N-acetylglucosaminylribostamycin | 1079925-74-8

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机氧化合物
• 英文名称: N-acetylglucosaminylribostamycin
• 英文别名: 2'''-acetyl-6'''-hydroxyneomycin C；N-[(2R,3R,4R,5S,6R)-2-[(2R,3S,4R,5S)-5-[(1R,2R,3S,5R,6S)-3,5-diamino-2-[(2R,3R,4R,5S,6R)-3-amino-6-(aminomethyl)-4,5-dihydroxyoxan-2-yl]oxy-6-hydroxycyclohexyl]oxy-4-hydroxy-2-(hydroxymethyl)oxolan-3-yl]oxy-4,5-dihydroxy-6-(hydroxymethyl)oxan-3-yl]acetamide
• CAS: 1079925-74-8
• 化学式: C₂₅H₄₇N₅O₁₅
• 分子量: 657.673
• InChiKey: UGNMCGGITJEYFO-KVQCZYKRSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -8.5
• 重原子数：
  45
• 可旋转键数：
  10
• 环数：
  4.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.96
• 拓扑面积：
  350
• 氢给体数：
  13
• 氢受体数：
  19

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  N-acetylglucosaminylribostamycin 在 Neo 16 protein expressed with an N-terminal His₆-tag in Escherichia coli BL₂₁ (DE₃), the mass = 32138 Da (including the His₆-tag and with loss of N-terminal methionine), deacetylase 作用下， 生成 neomycin Y₂
  参考文献：
  名称：

  The neomycin biosynthetic gene cluster of Streptomyces fradiae NCIMB 8233: genetic and biochemical evidence for the roles of two glycosyltransferases and a deacetylase

  摘要：

  针对产生含2-脱氧链霉胺（2-DOS）的氨基糖苷类抗生素新霉素的Streptomyces fradiae NCIMB 8233，已开发出一种高效的基因操作协议。这一协议使得能够在活体内分析糖基转移酶Neo8和Neo15以及脱乙酰酶Neo16在新霉素生物合成中所发挥的各自作用。对neo8、neo15和neo16基因的特异性删除确认了它们对于新霉素的生物合成都是必不可少的。向这些突变体中添加假定途径中间体所产生的代谢物模式明确支持了以下方案：Neo8和Neo15的三维结构预测高度相似，但它们的角色截然不同：Neo8在途径的早期催化N-乙酰葡萄糖胺向2-DOS的转移，而Neo15则在途径的后期催化同一氨基糖向瑞斯托霉素的转移。从重组的大肠杆菌中纯化得到的Neo15的体外底物特异性完全符合这些发现。作为目前唯一被认识到的neo基因簇中的脱乙酰酶，Neo16的体外活性显示它能够像先前所提议的那样与Neo8和Neo15进行串联作用。然而，在删除了neo16基因且喂食了适宜途径前体的菌株中，仍然观察到了N-乙酰葡萄糖胺瑞斯托霉素的脱乙酰作用，这为S. fradiae中存在第二种具有此活性的酶提供了证据。

  DOI：

  10.1039/b808734b
• 作为产物：
  描述：

  核糖霉素 、 P'-[2-(acetylamino)-2-deoxy-α-D-glucopyranosyl] ester uridine 5'-(trihydrogen diphosphate), disodium salt 在 Neo 15 protein expressed with an N-terminal His₆-tag in Escherichia coli BL₂₁ (DE₃), the mass = 41295 Da (including the His₆-tag and with loss of N-terminal methionine), glycosyltransferase 作用下， 生成 N-acetylglucosaminylribostamycin
  参考文献：
  名称：

  The neomycin biosynthetic gene cluster of Streptomyces fradiae NCIMB 8233: genetic and biochemical evidence for the roles of two glycosyltransferases and a deacetylase

  摘要：

  针对产生含2-脱氧链霉胺（2-DOS）的氨基糖苷类抗生素新霉素的Streptomyces fradiae NCIMB 8233，已开发出一种高效的基因操作协议。这一协议使得能够在活体内分析糖基转移酶Neo8和Neo15以及脱乙酰酶Neo16在新霉素生物合成中所发挥的各自作用。对neo8、neo15和neo16基因的特异性删除确认了它们对于新霉素的生物合成都是必不可少的。向这些突变体中添加假定途径中间体所产生的代谢物模式明确支持了以下方案：Neo8和Neo15的三维结构预测高度相似，但它们的角色截然不同：Neo8在途径的早期催化N-乙酰葡萄糖胺向2-DOS的转移，而Neo15则在途径的后期催化同一氨基糖向瑞斯托霉素的转移。从重组的大肠杆菌中纯化得到的Neo15的体外底物特异性完全符合这些发现。作为目前唯一被认识到的neo基因簇中的脱乙酰酶，Neo16的体外活性显示它能够像先前所提议的那样与Neo8和Neo15进行串联作用。然而，在删除了neo16基因且喂食了适宜途径前体的菌株中，仍然观察到了N-乙酰葡萄糖胺瑞斯托霉素的脱乙酰作用，这为S. fradiae中存在第二种具有此活性的酶提供了证据。

  DOI：

  10.1039/b808734b

文献信息

• The neomycin biosynthetic gene cluster of Streptomyces fradiae NCIMB 8233: genetic and biochemical evidence for the roles of two glycosyltransferases and a deacetylase
  作者：Qingzhi Fan、Fanglu Huang、Peter F. Leadlay、Jonathan B. Spencer

  DOI：10.1039/b808734b

  日期：——

  An efficient protocol has been developed for the genetic manipulation of Streptomyces fradiae NCIMB 8233, which produces the 2-deoxystreptamine (2-DOS)-containing aminoglycoside antibiotic neomycin. This has allowed the in vivo analysis of the respective roles of the glycosyltransferases Neo8 and Neo15, and of the deacetylase Neo16 in neomycin biosynthesis. Specific deletion of each of the neo8, neo15 and neo16 genes confirmed that they are all essential for neomycin biosynthesis. The pattern of metabolites produced by feeding putative pathway intermediates to these mutants provided unambiguous support for a scheme in which Neo8 and Neo15, whose three-dimensional structures are predicted to be highly similar, have distinct roles: Neo8 catalyses transfer of N-acetylglucosamine to 2-DOS early in the pathway, while Neo15 catalyses transfer of the same aminosugar to ribostamycin later in the pathway. The in vitro substrate specificity of Neo15, purified from recombinant Escherichia coli, was fully consistent with these findings. The in vitro activity of Neo16, the only deacetylase so far recognised in the neo gene cluster, showed that it is capable of acting in tandem with both Neo8 and Neo15 as previously proposed. However, the deacetylation of N-acetylglucosaminylribostamycin was still observed in a strain deleted of the neo16 gene and fed with suitable pathway precursors, providing evidence for the existence of a second enzyme in S. fradiae with this activity.

  针对产生含2-脱氧链霉胺（2-DOS）的氨基糖苷类抗生素新霉素的Streptomyces fradiae NCIMB 8233，已开发出一种高效的基因操作协议。这一协议使得能够在活体内分析糖基转移酶Neo8和Neo15以及脱乙酰酶Neo16在新霉素生物合成中所发挥的各自作用。对neo8、neo15和neo16基因的特异性删除确认了它们对于新霉素的生物合成都是必不可少的。向这些突变体中添加假定途径中间体所产生的代谢物模式明确支持了以下方案：Neo8和Neo15的三维结构预测高度相似，但它们的角色截然不同：Neo8在途径的早期催化N-乙酰葡萄糖胺向2-DOS的转移，而Neo15则在途径的后期催化同一氨基糖向瑞斯托霉素的转移。从重组的大肠杆菌中纯化得到的Neo15的体外底物特异性完全符合这些发现。作为目前唯一被认识到的neo基因簇中的脱乙酰酶，Neo16的体外活性显示它能够像先前所提议的那样与Neo8和Neo15进行串联作用。然而，在删除了neo16基因且喂食了适宜途径前体的菌株中，仍然观察到了N-乙酰葡萄糖胺瑞斯托霉素的脱乙酰作用，这为S. fradiae中存在第二种具有此活性的酶提供了证据。