得能够快速且容易地生成核苷的4'-碳自由基。而且，该合成策略适用于核苷5'-磷酸的5'-carba类似物以及其他带有甲氧基羰基，氰基和N-甲基氨磺酰基的5'-carba核苷。
• Backbone modified oligonucleotide analogs
  申请人：ISIS Pharmaceuticals, Inc.

  公开号：US05378825A1

  公开（公告）日：1995-01-03

  Therapeutic oligonucleotide analogs which have improved nuclease resistance and improved cellular uptake are provided. Replacement of the normal phosphorodiester inter-sugar linkages found in wild type oligomers with four atom linking groups forms unique di- and poly- nucleosides and nucleotides useful in regulating RNA expression and in therapeutics. Methods of synthesis and use are also disclosed.

  提供了具有改善核酸酶抗性和细胞摄取能力的治疗性寡核苷酸类似物。用四个原子连接基取代野生型寡聚物中发现的正常磷酸二酯间糖连接，形成独特的二核苷酸和多核苷酸，可用于调节RNA表达和治疗。还公开了合成和使用的方法。
• Backbone modified oligonucleotide analogs and preparation thereof
  申请人：Isis Pharmaceuticals

  公开号：US05386023A1

  公开（公告）日：1995-01-31

  Methods for preparing oligonucleotide analogs which have improved nuclease resistance and improved cellular uptake are provided. In preferred embodiments, the methods involve reductive coupling of 3'- and 4'-substituted or 4'- and 3'-substituted nucleosidic synthons.

  提供了制备寡核苷酸类似物的方法，这些类似物具有改善的核酸酶抗性和改善的细胞摄取能力。在优选实施例中，该方法涉及3'-和4'-取代或4'-和3'-取代的核苷合成物的还原偶联。
• Backbone-modified oligonucleotide analogs and methods for using same
  申请人：——

  公开号：US20020183502A1

  公开（公告）日：2002-12-05

  Therapeutic oligonucleotide analogs which have improved nuclease resistance and improved cellular uptake are provided. Replacement of phosphorodiester inter-sugar linkages found in wild type oligomers with four atom linking groups forms unique di- and poly-nucleosides and nucleotides useful in regulating RNA expression and in therapeutics. Methods of synthesis and use are also disclosed.

  本发明提供了具有改良核酸酶抵抗性和改良细胞摄取能力的治疗性寡核苷酸类似物。通过用四原子连接基取代野生型寡聚物中发现的磷酸二酯间糖连接，形成独特的二核苷酸和多核苷酸，可用于调节RNA表达和治疗。还公开了合成和使用的方法。