D-arabinose-5-phosphate

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机氧化合物
• 英文名称: D-arabinose-5-phosphate
• 英文别名: D-arabinofuranose 5-phosphate；[(2R,3S,4S)-3,4,5-trihydroxyoxolan-2-yl]methyl phosphate
• 化学式: C₅H₉O₈P
• 分子量: 228.095
• InChiKey: KTVPXOYAKDPRHY-ZRMNMSDTSA-L

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -3.8
• 重原子数：
  14
• 可旋转键数：
  2
• 环数：
  1.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  1.0
• 拓扑面积：
  142
• 氢给体数：
  3
• 氢受体数：
  8

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  D-arabinose-5-phosphate 在 arabinose-5-phosphate isomerase obtained by expression of wild-type full-length KdsD (NP_417664.1) from E_. coli K₁₂ genomic DNA 、 sodium chloride 作用下， 生成 D-ribulose-5-phosphate
  参考文献：
  名称：

  靶向细菌膜：NMR光谱表征底物识别和D-阿拉伯糖-5磷酸异构酶的结合要求

  摘要：

  脂多糖（LPS）是革兰氏阴性细菌外膜的重要组成部分，由三个元素组成：脂质A，核心寡糖和O抗原。内核区域是高度保守的，并且包含至少一个3-脱氧-D-甘露糖八辛酸酯（Kdo）残基。阿拉伯糖5磷酸异构酶（API）是一种醛基酮异构酶，催化D核糖5磷酸（Ru5P）可逆异构化为D阿拉伯糖5磷酸（A5P），Kdo生物合成的第一步。通过利用饱和转移差异（STD）NMR光谱学，确定了API底物识别和结合所需的结构要求，目的是设计新的API抑制剂。此外，为STD实验建立了简单的实验条件，以对潜在的API抑制剂的小型文库进行快速，强大和有效的筛选，从而可以鉴定出新的潜在先导。由于API酶在LPS生物合成和革兰氏阴性细菌存活中的重要作用，通过利用这些数据，可以开发出新一代有效的抗菌药物。

  DOI：

  10.1002/chem.200902619