(2S)-3-(benzylsulfanyl)-2-(1-oxo-2,3-dihydro-1H-isoindol-2-yl)-propanoic acid

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机杂环化合物 - 吲哚及其衍生物
• 英文名称: (2S)-3-(benzylsulfanyl)-2-(1-oxo-2,3-dihydro-1H-isoindol-2-yl)-propanoic acid
• 英文别名: (2R)-3-benzylsulfanyl-2-(3-oxo-1H-isoindol-2-yl)propanoic acid
• 化学式: C₁₈H₁₇NO₃S
• 分子量: 327.404
• InChiKey: WZPSONKWURQFRI-INIZCTEOSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  2.7
• 重原子数：
  23
• 可旋转键数：
  6
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.22
• 拓扑面积：
  82.9
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  4

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  (2S)-3-(benzylsulfanyl)-2-(1-oxo-2,3-dihydro-1H-isoindol-2-yl)-propanoic acid 在 盐酸-N-乙基-Nˊ-(3-二甲氨基丙基)碳二亚胺 、 三乙胺 、 lithium hydroxide 作用下， 以 四氢呋喃 、 二氯甲烷 、 水 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 19.0h， 生成 (2S)-2-[(2S)-3-(benzylsulfanyl)-2-(1-oxo-2,3-dihydro-1H-isoindol-2-yl)propanamido]propanoic acid
  参考文献：
  名称：

  发现靶向 Syndecan/Syntenin 蛋白质-蛋白质相互作用的 PDZ 结构域抑制剂：一种半自动“命中识别-优化”方法

  摘要：

  通过基于片段的方法快速识别早期命中以及随后的命中到先导优化代表了药物发现的挑战。为了应对这一挑战，我们创建了一种称为“DOTS”的策略，该策略将分子动力学模拟、基于计算机的库设计 (chemoDOTS) 与编码药物化学反应、约束对接和自动化合物评估相结合。为了验证其实用性，我们将我们的 DOTS 策略应用于具有挑战性的目标 syntenin，这是一个包含蛋白质和肿瘤学目标的 PDZ 结构域。在此，我们描述了在癌细胞检测中验证的 syntenin 的第二个 PDZ 结构域的“同类最佳”亚微摩尔小分子抑制剂的创建。我们的 DOTS 方法成功的关键是在命中识别阶段整合蛋白质构象采样，以及在整个优化过程中设计化合物的合成可行性排名。这种方法可以广泛应用于具有已知 3D 结构的其他蛋白质靶标，以快速识别和优化作为化学探针和治疗候选物的化合物。

  DOI：

  10.1021/acs.jmedchem.2c01569
• 作为产物：
  描述：

  methyl (2S)-3-(benzylsulfanyl)-2-(1-oxo-2,3-dihydro-1H-isoindol-2-yl)propanoate 在 lithium hydroxide 作用下， 以 四氢呋喃 、 水 为溶剂， 以98 %的产率得到(2S)-3-(benzylsulfanyl)-2-(1-oxo-2,3-dihydro-1H-isoindol-2-yl)-propanoic acid
  参考文献：
  名称：

  发现靶向 Syndecan/Syntenin 蛋白质-蛋白质相互作用的 PDZ 结构域抑制剂：一种半自动“命中识别-优化”方法

  摘要：

  通过基于片段的方法快速识别早期命中以及随后的命中到先导优化代表了药物发现的挑战。为了应对这一挑战，我们创建了一种称为“DOTS”的策略，该策略将分子动力学模拟、基于计算机的库设计 (chemoDOTS) 与编码药物化学反应、约束对接和自动化合物评估相结合。为了验证其实用性，我们将我们的 DOTS 策略应用于具有挑战性的目标 syntenin，这是一个包含蛋白质和肿瘤学目标的 PDZ 结构域。在此，我们描述了在癌细胞检测中验证的 syntenin 的第二个 PDZ 结构域的“同类最佳”亚微摩尔小分子抑制剂的创建。我们的 DOTS 方法成功的关键是在命中识别阶段整合蛋白质构象采样，以及在整个优化过程中设计化合物的合成可行性排名。这种方法可以广泛应用于具有已知 3D 结构的其他蛋白质靶标，以快速识别和优化作为化学探针和治疗候选物的化合物。

  DOI：

  10.1021/acs.jmedchem.2c01569