1,5-anhydro-4,6-O-benzylidene-2-deoxy-2-(thymin-1-yl)-D-altro-hexitol | 401906-49-8

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机杂环化合物 - 吡喃二恶英
• 英文名称: 1,5-anhydro-4,6-O-benzylidene-2-deoxy-2-(thymin-1-yl)-D-altro-hexitol
• 英文别名: 1-[(2R,4aR,7R,8S,8aS)-8-hydroxy-2-phenyl-4,4a,6,7,8,8a-hexahydropyrano[3,2-d][1,3]dioxin-7-yl]-5-methylpyrimidine-2,4-dione
• CAS: 401906-49-8
• 化学式: C₁₈H₂₀N₂O₆
• 分子量: 360.367
• InChiKey: MRTCKFLQDHYUJK-OWVAZHOYSA-N

物化性质

• 密度：
  1.363±0.06 g/cm3(Temp: 20 °C; Press: 760 Torr)(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -0.1
• 重原子数：
  26
• 可旋转键数：
  2
• 环数：
  4.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.44
• 拓扑面积：
  97.3
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  6

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  1,5-anhydro-4,6-O-benzylidene-2-deoxy-2-(thymin-1-yl)-D-altro-hexitol 在 咪唑 、 三氟乙酸 作用下， 以 二氯甲烷 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 40.0h， 生成 1,5-anhydro-3-O-tert-butyldimethylsilyl-2-deoxy-2-(thymin-1-yl)-D-altro-hexitol
  参考文献：
  名称：

  具有 3'-O-叔丁基二甲基甲硅烷基保护基团的 D-Altriitol 核苷的合成

  摘要：

  合成了四个带有 3'-O-叔丁基二甲基甲硅烷基保护基团的 D-altriitol 核苷（碱基部分是腺嘌呤、鸟嘌呤、胸腺嘧啶和 5-甲基胞嘧啶）。核苷是通过 1,5:2,3-二脱水-4,6-O-亚苄基-D-阿糖醇的开环反应获得的。引入杂环的最佳反应环境（NaH、LiH、DBU、相转移、微波辐照）是碱特异性的。为了引入 3'-O-甲硅烷基保护基团，需要较长的反应时间和几当量的叔丁基二甲基甲硅烷基氯。†为了纪念和庆祝 Leroy B. Townsend 教授 70 岁生日。

  DOI：

  10.1081/ncn-120028338
• 作为产物：
  描述：

  胸腺嘧啶 、 1,5:2,3-二脱水-4,6-O-[(R)-苯基亚甲基]-D-蒜糖醇 在 1,8-二氮杂双环[5.4.0]十一碳-7-烯 作用下， 以 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 3.0h， 以75%的产率得到1,5-anhydro-4,6-O-benzylidene-2-deoxy-2-(thymin-1-yl)-D-altro-hexitol
  参考文献：
  名称：

  具有 3'-O-叔丁基二甲基甲硅烷基保护基团的 D-Altriitol 核苷的合成

  摘要：

  合成了四个带有 3'-O-叔丁基二甲基甲硅烷基保护基团的 D-altriitol 核苷（碱基部分是腺嘌呤、鸟嘌呤、胸腺嘧啶和 5-甲基胞嘧啶）。核苷是通过 1,5:2,3-二脱水-4,6-O-亚苄基-D-阿糖醇的开环反应获得的。引入杂环的最佳反应环境（NaH、LiH、DBU、相转移、微波辐照）是碱特异性的。为了引入 3'-O-甲硅烷基保护基团，需要较长的反应时间和几当量的叔丁基二甲基甲硅烷基氯。†为了纪念和庆祝 Leroy B. Townsend 教授 70 岁生日。

  DOI：

  10.1081/ncn-120028338

文献信息

• TETRAHYDROPYRAN NUCLEIC ACID ANALOGS
  申请人：Swayze Eric E.

  公开号：US20090092981A1

  公开（公告）日：2009-04-09

  The present disclosure describes tetrahydropyran nucleoside analogs, oligomeric compounds prepared therefrom and methods of using the oligomeric compounds. More particularly, tetrahydropyran nucleoside analogs are provided, having one or more chiral substituents, that are useful for enhancing properties of oligomeric compounds including nuclease resistance and binding affinity. In some embodiments, the oligomeric compounds provided herein hybridize to a portion of a target RNA resulting in loss of normal function of the target RNA.

  本公开描述了四氢吡喃核苷类似物，以及由此制备的寡聚合物化合物和使用这些寡聚合物化合物的方法。更具体地说，提供了具有一个或多个手性取代基的四氢吡喃核苷类似物，这些类似物可用于增强包括核酸酶抗性和结合亲和性在内的寡聚合物化合物的性质。在某些实施例中，本文提供的寡聚合物可以与目标RNA的部分杂交，导致目标RNA失去正常功能。
• Fmoc-Protected Altritol Phosphoramidite Building Blocks and Their Application in the Synthesis of Altritol Nucleic Acids (ANAs)
  作者：Mikhail Abramov、Guy Schepers、Arthur Van Aerschot、Piet Herdewijn

  DOI：10.1002/ejoc.200600868

  日期：2007.3

  Fmoc-protected altritol nucleoside phosphoramidite building blocks with adenine, guanine, thymine, uracil, cytosine and 5-methylcytosine as bases have been synthesized. These building blocks were used for the synthesis of altritol nucleic acid (ANA) and chimeric ANA-RNA oligonucleotides. Whilst the yields of oligonucleotides were lower than those obtained with 3′-O-benzoyl-protected altritol building

  已经合成了以腺嘌呤、鸟嘌呤、胸腺嘧啶、尿嘧啶、胞嘧啶和 5-甲基胞嘧啶为碱基的 Fmoc 保护的阿曲糖醇核苷亚磷酰胺结构单元。这些构件用于合成阿曲糖醇核酸 (ANA) 和嵌合 ANA-RNA 寡核苷酸。虽然寡核苷酸的产率低于使用 3'-O-苯甲酰基保护的 atriitol 构建块获得的产率，但与 Pac-RNA 化学在嵌合寡核苷酸合成方面的出色兼容性使 Fmoc 成为了用于仲醇功能的有价值的保护基团用于寡核苷酸合成的核苷糖部分。（© Wiley-VCH Verlag GmbH & Co. KGaA, 69451 Weinheim, Germany, 2007）
• [EN] TETRAHYDROPYRAN NUCLEIC ACID ANALOGS<br/>[FR] ANALOGUES D'ACIDE NUCLÉIQUE DE TÉTRAHYDROPYRANE
  申请人：ISIS PHARMACEUTICALS INC

  公开号：WO2010090969A4

  公开（公告）日：2010-09-30
• Synthesis, Improved Antisense Activity and Structural Rationale for the Divergent RNA Affinities of 3′-Fluoro Hexitol Nucleic Acid (FHNA and Ara-FHNA) Modified Oligonucleotides
  作者：Martin Egli、Pradeep S. Pallan、Charles R. Allerson、Thazha P. Prakash、Andres Berdeja、Jinghua Yu、Sam Lee、Andrew Watt、Hans Gaus、Balkrishen Bhat、Eric E. Swayze、Punit P. Seth

  DOI：10.1021/ja207086x

  日期：2011.10.19

  The synthesis, biophysical, structural, and biological properties of both isomers of 3'-fluoro hexitol nucleic acid (FHNA and Ara-FHNA) modified oligonucleotides are reported. Synthesis of the FHNA and Ara-FHNA thymine phosphoramidites was efficiently accomplished starting from known sugar precursors. Optimal RNA affinities were observed with a 3'-fluorine atom and nucleobase in a trans-diaxial orientation. The Ara-FHNA analog with an equatorial fluorine was found to be destabilizing. However, the magnitude of destabilization was sequence-dependent. Thus, the loss of stability is sharply reduced when Ara-FHNA residues were inserted at pyrimidine-purine (Py-Pu) steps compared to placement within a stretch of pyrimidines (Py-Py). Crystal structures of A-type DNA duplexes modified with either monomer provide a rationalization for the opposing stability effects and point to a steric origin of the destabilization caused by the Ara-FHNA analog. The sequence dependent effect can be explained by the formation of an internucleotide C-F center dot center dot center dot H-C pseudo hydrogen bond between F3' of Ara-FHNA and C8-H of the nucleobase from the 3'-adjacent adenosine that is absent at Py-Py steps. In animal experiments, FHNA-modified antisense oligonudeotides formulated in saline showed a potent downregulation of gene expression in liver tissue without producing hepatotoxicity. Our data establish FHNA as a useful modification for antisense therapeutics and also confirm the stabilizing influence of F(Py)center dot center dot center dot H-C(Pu) pseudo hydrogen bonds in nucleic acid structures.
• US8536320B2
  申请人：——

  公开号：US8536320B2

  公开（公告）日：2013-09-17