Binding of unfused aromatic cations to DNA. The influence of molecular twist on intercalation
作者:W. David. Wilson、Lucjan. Strekowski、Farial A. Tanious、Rebecca A. Watson、Jerzy L. Mokrosz、Alewtina. Strekowska、Gordon D. Webster、Stephen. Neidle
DOI:10.1021/ja00233a003
日期:1988.12
1 (48° versus 25° from MM2) in solution. X-ray crystallographic analysis indicates that the torsional angles are 10° and 19° for the two phenyl-pyrimidine plane intersections in 1. The DNA binding constant for 1 is similar to those for other strong intercalators, and viscometric, flow dichroism, and NMR experiments (nonexchangeable protons of 1, imino proton, and 31P spectra of DNA in the complex) indicate
一种新型嵌入剂 1 及其非嵌入类似物 2 都围绕连接芳环的扭转键扭曲。光谱方法和 MM2 计算表明,溶液中 2 的扭曲明显大于 1(48° 对 MM2 的 25°)。X射线晶体学分析表明,1中两个苯基-嘧啶平面交叉点的扭转角为10°和19°。1的DNA结合常数与其他强嵌入剂的DNA结合常数相似,粘度测定、流动二色性和核磁共振实验(1 的不可交换质子、亚氨基质子和复合物中 DNA 的 31P 光谱)表明 1 通过嵌入与 DNA 结合。2 的结合常数小于 1,粘度、二色性和 NMR 实验表明 2 不嵌入。1、结构 具有扭曲的芳香系统和末端基本功能,类似于许多凹槽结合化合物,因此出乎意料的是 1 与 DNA 形成了强大的嵌入复合物。1 的扭曲可以补充或增强 DNA 碱基对的固有螺旋桨扭曲以允许嵌入。分子力学方法在六聚体 d(TACGTA) 的 CG 嵌入位点定位了两个潜在的低能嵌入构象 1。以动力学为由拒绝在每个