5-羟基-2-甲基-1H-吲哚-3-甲醛 | 412021-98-8

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机杂环化合物 - 吲哚及其衍生物
• 中文名称: 5-羟基-2-甲基-1H-吲哚-3-甲醛
• 英文名称: 5-hydroxy-2-methyl-indole-3-carbaldehyde
• 英文别名: 5-Hydroxy-2-methyl-indol-3-carbaldehyd；5-hydroxy-2-methyl-1H-indole-3-carbaldehyde
• CAS: 412021-98-8
• 化学式: C₁₀H₉NO₂
• mdl: MFCD12027461
• 分子量: 175.187
• InChiKey: VZXIOENIXSKBHV-UHFFFAOYSA-N

物化性质

• 沸点：
  422.7±40.0 °C(Predicted)
• 密度：
  1.366±0.06 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  1.6
• 重原子数：
  13
• 可旋转键数：
  1
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.1
• 拓扑面积：
  53.1
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  2

安全信息

• 海关编码：
  2933990090

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  5-羟基-2-甲基-1H-吲哚-3-甲醛 在 palladium 10% on activated carbon 、 ammonium acetate 、 甲酸铵 、 三乙酰氧基硼氢化钠 作用下， 以 四氢呋喃 、 甲醇 为溶剂， 生成 5-methoxy-2-methyltryptamine
  参考文献：
  名称：

  Arp2/3 复合物小分子抑制剂的结构表征和计算机辅助优化，Arp2/3 复合物是肌动蛋白细胞骨架的关键调节剂

  摘要：

  CK-666 ( 1 ) 是最近发现的肌动蛋白相关蛋白 2/3 (Arp2/3) 复合物的小分子抑制剂，这是一种关键的肌动蛋白细胞骨架调节剂，在细菌发病机制和癌细胞运动中发挥作用。虽然1是市售的，但与1结合的 Arp2/3 复合物的晶体结构尚未见报道，因此其作用机制尚不确定。此外，其相对较低的效力增加了其体内脱靶效应的可能性，使其在细胞生物学研究中的影响解释复杂化并妨碍其临床应用。在此我们报告了与 Arp2/3 复合物结合的1的晶体结构，这表明1在 Arp2 和 Arp3 亚基之间结合以稳定复合物的无活性构象。基于晶体结构，我们使用1的单取代导数的计算对接和自由能微扰计算来指导优化工作。对十种新合成化合物进行生化分析，鉴定出化合物2，其体外抑制活性比1增加了三倍。此外，我们的计算分析揭示了 Arp2 和 Arp3 亚基界面处的表面凹槽，可用于额外的基于结构的优化。

  DOI：

  10.1002/cmdc.201200104
• 作为产物：
  描述：

  5-羟基-2-甲基吲哚 在 三氯氧磷 作用下， 以 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 生成 5-羟基-2-甲基-1H-吲哚-3-甲醛
  参考文献：
  名称：

  Arp2/3 复合物小分子抑制剂的结构表征和计算机辅助优化，Arp2/3 复合物是肌动蛋白细胞骨架的关键调节剂

  摘要：

  CK-666 ( 1 ) 是最近发现的肌动蛋白相关蛋白 2/3 (Arp2/3) 复合物的小分子抑制剂，这是一种关键的肌动蛋白细胞骨架调节剂，在细菌发病机制和癌细胞运动中发挥作用。虽然1是市售的，但与1结合的 Arp2/3 复合物的晶体结构尚未见报道，因此其作用机制尚不确定。此外，其相对较低的效力增加了其体内脱靶效应的可能性，使其在细胞生物学研究中的影响解释复杂化并妨碍其临床应用。在此我们报告了与 Arp2/3 复合物结合的1的晶体结构，这表明1在 Arp2 和 Arp3 亚基之间结合以稳定复合物的无活性构象。基于晶体结构，我们使用1的单取代导数的计算对接和自由能微扰计算来指导优化工作。对十种新合成化合物进行生化分析，鉴定出化合物2，其体外抑制活性比1增加了三倍。此外，我们的计算分析揭示了 Arp2 和 Arp3 亚基界面处的表面凹槽，可用于额外的基于结构的优化。

  DOI：

  10.1002/cmdc.201200104

文献信息

• Beer et al., Journal of the Chemical Society, 1954, p. 2679,2683
  作者：Beer et al.

  DOI：——

  日期：——
• Structural Characterization and Computer-Aided Optimization of a Small-Molecule Inhibitor of the Arp2/3 Complex, a Key Regulator of the Actin Cytoskeleton
  作者：Andrew W. Baggett、Zoe Cournia、Min Suk Han、George Patargias、Adam C. Glass、Shih-Yuan Liu、Brad J. Nolen

  DOI：10.1002/cmdc.201200104

  日期：2012.7

  crystal structure, we used computational docking and free‐energy perturbation calculations of monosubstituted derivatives of 1 to guide optimization efforts. Biochemical assays of ten newly synthesized compounds led to the identification of compound 2, which exhibits a threefold increase in inhibitory activity in vitro relative to 1. In addition, our computational analyses unveiled a surface groove

  CK-666 ( 1 ) 是最近发现的肌动蛋白相关蛋白 2/3 (Arp2/3) 复合物的小分子抑制剂，这是一种关键的肌动蛋白细胞骨架调节剂，在细菌发病机制和癌细胞运动中发挥作用。虽然1是市售的，但与1结合的 Arp2/3 复合物的晶体结构尚未见报道，因此其作用机制尚不确定。此外，其相对较低的效力增加了其体内脱靶效应的可能性，使其在细胞生物学研究中的影响解释复杂化并妨碍其临床应用。在此我们报告了与 Arp2/3 复合物结合的1的晶体结构，这表明1在 Arp2 和 Arp3 亚基之间结合以稳定复合物的无活性构象。基于晶体结构，我们使用1的单取代导数的计算对接和自由能微扰计算来指导优化工作。对十种新合成化合物进行生化分析，鉴定出化合物2，其体外抑制活性比1增加了三倍。此外，我们的计算分析揭示了 Arp2 和 Arp3 亚基界面处的表面凹槽，可用于额外的基于结构的优化。