5'-O-pixylthymidine | 69075-29-2

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘧啶核苷
• 英文名称: 5'-O-pixylthymidine
• 英文别名: O^5'-(9-phenyl-xanthen-9-yl)-thymidine；5'-O-(9-phenylxanthen-9-yl)thymidine；1-[(2R,4S,5R)-4-hydroxy-5-[(9-phenylxanthen-9-yl)oxymethyl]oxolan-2-yl]-5-methylpyrimidine-2,4-dione
• CAS: 69075-29-2
• 化学式: C₂₉H₂₆N₂O₆
• 分子量: 498.535
• InChiKey: STGIOSMJNPMDIW-HDYLNDSGSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  3.1
• 重原子数：
  37
• 可旋转键数：
  5
• 环数：
  6.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.24
• 拓扑面积：
  97.3
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  6

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  5'-O-pixylthymidine 在 吡啶 、 1H-1,2,4-三唑 、 水 、 苯甲基-2-磺酰三硝基三氮唑 、 三乙胺 作用下， 反应 1.05h， 生成
  参考文献：
  名称：

  Balgobin, Neil; Josephson, Staffan; Chattopadhyaya, Jyoti B., Acta chemica Scandinavica. Series B: Organic chemistry and biochemistry, 1981, vol. 35, # 3, p. 201 - 212

  摘要：

  DOI：
• 作为产物：
  描述：

  Carbonic acid 2-benzenesulfonyl-ethyl ester (2R,3S,5R)-5-(5-methyl-2,4-dioxo-3,4-dihydro-2H-pyrimidin-1-yl)-2-(9-phenyl-9H-xanthen-9-yloxymethyl)-tetrahydro-furan-3-yl ester 在 三乙胺 作用下， 以 吡啶 为溶剂， 反应 20.0h， 以85.8%的产率得到5'-O-pixylthymidine
  参考文献：
  名称：

  2-苯基磺酰基乙基羰基（PSEC）用于保护羟基功能

  摘要：

  PSEC基团可与多种酸和弱碱保护基团一起用于保护羟基官能团；通过在干燥的吡啶溶液中于20°C在20 h内处理三乙胺（15当量），可以除去PSEC基团，而其他对碱不稳定的保护基团则保持完整。

  DOI：

  10.1016/s0040-4039(01)81988-2

文献信息

• Use of the 2,4-dinitrobenzyl protecting group in the synthesis of phosphorodithioate analogues of oligodeoxyribonucleotides
  作者：Geoffrey M. Porritt、Colin B. Reese

  DOI：10.1016/s0040-4039(00)88796-1

  日期：1990.1

  The putative intermediate bis(1,2,4-triazolide) derivative (5) is used in the stepwise synthesis in solution of the phosphorodithioate analogue () of thymidylyl-(3′→5′)-thymidylyl-(3′→5′)-thymidine; the 2,4-dinitrobenzyl (Dnb) group is used to protect phosphorodithioate internucleotide linkages.

  推定的中间体双（1,2,4-三唑啉）衍生物（5）用于在溶液中逐步合成thythyylyl-（3'→5'）-thymidylyl-（3'→5'）的二硫代磷酸酯类似物（） ）-胸苷; 2,4-二硝基苄基（Dnb）基团用于保护二硫代磷酸酯核苷酸间键。
• LARGE-SCALE SYNTHESIS OF 5′-<i>O</i>-PIXYL PROTECTED 2′-DEOXYNUCLEOSIDES USEFUL FOR OLIGONUCLEOTIDE SYNTHESIS
  作者：Robert T. Day、Dean Williams、Priscilla Soriano、Yogesh S. Sanghvi

  DOI：10.1081/ncn-200065966

  日期：2005.4.1

  Synthesis of 5′-O-pixylated 2′-deoxynucleosides 4 has been accomplished and the products are commercially available.

  5'-O-pixylated 2'-deoxynucleosides 4 的合成已经完成，产品已上市。
• Intra- and intermolecular nucleophilic phosphorous - sulfur bond cleavage. The reaction of fluoride ion with O-aryl-O, S-dialkylphosphorothioates, &amp; the degradation of phosphorothioate linkage in di-ribonucleotides by the vicinal 2′-hydroxyl group.
  作者：Christian Sund、Jyoti Chattopadhyaya

  DOI：10.1016/s0040-4020(01)89215-2

  日期：1989.1

  adenylyl (3′→5′)-5′-thiouridines 12 and 13 were partially deprotected to 37 and 38, having a phosphorothioate linkage with a bridging sulfur [ribonucleoside-3′-O-PO2-S-5′-ribonucleoside] in order to examine the stability of this internucleotidyl linkage vicinal to a 2′ -hydroxyl function. The 2′-O-protected adenylyl(3′→5′)-5′- thiouridines 37 and 38 were found to be as stable as thymidylyl(3′→5′)-5′-thiothymiifine

  O-芳基-O，S-dialkylphosphorothioates，如全保护腺苷酰基（3'→5'） - 5'-硫代尿苷11，O-芳基- O-乙基-5'- thiouridyl硫代磷酸酯24，在治疗与过量在四氢呋喃-吡啶-水中（8：1：1 v / v / v）中对正四丁基氟化铵进行切割，使磷-硫键断裂，得到相应的O-烷基磷一氟酸酯20（74％）和30（75％）。此轻便，alkylphosphoromonofluoridates的新的制备已被发现是已经举例说明通过的O-芳基-O的转化一般的反应，S-dialkylphosphorothioates 26，27，28和29到相应的phosphorofluoridates 30（79％），（31+ 32（一起85％），33（63％）和34（90％），将完全保护的腺苷基（3'→5'）-5'-硫尿苷12和13部分脱保护为37和38，具有硫代磷酸酯与桥连硫[核糖核苷-3'-O-PO
• The flouren-9-ylmethoxycarbonyl group for the protection of hydroxy-groups; its application in the synthesis of an octathymidylic acid fragment
  作者：Carlo Gioeli、Jyoti B. Chattopadhyaya

  DOI：10.1039/c39820000672

  日期：——

  The fluoren-9-ylmethoxycarbonyl (Fmoc) group may be used to protect hydroxy-groups in conjunction with a variety of acid- and base-labile protecting groups; the Fmoc group may be conveniently removed by the action of triethylamine (10 equiv.) in dry pyridine solution within 2 h at 20 °C while other base-labile protecting groups remained intact.

  芴基9-基甲氧基羰基（Fmoc）可与多种对酸和碱不稳定的保护基团一起用于保护羟基。Fmoc基团可通过三乙胺（10当量）在干燥的吡啶溶液中于20°C在2 h内的作用方便地除去，而其他对碱不稳定的保护基团则保持完整。
• Substituent and Solvent Effects of TMS Triflate Mediated C1′ Epimerization of β-Thymidine to α-Thymidine
  作者：Yuichi Sato、Gohsuke Tateno、Kohji Seio、Mitsuo Sekine

  DOI：10.1002/1099-0690(20021)2002:1<87::aid-ejoc87>3.0.co;2-b

  日期：2002.1

  This paper deals with kinetic studies of TMSOTf-mediated C1′ epimerization of β-thymidine to α-thymidine. The effect of neighboring group participation by various 5′-hydroxy protecting groups, such as toluoyl, Et2CHC(O), Et2NC(O), and Et2NC(S), on the β→α conversion is described in detail. The time dependence of the ratio of the α and β anomers in the C1′ epimerization was estimated by 1H NMR. The

  本文涉及 TMSOTf 介导的 β-胸苷 C1' 差向异构化为 α-胸苷的动力学研究。详细描述了相邻基团参与各种 5'-羟基保护基团，如甲苯甲酰基、Et2CHC(O)、Et2NC(O)和 Et2NC(S)对 β→α 转化的影响。C1'差向异构化中α和β端基异构体的比率的时间依赖性通过1H NMR估计。α/β 平衡常数 K 和速率常数 kα 和 kβ 是根据实验数据计算的。结果得出的结论是，在乙腈中，α/β 平衡常数 K 在热力学上受 5'-羟基保护基团的位阻影响。另一方面，速率常数 kα 和 kβ 主要受氧鎓离子中间体稳定性的影响。特别是，由于二乙基硫代氨基甲酰基的相邻基团参与，从氧鎓离子中间体形成分子内环化亚胺鎓离子中间体倾向于降低总反应速率。最后，通过使用 Et2CHC(O) 基团，可以以 89% 的高 α 异构体选择性进行 α/β C1'差向异构化。因此，可以从 β-胸苷作为合成 α-DNA