5-(3-氨基-1-丙炔-1-基)-2'-脱氧尿苷5'-(四氢三磷酸酯) | 179101-49-6

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘧啶核苷酸
• 中文名称: 5-(3-氨基-1-丙炔-1-基)-2'-脱氧尿苷5'-(四氢三磷酸酯)
• 英文名称: 5-(3-amino-1-propynyl)-2'-deoxyuridine 5'-triphosphate
• 英文别名: ap-dUTP；[[(2R,3S,5R)-5-[5-(3-aminoprop-1-ynyl)-2,4-dioxopyrimidin-1-yl]-3-hydroxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl] phosphono hydrogen phosphate
• CAS: 179101-49-6
• 化学式: C₁₂H₁₈N₃O₁₄P₃
• 分子量: 521.208
• InChiKey: BGGIMXKBIBMKBL-IVZWLZJFSA-N

物化性质

• 密度：
  1.95±0.1 g/cm3(Predicted)
• 溶解度：
  可溶于水

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -8.4
• 重原子数：
  32
• 可旋转键数：
  9
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.5
• 拓扑面积：
  265
• 氢给体数：
  7
• 氢受体数：
  15

制备方法与用途

生物活性化合物5-PA-dUTP（5-丙炔氨基脱氧尿苷三磷酸）是一种C5修饰的核苷酸，能够整合到DNA纳米颗粒(DNPs)中，用于光敏剂的递送。

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  5-(3-氨基-1-丙炔-1-基)-2'-脱氧尿苷5'-(四氢三磷酸酯) 在 palladium on activated charcoal 氢气 、 三乙胺 作用下， 以 1,4-二氧六环 、 甲醇 、 水 为溶剂， 反应 72.5h， 生成 5-(3-guanidinopropyl)-2'-deoxyuridine-5'-O-triphosphate
  参考文献：
  名称：

  用于高密度可变 DNA 功能化的多功能工具箱

  摘要：

  为了扩大化学修饰 DNA 在纳米和生物技术、材料科学、传感器开发和分子识别中的适用性，需要将大量不同的修饰同时引入同一核酸序列的策略。在这里，我们使用各种化学修饰的三磷酸脱氧核苷酸 (dNTP)、DNA 聚合酶和模板，研究通过引物延伸和 PCR 获得功能化 dsDNA 的范围和限制。每条链中的所有天然核碱基都被多达四种不同的碱基修饰类似物取代。我们研究了酶促扩增的序列依赖性，以从修饰的 dNTP 和 fDNA 模板中产生高密度功能化 DNA (fDNA)，并发现与富含 AT 的序列相比，富含 GC 的序列扩增效率降低。对所使用的聚合酶也有很强的依赖性。虽然 A 族聚合酶通常在包含特定碱基连续片段的“要求高”的模板上表现不佳，但 B 族聚合酶更适合此目的，尤其是 Pwo 和 Vent (exo-) DNA 聚合酶。通过 CD 光谱对以增加的密度进行修饰的 fDNA 进行系统分析表明，无论其化学性质如何，单个修饰碱基都不会改变整体

  DOI：

  10.1021/ja051725b
• 作为产物：
  描述：

  碘苷 在 磷酸三甲酯 、 ammonium hydroxide 、 copper(l) iodide 、 四(三苯基膦)钯 、 1,8-双二甲氨基萘 、 三乙胺 、 三氯氧磷 作用下， 以 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 11.67h， 生成 5-(3-氨基-1-丙炔-1-基)-2'-脱氧尿苷5'-(四氢三磷酸酯)
  参考文献：
  名称：

  用于高密度可变 DNA 功能化的多功能工具箱

  摘要：

  为了扩大化学修饰 DNA 在纳米和生物技术、材料科学、传感器开发和分子识别中的适用性，需要将大量不同的修饰同时引入同一核酸序列的策略。在这里，我们使用各种化学修饰的三磷酸脱氧核苷酸 (dNTP)、DNA 聚合酶和模板，研究通过引物延伸和 PCR 获得功能化 dsDNA 的范围和限制。每条链中的所有天然核碱基都被多达四种不同的碱基修饰类似物取代。我们研究了酶促扩增的序列依赖性，以从修饰的 dNTP 和 fDNA 模板中产生高密度功能化 DNA (fDNA)，并发现与富含 AT 的序列相比，富含 GC 的序列扩增效率降低。对所使用的聚合酶也有很强的依赖性。虽然 A 族聚合酶通常在包含特定碱基连续片段的“要求高”的模板上表现不佳，但 B 族聚合酶更适合此目的，尤其是 Pwo 和 Vent (exo-) DNA 聚合酶。通过 CD 光谱对以增加的密度进行修饰的 fDNA 进行系统分析表明，无论其化学性质如何，单个修饰碱基都不会改变整体

  DOI：

  10.1021/ja051725b

文献信息

• Synthesis of Polyanionic C5-Modified 2′-Deoxyuridine and 2′-Deoxycytidine-5′-Triphosphates and Their Properties as Substrates for DNA Polymerases
  作者：Claire Dutson、Esther Allen、Mark J. Thompson、Joseph H. Hedley、Heather E. Murton、David M. Williams

  DOI：10.3390/molecules26082250

  日期：——

  Modified 2′-deoxyribonucleotide triphosphates (dNTPs) have widespread applications in both existing and emerging biomolecular technologies. For such applications it is an essential requirement that the modified dNTPs be substrates for DNA polymerases. To date very few examples of C5-modified dNTPs bearing negatively charged functionality have been described, despite the fact that such nucleotides might potentially be valuable in diagnostic applications using Si-nanowire-based detection systems. Herein we have synthesised C5-modified dUTP and dCTP nucleotides each of which are labelled with an dianionic reporter group. The reporter group is tethered to the nucleobase via a polyethylene glycol (PEG)-based linkers of varying length. The substrate properties of these modified dNTPs with a variety of DNA polymerases have been investigated to study the effects of varying the length and mode of attachment of the PEG linker to the nucleobase. In general, nucleotides containing the PEG linker tethered to the nucleobase via an amide rather than an ether linkage proved to be the best substrates, whilst nucleotides containing PEG linkers from PEG6 to PEG24 could all be incorporated by one or more DNA polymerase. The polymerases most able to incorporate these modified nucleotides included Klentaq, Vent(exo-) and therminator, with incorporation by Klenow(exo-) generally being very poor.

  修改后的2'-脱氧核苷酸三磷酸盐（dNTPs）在现有和新兴的生物分子技术中具有广泛的应用。对于这些应用，修改后的dNTPs能够作为DNA聚合酶的底物是一个基本要求。迄今为止，尽管这些核苷酸可能在使用基于硅纳米线检测系统的诊断应用中具有潜在价值，但很少有负电荷官能团的C5-修饰dNTPs的例子被描述。在这里，我们合成了带有二阴离子报告基团的C5-修饰的dUTP和dCTP核苷酸，每个核苷酸都通过基于聚乙二醇（PEG）的链接物与核碱基标记。研究了这些修改后的dNTPs与各种DNA聚合酶的底物特性，以研究改变PEG连接物长度和连接模式对核碱基的影响。一般来说，含有通过酰胺而不是醚键连接到核碱基的PEG连接物的核苷酸被证明是最好的底物，而含有从PEG6到PEG24的PEG连接物的核苷酸都可以被一个或多个DNA聚合酶所合并。最能够合并这些修改后的核苷酸的聚合酶包括KleNTaq、VeNT（exo-）和therminator，而Klenow（exo-）的合并通常非常差。
• MODIFIED CARBOCYANINE DYES AND THEIR CONJUGATES
  申请人：LIFE TECHNOLOGIES CORPORATION

  公开号：US20150218380A1

  公开（公告）日：2015-08-06

  Chemically reactive carbocyanine dyes incorporating an indolium ring moiety that is substituted at the 3-position by a reactive group or by a conjugated substance, and their uses, are described. Conjugation through this position results in spectral properties that are uniformly superior to those of conjugates of spectrally similar dyes wherein attachment is at a different position. The invention includes derivative compounds having one or more benzo nitrogens.

  化学反应性碳氰染料包含一个在3位被反应性基团或共轭物质取代的吲哚环部分，并描述了它们的用途。通过这个位置的共轭导致光谱特性均优于在不同位置附着的光谱相似染料的共轭物。该发明包括具有一个或多个苯并氮的衍生化合物。
• Derivatives of 1,2-dihydro-7-hydroxyquinolines containing fused rings
  申请人：Molecular Probes, Inc.

  公开号：US20040147747A1

  公开（公告）日：2004-07-29

  The present invention describes novel dyes, including coumarins, rhodamines, and rhodols that incorporate additional fused aromatic rings. The dyes of the invention absorb at a longer wavelength than structurally similar dyes that do not possess the fused aromatic rings. Many of the dyes of the invention are useful fluorescent dyes. The invention includes chemically reactive dyes, dye-conjugates, and the use of such dyes in staining samples and detecting ligands or other analytes.

  本发明描述了新型染料，包括香豆素、罗丹明和罗多尔，这些染料融合了额外的稠合芳香环。本发明的染料吸收波长比结构相似但不具有稠合芳香环的染料更长。本发明的许多染料是有用的荧光染料。本发明包括化学活性染料、染料偶联物，以及这些染料在染色样品和检测配体或其他分析物中的应用。
• 酸敏感连接单元的合成及其在DNA测序中的用 途
  申请人：上海交通大学

  公开号：CN104292117B

  公开（公告）日：2016-10-05

  本发明公开了一种酸敏感连接单元的合成及其在DNA测序中的用途。该酸敏感连接单元，结构式为：其中R为NH2或N3，m为0～44中任一整数，n为0～44中任一整数；R1，R2均为脂肪族烷基，或R1，R2均为芳香族衍生物，或R1为苯基、萘基、苯基的衍生物、或萘基的衍生物，R2为脂肪族烷基或氢；或R2为苯基、萘基、苯基的衍生物、或萘基的衍生物，R1为脂肪族烷基或氢，或R1、R2构成环己基、环戊基或环丁基。该酸敏感连接单元与核苷酸及荧光素连接得到的可逆终端可用于DNA合成测序。该类可逆终端可用于DNA测序；同时，其合成所需原料简单易得，合成过程均为常规化学反应，可用于大规模推广使用。
• Modified carbocyanine dyes and their conjugates
  申请人：MOLECULAR PROBES, INC.

  公开号：US20020077487A1

  公开（公告）日：2002-06-20

  Chemically reactive carbocyanine dyes incorporating an indolium ring moiety that is substituted at the 3-position by a reactive group or by a conjugated substance, and their uses, are described. Conjugation through this position results in spectral properties that are uniformly superior to those of conjugates of spectrally similar dyes wherein attachment is at a different position. The invention includes derivative compounds having one or more benzo nitrogens.

  描述了化学反应性碳氰染料，其中包含一个在3位被反应性基团或共轭物质取代的吲哚环部分，并描述了它们的用途。通过这个位置的共轭导致了光谱性质优于在不同位置附着的光谱相似染料的共轭物。该发明包括具有一个或多个苯并氮的衍生化合物。