cyanomethyl (2S)-4-methyl-2-(pent-4-enoylamino)pentanoate | 557790-08-6

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机酸及其衍生物 - 羧酸及其衍生物
• 英文名称: cyanomethyl (2S)-4-methyl-2-(pent-4-enoylamino)pentanoate
• CAS: 557790-08-6
• 化学式: C₁₃H₂₀N₂O₃
• 分子量: 252.313
• InChiKey: FYPMGOWXKFHDEG-NSHDSACASA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  2
• 重原子数：
  18
• 可旋转键数：
  9
• 环数：
  0.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.62
• 拓扑面积：
  79.2
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  4

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  cyanomethyl (2S)-4-methyl-2-(pent-4-enoylamino)pentanoate 在 ammonium acetate 作用下， 以 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 4.0h， 生成 [(2R,3S,4R,5R)-2-[[[(2R,3S,4R,5R)-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)-4-hydroxy-2-(phosphonooxymethyl)oxolan-3-yl]oxy-hydroxyphosphoryl]oxymethyl]-5-(6-aminopurin-9-yl)-4-hydroxyoxolan-3-yl] (2S)-4-methyl-2-(pent-4-enoylamino)pentanoate
  参考文献：
  名称：

  半合成3'（2'）- O-（氨酰基）-tRNA衍生物作为核糖体底物

  摘要：

  描述了（3'-末端）3'（2'）- O-氨基酰化的pCpA衍生物的有效合成，这可能导致在T4 RNA连接酶介导的连接后产生（氨酰基）-tRNA。四氢呋喃基（thf）基团是胞苷部分2'-OH的永久保护基，可在纯化3'（2'）- O-氨基酰化-pCpA时将其除去。该方法允许（3'-末端）3'（2'）- O-氨基酰化的寡核苷酸的一般合成。完全保护的pCpA 14是通过亚磷酰胺化学合成的，并用NH 3溶液处理以除去2-氰基乙基和苯甲酰基（  15；方案1和2）。2'- Ô -THF保护的PCPA 15被加上α -氨基甲酸氰甲基酯和产物20A - Ç去保护并用AcOH缓冲液纯化，得到3'（2'） - ö -aminoacylated PCPA 21A - c高产。3'（2'）- O-氨基酰化的pCpA与tRNA（-CA）有效连接，得到（氨酰基）-tRNA，它是核糖体的活性底物。

  DOI：

  10.1002/hlca.200790034
• 作为产物：
  描述：

  N-succinimidyl 4-pentenoic acid ester 在 N,N-二异丙基乙胺 作用下， 以 N,N-二甲基甲酰胺 、 乙腈 为溶剂， 生成 cyanomethyl (2S)-4-methyl-2-(pent-4-enoylamino)pentanoate
  参考文献：
  名称：

  半合成3'（2'）- O-（氨酰基）-tRNA衍生物作为核糖体底物

  摘要：

  描述了（3'-末端）3'（2'）- O-氨基酰化的pCpA衍生物的有效合成，这可能导致在T4 RNA连接酶介导的连接后产生（氨酰基）-tRNA。四氢呋喃基（thf）基团是胞苷部分2'-OH的永久保护基，可在纯化3'（2'）- O-氨基酰化-pCpA时将其除去。该方法允许（3'-末端）3'（2'）- O-氨基酰化的寡核苷酸的一般合成。完全保护的pCpA 14是通过亚磷酰胺化学合成的，并用NH 3溶液处理以除去2-氰基乙基和苯甲酰基（  15；方案1和2）。2'- Ô -THF保护的PCPA 15被加上α -氨基甲酸氰甲基酯和产物20A - Ç去保护并用AcOH缓冲液纯化，得到3'（2'） - ö -aminoacylated PCPA 21A - c高产。3'（2'）- O-氨基酰化的pCpA与tRNA（-CA）有效连接，得到（氨酰基）-tRNA，它是核糖体的活性底物。

  DOI：

  10.1002/hlca.200790034

文献信息

• [EN] METHODS AND COMPOSITIONS FOR AMINOACYL-tRNA SYNTHESIS<br/>[FR] PROCEDES ET COMPOSITIONS PERMETTANT LA SYNTHESE D'AMINOACYLE-ARNT
  申请人：UNIV MASSACHUSETTS

  公开号：WO2003059926A2

  公开（公告）日：2003-07-24

  Methods and compositions are disclosed for the high yield chemical synthesis of 2'(3')-O-aminoacylated oligonucleotides, 2'(3')-O-aminoacylated pCpA derivatives and 2'(3')-aminoacyl-tRNA's. The present invention discloses the use of tetrahydrofuranyl group (THF) as a stable protecting group in the production of aminoacyl-oligonucleotides. THF can also be used in conjunction with a removable protecting group, such as dimethoxytrityl group (DMTr). The mild conditions employed for the removal of the THF group are compatible with the integrity of the aminoacyl linkage as well as tRNA, which makes it possible to utilize the methods of the present invention to form aminoacyl-tRNA's. The present invention discloses an efficient route for synthesizing 2'(3')-aminoacyl-pCpA, which can be used to load any natural amino acid, unnatural amino acid, labeled amino acid, reporter group or derivative thereof onto a tRNA molecule through an aminoacyl linkage.
• Semisynthesis of 3′(2′)-O-(Aminoacyl)-tRNA Derivatives as Ribosomal Substrate
  作者：Zhiyong Cui、Biliang Zhang

  DOI：10.1002/hlca.200790034

  日期：2007.2

  An efficient synthesis of (3′-terminally) 3′(2′)-O-aminoacylated pCpA derivatives is described, which could lead to the production of (aminoacyl)-tRNAs following T4 RNA ligase mediated ligation. The tetrahydrofuranyl (thf) group was used as a permanent protective group for the 2′-OH of the cytidine moiety which can be removed during the purification of the 3′(2′)-O-aminoacylated-pCpA. This approach

  描述了（3'-末端）3'（2'）- O-氨基酰化的pCpA衍生物的有效合成，这可能导致在T4 RNA连接酶介导的连接后产生（氨酰基）-tRNA。四氢呋喃基（thf）基团是胞苷部分2'-OH的永久保护基，可在纯化3'（2'）- O-氨基酰化-pCpA时将其除去。该方法允许（3'-末端）3'（2'）- O-氨基酰化的寡核苷酸的一般合成。完全保护的pCpA 14是通过亚磷酰胺化学合成的，并用NH 3溶液处理以除去2-氰基乙基和苯甲酰基（  15；方案1和2）。2'- Ô -THF保护的PCPA 15被加上α -氨基甲酸氰甲基酯和产物20A - Ç去保护并用AcOH缓冲液纯化，得到3'（2'） - ö -aminoacylated PCPA 21A - c高产。3'（2'）- O-氨基酰化的pCpA与tRNA（-CA）有效连接，得到（氨酰基）-tRNA，它是核糖体的活性底物。