1-(2,5-dideoxy-β-D-glycero-pent-4-enofuranosyl)thymine | 28034-72-2

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机杂环化合物 - 二嗪类
• 英文名称: 1-(2,5-dideoxy-β-D-glycero-pent-4-enofuranosyl)thymine
• 英文别名: 1-((2R,4S)-4-hydroxy-5-methylenetetrahydrofuran-2-yl)-5-methylpyrimidine-2,4(1H,3H)-dione；4',5'-didehydro-5'-deoxy-thymidine；5'-deoxythymidin-4'-ene；1-[(2R,4S)-4-hydroxy-5-methylideneoxolan-2-yl]-5-methylpyrimidine-2,4-dione
• CAS: 28034-72-2
• 化学式: C₁₀H₁₂N₂O₄
• 分子量: 224.216
• InChiKey: GHLYSDYPUZQXIN-JGVFFNPUSA-N

物化性质

• 密度：
  1.41±0.1 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -0.4
• 重原子数：
  16
• 可旋转键数：
  1
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.4
• 拓扑面积：
  78.9
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  4

制备方法与用途

4’,5’-二氢-5’-脱氧胸苷是一种嘌呤核苷类似物，具有广泛抗肿瘤活性，尤其针对惰性淋巴系统恶性肿瘤。其抗癌机制主要通过抑制DNA合成和诱导细胞凋亡来实现。

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  1-(2,5-dideoxy-β-D-glycero-pent-4-enofuranosyl)thymine 在 偶氮二甲酸二异丙酯 、 三苯基膦 作用下， 以 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 0.5h， 以89%的产率得到(1R,9R)-4-methyl-10-methylidene-8,11-dioxa-2,6-diazatricyclo[7.2.1.02,7]dodeca-3,6-dien-5-one
  参考文献：
  名称：

  亲电试剂促进羟甲基膦酸酯加成到4'，5'-didehydronucleosides：一种新的5'-核苷酸的等构类似物的方法

  摘要：

  亲电子促进的将二烷基羟甲基膦酸酯加到受保护的4'，5'-didehydronucleosides上，生成2'，5'-dideoxynucleosides的4'-di烷基膦酰基甲氧基衍生物的差向异构体混合物，这是2'-deoxynucleoside 5'-monophosphates的新类似物。在与4'，5'-二氢胸苷的加成反应中评估了几种类型的亲电试剂（甲苯磺酸吡啶鎓，NIS，NBS，MCPBA等）。从中发现，甲苯磺酸吡啶鎓在这些转化中具有实际用途。它的使用导致了一系列常见2'-脱氧核苷的4'-膦酰基甲氧基衍生物的制备。在生物学筛选中，这些游离膦酸没有发挥明显的细胞抑制或抗病毒活性。

  DOI：

  10.1016/j.tet.2007.03.059
• 作为产物：
  描述：

  1-(3-O-acetyl-2,5-dideoxy-β-D-glycero-pent-4-enofuranosyl)thymine 在 氨 作用下， 以 甲醇 为溶剂， 生成 1-(2,5-dideoxy-β-D-glycero-pent-4-enofuranosyl)thymine
  参考文献：
  名称：

  4'，5'-环氧核苷的开环：4'-C-支链核苷的新型立体选择性进入。

  摘要：

  立体选择性合成4'-α-碳取代的核苷已通过4'，5'-不饱和核苷与二甲基二环氧乙烷（DMDO）的环氧化和连续的SnCl（4）促进所得4'，5'-的开环而完成环氧核苷与有机硅试剂。[反应：看文字]

  DOI：

  10.1021/ol020259h

文献信息

• Synthesis and antiviral evaluation of 4′-(1,2,3-triazol-1-yl)thymidines
  作者：Sanjeev Kumar V. Vernekar、Li Qiu、Jeana Zacharias、Robert J. Geraghty、Zhengqiang Wang

  DOI：10.1039/c4md00039k

  日期：——

  novel antiviral nucleoside scaffolds, we have explored azide–alkyne cycloaddition reactions with 4′-azidothymidine (ADRT). The Ru-mediated reaction failed and the Cu-catalyzed variant generated 1,2,3-triazoles (9a–y) with only modest yields and efficiencies, indicating a substantial steric barrier around the 4′-azido group. Antiviral screening identified a few triazole analogues moderately active against

  在4'位置带有线性取代基（叠氮基或乙炔基）的非专性链终止核苷代表了抗病毒发现中一类重要的化合物，特别是针对丙型肝炎病毒（HCV）和人类免疫缺陷病毒（HIV）的化合物。先前我们已经证明3'-叠氮胸苷（AZT）衍生的1,2,3-三唑可能是HIV-1的有效抑制剂。为了评估功能化4'-线性取代基并可能产生新的抗病毒核苷支架的药物化学影响，我们探索了4'-叠氮胸苷（ADRT）的叠氮化物-炔烃环加成反应。Ru介导的反应失败，Cu催化的变异体生成1,2,3-三唑（9a–y）仅具有适度的产量和效率，表明4'-叠氮基团周围存在明显的空间位阻。抗病毒筛选确定了一些三唑类似物，对HIV-1（对10μM的抑制率为18–62％）和/或甲型流感病毒（对10μM的抑制率为15–50％）具有中等活性，对西尼罗河病毒（WNV）没有活性或HCV。这些结果表明，ADRT的线性4'叠氮基可能对靶标结合必不可少，并且其化学操作可能会大大削弱抗病毒效力。
• Synthesis and anti-HIV activity of 4'-azido- and 4'-methoxynucleosides
  作者：Hans Maag、Robert M. Rydzewski、Mary Jane McRoberts、Diane Crawford-Ruth、Julien P. H. Verheyden、Ernest J. Prisbe

  DOI：10.1021/jm00086a013

  日期：1992.4

  magnitude less active and less toxic than their azido counterparts. Modifications at the 2'- or 3'-position of the 4'-substituted-2'-deoxynucleosides tended to diminish activity. Further evaluation of 4'-azidothymidine (6a) in H9, PBL, and MT-2 cells infected with HIV demonstrated a similar inhibitory profile to that of AZT. However, 4'-azidothymidine (6a) retained its activity against HIV mutants which

  合成了一系列核苷，其中4'-氢被叠氮基或甲氧基取代。合成4'-叠氮基类似物的关键步骤是将叠氮化碘立体和区域选择性加成到4'-不饱和核苷前体中，然后通过氧化辅助置换5'-碘基。4'-甲氧基核苷是通过4'-不饱和核苷的环氧化制得的，合适的环氧化物是用甲醇打开的。反应机理考虑，经验构象规则，基于NMR的构象计算和NOE实验表明4'-叠氮核苷偏爱呋喃糖部分的3'-内（N型）构象。当评估它们在A3.01细胞培养物中对HIV的抑制作用时，所有4'-azido-2' -脱氧-β-D-核苷表现出有效的活性。IC50的范围从4'-叠氮基2'-脱氧尿苷（6c）的0.80 microM到4'-叠氮基2'-脱氧鸟苷（6e）的0.003 microM。在该系列中，检测到的细胞毒性是IC50的50-1500倍。4'-甲氧基-2'-脱氧-β-D-核苷的活性比其叠氮基对应物低2-3个数量级，并且毒性更低。4'-取代的-2
• Antiviral agents
  申请人：Syntex (U.S.A.) Inc.

  公开号：US05449664A1

  公开（公告）日：1995-09-12

  Nucleoside compounds of the formula ##STR1## wherein: B is a purine or a pyrimidine; X and X' are H, OH or F, provided that at least one is H; Y and Y' are H, OH, OCH.sub.3 or F, provided that at least one is H; Y' and Z together form a cyclic phosphate ester, provided that Y is H; or Z is ##STR2## where n is zero, one, two or three; and Z' is N.sub.3 or OCH.sub.3 ; provided that when X' and Y' are OH and Z' is N.sub.3, B is not cytosine, and when X' and Y' are OH and Z' is OCH.sub.3, B is not uracil, adenine or cytosine; and the pharmaceutically acceptable esters, ethers and salts thereof, have been found to have potent antiviral activity with a high therapeutic ratio.

  核苷类化合物的结构式为##STR1##其中：B为嘌呤或嘧啶；X和X'为H、OH或F，至少一个为H；Y和Y'为H、OH、OCH.sub.3或F，至少一个为H；Y'和Z一起形成环磷酸酯，其中Y为H；或Z为##STR2##其中n为零、一、二或三；Z'为N.sub.3或OCH.sub.3；条件是当X'和Y'为OH且Z'为N.sub.3时，B不是胞嘧啶，当X'和Y'为OH且Z'为OCH.sub.3时，B不是尿嘧啶、腺嘌呤或胞嘧啶；以及其药学上可接受的酯、醚和盐已被发现具有高治疗比的强效抗病毒活性。
• 4′-Alkoxy oligodeoxynucleotides: a novel class of RNA mimics
  作者：Radek Liboska、Jan Snášel、Ivan Barvík、Miloš Buděšínský、Radek Pohl、Zdeněk Točík、Ondřej Páv、Dominik Rejman、Pavel Novák、Ivan Rosenberg

  DOI：10.1039/c1ob06148h

  日期：——

  4′-Alkoxy-oligothymidylates were prepared as model compounds to study the influence of a C4′-alkoxy group on hybridisation. The phosphodiester homooligomers (15 units long) containing either a 4′-methoxy or 4′-(2-methoxyethoxy) group were found to display increased hybridisation with both dA15 and rA15 complementary counterparts compared to the natural oligothymidylate. In addition, we found their hybridisation behaviour to be similar to that of the regioisomeric 2′-O-methyl-oligothymidylate. The formed complexes (duplexes and triplexes) were studied using UV spectroscopy and polyacrylamide gel electrophoresis (PAGE). Structural background of the hybridization behaviour was examined using NMR and MDS. The favourable hybridisation properties of the 4′-alkoxyoligothymidylates indicated that 4′-alkoxy modified nucleotides are promising compounds for the assembly of chimeric oligonucleotides with tunable properties.

  为了研究 C4²-烷氧基对杂化的影响，我们制备了 4â²-烷氧基寡胸苷酸酯作为模型化合物。研究发现，与天然寡胸苷酸酯相比，含有 4â²-甲氧基或 4â²-（2-甲氧基乙氧基）基团的磷酸二酯均寡聚体（15 个单位长）与 dA15 和 rA15 互补对应物的杂交作用增强。此外，我们还发现它们的杂交行为与 2â²-O-甲基-低聚胸苷酸的 Regioisomeric 相似。我们使用紫外光谱和聚丙烯酰胺凝胶电泳（PAGE）对形成的复合物（双链和三链）进行了研究。使用 NMR 和 MDS 对杂交行为的结构背景进行了研究。4'²-烷氧基醇基胸苷酸酯良好的杂交特性表明，4'²-烷氧基修饰的核苷酸是组装具有可调特性的嵌合寡核苷酸的理想化合物。
• Nucleoside analog-based phosphonates via photochemical, single electron transfer (SET) induced rearrangements of allyl phosphites
  作者：Geun Sook Jeon、Wesley G. Bentrude

  DOI：10.1016/s0040-4039(97)10678-5

  日期：1998.2

  The photochemical SET rearrangement of nucleoside analog-based phosphites 12 and 13, initiated by the singlet excited state of DCN, affords the corresponding diethyl phosphonates 14 and 15. Deprotection of 15 gives phosphonate 16. Treatment of 14 – 16 with base yields the vinylphosphonates 17–19 as the (E)- and (Z)-diastereomers.

  由DCN的单重激发态引发的基于核苷类似物的亚磷酸酯12和13的光化学SET重排，可提供相应的二乙基膦酸酯14和15。15的脱保护得到膦酸酯16。用碱处理14-16会生成17-19的乙烯基膦酸酯，为（E）-和（Z）-非对映异构体。