元动力学(META-D)作为一种强大的方法正在涌现,用于计算描述蛋白质-
配体结合过程的多维自由能表面(FES)。在本文中,拮抗剂的解除绑定的FES ñ - (3α羟基5β胆-24酰基) -升从其EphA2受体-β-homotryptophan(UniPR129)由META-d模拟重建。在此FES上确定的自由能极小值的特征提出了一种与先前报道的和新的结构-活性关系数据完全一致的结合模式。为了验证这一结合模式,新ñ - (3α羟基5β胆-24酰基) -升设计,合成和测试了-β-高纯色
氨酸衍
生物从EphA2受体置换出ephrin-A1的能力。其中,两种拮抗剂,即化合物21和22,相对于EphA2受体表现出高亲和力,并具有比母体化合物更好的理化和药代动力学特性。这些发现突出了自由能计算在药物设计中的重要性,证实了META-D模拟可用于成功设计新型
生物活性化合物。