S²,2'-cyclo-2-thiouridine | 29388-54-3

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机硫化合物 - 硫醚类
• 英文名称: S²,2'-cyclo-2-thiouridine
• 英文别名: 2',2-anhydro-2-thiouridine；2,2'-(S)-Anhydrouridin；(S)-2,2'-Anhydro-1-(2-deoxy-β-D-erythro-pentofuranosyl)-2-thiouracil；(S)-2,2'-Cyclo-2-thiouridin；(3aS)-3c-hydroxy-2t-hydroxymethyl-(3ar,9ac)-2,3,3a,9a-tetrahydro-furo[2',3':4,5]thiazolo[3,2-a]pyrimidin-6-one；arabino-2-thio-2,2'-anhydro-uridine；2',2-Anhydro-2-thiouridine；(2R,4R,5R,6S)-5-hydroxy-4-(hydroxymethyl)-3-oxa-7-thia-1,9-diazatricyclo[6.4.0.02,6]dodeca-8,11-dien-10-one
• CAS: 29388-54-3
• 化学式: C₉H₁₀N₂O₄S
• 分子量: 242.255
• InChiKey: DWUCALYUHGTTLR-CCXZUQQUSA-N

物化性质

• 沸点：
  506.6±60.0 °C(Predicted)
• 密度：
  2.01±0.1 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -0.7
• 重原子数：
  16
• 可旋转键数：
  1
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.56
• 拓扑面积：
  108
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  5

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  S²,2'-cyclo-2-thiouridine 在 sodium hydrogensulfide 、 水 作用下， 以 aq. phosphate buffer 、 水 为溶剂， 生成 2-deoxy-D-ribose
  参考文献：
  名称：

  2-硫尿苷的益生元磷酸化通过光还原提供核苷酸或 DNA 构件。

  摘要：

  生命起源研究的突破表明，一些对生物学至关重要的构件是如何在各种原始情景下形成的，因此可能对生命的化学进化做出了贡献。缺失的构件有时会被推断为原始生物合成的产物，这可能会扩大合理性的限度。在这里，我们展示了在益生元条件下合成 2'-deoxy-2-thiouridine，然后是 2'-deoxyadenosine 和 2-deoxyribose。2'-Deoxy-2-thiouridine 是通过 2,2'-anhydro-2-thiouridine 的光还原产生的，而 2,2'-anhydro-2-thiouridine 又由 2-thiouridine - 一种益生元 RNA 合成的中间体磷酸化形成。2' -脱氧-2-硫尿苷是一种有效的脱氧核糖基化剂，可能在非生物或原酶催化的 DNA 途径中发挥作用，如通过与腺嘌呤反应转化为 2'-脱氧腺苷和通过与腺嘌呤反应转化为 2-脱氧核糖所证明的那

  DOI：

  10.1038/s41557-019-0225-x
• 作为产物：
  描述：

  1-(3,5-Di-O-acetyl-2-methylsulfonyl-β-D-arabinofuranosyl)-2-thiouracil 在 sodium methylate 作用下， 以 甲醇 为溶剂， 生成 S²,2'-cyclo-2-thiouridine
  参考文献：
  名称：

  Ueda,T.; Shibuya,S., Chemical and pharmaceutical bulletin, 1970, vol. 18, p. 1076 - 1078

  摘要：

  DOI：

文献信息

• Nucleosides and nucleotides. XII. Synthesis and properties of 2'-deoxy-2'-mercaptouridine and its derivatives.
  作者：MASAOKI IMAZAWA、TOHRU UEDA、TYUNOSIN UKITA

  DOI：10.1248/cpb.23.604

  日期：——

  New thiosugar nucleosides, 2'-deoxy-2'-mercaptouridine (III), its disulfide (IV), 2'-deoxy-2'-mercapto-3', 5'-di-O-acetyluridine (V), and 2'-deoxy-2'-methyl-thiouridine (VI) have been synthesized. The present synthetic method involves the use of 2'-deoxy-2'-acetylthio-3', 5'-di-O-acetyluridine (II) as the intermediate which was obtained by the reaction of 2, 2'-cyclo-3', 5'-di-O-acetyluridine (I) with thioacetic acid. The proton magnetic resonance (PMR) data of these compounds suggested that the introduction of sulfuratom at 2'-position resulted in the furanose ring puckering that is extremely biased to C2' endo-mode. 2'-Deoxy-2', 6-epithio-5, 6-dihydro-arabinofuranosyluracil (VIIIb), the 2'-epimer of III in an 2', 6-epithio form, was also synthesized.

  新型硫糖核苷，包括2'-脱氧-2'-巯基尿苷 (III)、其二硫化物 (IV)、2'-脱氧-2'-巯基-3',5'-二-O-乙酰尿苷 (V) 和2'-脱氧-2'-甲基硫尿苷 (VI) 已被合成。当前的合成方法使用2'-脱氧-2'-乙酰硫-3',5'-二-O-乙酰尿苷 (II) 作为中间体，后者是通过2,2'-环式-3',5'-二-O-乙酰尿苷 (I) 与硫代乙酸反应获得的。这些化合物的质子核磁共振 (PMR) 数据表明，在2'位引入硫原子导致呋喃环呈现明显偏向C2'内向的扭曲。此外，2'-脱氧-2',6-硫醇-5,6-二氢阿拉伯呋喃糖基尿嘧啶 (VIIIb)，也是III的2'-表异构体，在2',6-硫醇形式下合成。
• Pyrimidine S- and N-cyclonucleosides. Synthesis of 6,2'(and 5')-S- and N-cyclouridines. Nucleosides and nucleotides. XXXII.
  作者：SUSUMU SHIBUYA、TOHRU UEDA

  DOI：10.1248/cpb.28.939

  日期：——

  The synthesis of S- and N-cyclouridines, which are "anti"-fixed cyclonucleosides, is described. Bromination of S2, 2'-cyclo-2-thiouridine afforded the 5-bromo derivative. Cleavage of the S2, 2'-cyclo linkage of the 5-bromo derivative with methoxide resulted in the formation of S6, 2'-cyclo-2-O-methyluridine by intramolecular conversion of the S2, 2'-linkage to an S6, 2'-linkage, and this was further converted to the corresponding S6, 2'-cyclo derivatives of uridine, isocytidine and 2-thouridine. Similarly, 2', 3'-O-isopropylidene-S2, 5'-cyclo-2-thiouridine was converted to the 2', 3'-O-isopropylidene-S6, 5'-cyclo derivatives of uridine, isocytidine, and 2-thiouridine. 6-Methylaminouridine was cyclized by treatment with diphenyl carbonate to N6, 2'-cyclo-6-methylaminouridine. Cyclization with triphenylphosphine and diethyl azodicarboxylate gave the N6, 5'-cyclo derivative of 6-methylaminouridine.

  描述了S-和N-环尿苷的合成，这些是“反”固定环核苷。S2，2'-环-2-硫尿苷的溴化反应产出了5-溴衍生物。通过甲氧基对5-溴衍生物的S2，2'-环连接的裂解，实现了S6，2'-环-2-O-甲基尿苷的形成，此过程通过S2，2'-连接转化为S6，2'-连接。此外，进一步转化为相应的尿苷、异尿苷和2-硫尿苷的S6，2'-环衍生物。同样，2'，3'-O-异丙基腈化的S2，5'-环-2-硫尿苷被转化为尿苷、异尿苷和2-硫尿苷的2'，3'-O-异丙基腈化的S6，5'-环衍生物。用二苯碳酸酯处理6-甲氨基尿苷使其环化为N6，2'-环-6-甲氨基尿苷。与三苯基膦和二乙基偶氮二羧酸酯的环化反应生成了6-甲氨基尿苷的N6，5'-环衍生物。
• Nucleotides. VII. A procedure for the preparation of diribonucleoside monophosphates having natural linkage.
  作者：MORIYUKI SATO、YOSHIHISA MIZUNO

  DOI：10.1248/cpb.24.2903

  日期：——

  A procedure has been devised whereby out of a pair of 2'-5'-and 3'-5'-positional isomers of 2-thiouridylyl- and uridylyluridine derivatives, the former could be selectively cleaved into halves through the 2, 2'-anhydronucleoside formation so that the isolation of the dinucleoside monophosphate having natural linkage may become easier. In this connection, conditions for selective 2, 2' anhydro-bond formation have been examined and 2-(t-butoxycarbonyl) phenyl group has been introduced as a protecting group for the phosphate of dinucleoside monophosphates (e.g., 8c and 9c). A simple procedure for the synthesis of 2, 2'-(S)-anhydro-2-thiouridylyl-(3'-5')-uridine was also described.

  设计了一种程序，其中从 2-硫代尿嘧啶基-和尿嘧啶基尿苷衍生物的一对 2'-5'-和 3'-5'-位置异构体中，前者可以通过 2, 2'-选择性裂解成两半。脱水核苷的形成使得具有天然键的二核苷单磷酸的分离可以变得更容易。在这方面，已经检查了选择性2, 2'脱水键形成的条件，并引入了2-(叔丁氧基羰基)苯基作为二核苷单磷酸酯(例如8c和9c)的磷酸酯的保护基团。还描述了合成 2, 2'-(S)-脱水-2-硫尿嘧啶基-(3'-5')-尿苷的简单程序。
• Shibuya,S.; Ueda,T., Heterocycles, 1979, vol. 12, p. 198
  作者：Shibuya,S.、Ueda,T.

  DOI：——

  日期：——
• Prebiotic phosphorylation of 2-thiouridine provides either nucleotides or DNA building blocks via photoreduction
  作者：Jianfeng Xu、Nicholas J. Green、Clémentine Gibard、Ramanarayanan Krishnamurthy、John D. Sutherland

  DOI：10.1038/s41557-019-0225-x

  日期：2019.5

  Breakthroughs in the study of the origin of life have demonstrated how some of the building blocks essential to biology could have been formed under various primordial scenarios, and could therefore have contributed to the chemical evolution of life. Missing building blocks are then sometimes inferred to be products of primitive biosynthesis, which can stretch the limits of plausibility. Here, we demonstrate

  生命起源研究的突破表明，一些对生物学至关重要的构件是如何在各种原始情景下形成的，因此可能对生命的化学进化做出了贡献。缺失的构件有时会被推断为原始生物合成的产物，这可能会扩大合理性的限度。在这里，我们展示了在益生元条件下合成 2'-deoxy-2-thiouridine，然后是 2'-deoxyadenosine 和 2-deoxyribose。2'-Deoxy-2-thiouridine 是通过 2,2'-anhydro-2-thiouridine 的光还原产生的，而 2,2'-anhydro-2-thiouridine 又由 2-thiouridine - 一种益生元 RNA 合成的中间体磷酸化形成。2' -脱氧-2-硫尿苷是一种有效的脱氧核糖基化剂，可能在非生物或原酶催化的 DNA 途径中发挥作用，如通过与腺嘌呤反应转化为 2'-脱氧腺苷和通过与腺嘌呤反应转化为 2-脱氧核糖所证明的那