N-[2-[1,6-二氢-6-氧代-2-[[(苯基甲氧基)羰基]氨基]-9H-嘌呤-9-基]乙酰基]-N-[2-[[(1,1-二甲基乙氧基)羰基]氨基]乙基]-甘氨酸 | 169287-77-8

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机酸及其衍生物 - 羧酸及其衍生物
• 中文名称: N-[2-[1,6-二氢-6-氧代-2-[[(苯基甲氧基)羰基]氨基]-9H-嘌呤-9-基]乙酰基]-N-[2-[[(1,1-二甲基乙氧基)羰基]氨基]乙基]-甘氨酸
• 英文名称: Boc-PNA(G^Z)-OH
• 英文别名: 2-[2-[(2-methylpropan-2-yl)oxycarbonylamino]ethyl-[2-[6-oxo-2-(phenylmethoxycarbonylamino)-3H-purin-9-yl]acetyl]amino]acetic acid；2-[2-[(2-methylpropan-2-yl)oxycarbonylamino]ethyl-[2-[6-oxo-2-(phenylmethoxycarbonylamino)-1H-purin-9-yl]acetyl]amino]acetic acid
• CAS: 169287-77-8
• 化学式: C₂₄H₂₉N₇O₈
• 分子量: 543.536
• InChiKey: QPFRXGPXBKQVPU-UHFFFAOYSA-N

物化性质

• 密度：
  1.44±0.1 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  0.9
• 重原子数：
  39
• 可旋转键数：
  13
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.38
• 拓扑面积：
  194
• 氢给体数：
  4
• 氢受体数：
  10

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  N-[2-[1,6-二氢-6-氧代-2-[[(苯基甲氧基)羰基]氨基]-9H-嘌呤-9-基]乙酰基]-N-[2-[[(1,1-二甲基乙氧基)羰基]氨基]乙基]-甘氨酸 在 sodium hydroxide 、 三氟乙酸 作用下， 以 乙醇 、 水 为溶剂， 反应 1.0h， 生成 N-[2-(N-ethoxythiocarbonyl)aminoethyl]-N-[[2-N-(benzyloxycarbonyl)guanin-9-yl]acetyl]glycine
  参考文献：
  名称：

  Use of the Dithiasuccinoyl (Dts) Amino Protecting Group for Solid-Phase Synthesis of Protected Peptide Nucleic Acid (PNA) Oligomers^1-3

  摘要：

  "肽核酸"(PNA)寡聚体将DNA的寡核苷酸骨架替换为无手性且中性的聚[N-(2-氨基乙基)甘氨酸]骨架，并通过甲基 carbonyl 连接物将四个天然碱基连接到甘氨酸氮上。本研究描述了将N-omega-Boc/侧链Z保护的PNA单体高效转化为相应受硫化N-omega-二硫琥珀酰基(Dts)保护的衍生物。在酸性条件下去除Boc后，使用双(乙氧基 carbonyl)硫化物处理得到N-omega-乙氧基 carbonyl(Etc)衍生物，这些衍生物在 alpha-carboxyl 上被硅化，并与(chlorocarbonyl)sulfenyl chloride反应生成杂环。纯品单体的净收率为71-78%。固相模式下Dts基团的硫醇化去除条件，以及受保护单体的偶联条件，已得到广泛研究和优化。一种包含以下步骤的方案被用于固相合成：(i) 使用二硫苏糖醇(DTT)(0.5 M)在醋酸(HOAc)(0.5 M)-CH2Cl2(2 + 8分钟)中去除Dts；(ii) 使用N,N-二异丙基乙胺(DIEA)-CH2Cl2(1:19, 1 + 2分钟)进行短时间中和；(iii) 使用HBTU-DIEA(3:1)在N-甲基-2-吡咯烷酮(NMP)中进行3小时的偶联。该方案应用于Dts-T-4-Gly-NH2、Dts-G(Z)-G(Z)-T-A(Z)-Gly-NH2、Dts-A(Z)-T-C(Z)-G(Z)-Gly-NH2和Dts-G(Z)-C(Z)-A(Z)-T-Gly-NH2的固相合成。所述受保护的PNA衍生物从载体上分离，并通过质谱法验证了其结构。

  DOI：

  10.1021/jo9824394
• 作为产物：
  描述：

  ([2-[(叔丁氧羰基)氨基]乙基]氨基)乙酸 在 四丁基溴化铵 、 碳酸氢钠 、 溶剂黄146 、 锌 作用下， 以 乙醇 、 二氯甲烷 为溶剂， 反应 15.5h， 生成 N-[2-[1,6-二氢-6-氧代-2-[[(苯基甲氧基)羰基]氨基]-9H-嘌呤-9-基]乙酰基]-N-[2-[[(1,1-二甲基乙氧基)羰基]氨基]乙基]-甘氨酸
  参考文献：
  名称：

  用于在溶液中和固相上将荧光报告基团连接至肽核酸的聚合策略。

  摘要：

  肽核酸（PNA）与荧光报告基团的位点选择性缀合对于构建可报告特定DNA序列存在的杂交探针至关重要。本文介绍了收敛方法，用于固相合成多标记的PNA低聚物。受保护的PNA的固相合成使得荧光标记能够选择性地附着在C末端（DNA中的3'），这表明进一步操作受保护的PNA片段是可行的。为了与内部位点缀合，引入了一种方法，该方法允许在树脂上组装改性单体，从而无需在溶液中合成整个单体。此外，结果表明，将高度正交的保护基策略与化学选择性缀合反应结合使用，可以快速，自动地进行固相合成双标记PNA探针。通过利用适当附加的荧光团之间的荧光共振能量转移（FRET），可以实时测量核酸杂交。与基于DNA的分子信标类似，双重标记的PNA探针仅在单链状态下发出弱荧光。然而，与互补寡核苷酸的杂交诱导了结构重组并赋予了生动的荧光增强。通过利用适当附加的荧光团之间的荧光共振能量转移（FRET），可以实时测量核酸杂交。类似于基于

  DOI：

  10.1002/1521-3765(20010917)7:18<3911::aid-chem3911>3.0.co;2-1

文献信息

• Nucleic Acid Templated Reactions: Consequences of Probe Reactivity and Readout Strategy for Amplified Signaling and Sequence Selectivity
  作者：Tom N. Grossmann、Oliver Seitz

  DOI：10.1002/chem.200900025

  日期：2009.7.6

  Making the right signals: Reactions in which the DNA target acts as a catalyst allow amplified signaling in the detection of DNA. The reactivity of the peptide nucleic acid (PNA) probes determines whether a given probe set provides high sensitivity or high selectivity. The careful adjustment of reactivity, probe affinity, and the use of a product‐selective readout method allows improvements in the

  发出正确的信号：以DNA靶为催化剂的反应可以在DNA检测中放大信号。肽核酸（PNA）探针的反应性决定了给定的探针组是提供高灵敏度还是高选择性。仔细调整反应性，探针亲和力，并使用产物选择性读出方法，可以改善对DNA单碱基突变的灵敏分析，而几乎没有背景干扰。
• [EN] BIOMIMETIC G-QUARTET COMPOUNDS<br/>[FR] COMPOSÉS G-QUARTET BIOMIMÉTIQUES
  申请人：CENTRE NAT RECH SCIENT

  公开号：WO2021198239A1

  公开（公告）日：2021-10-07

  The invention relates to a compound of formula I: wherein - A is present or absent; - X1, X2, X3 and X4 are, independently from each other, an alkyl; - Y1, Y2, Y3 and Y4 are independently from each other a C1-C10 alkyl, - Z1, Z2, Z3 and Z4 are independently from each other a C1-C5 linear alkyl; - R1 is a group allowing to carry out bioorthogonal reactions; and - R2 is group comprising a N.

  该发明涉及公式I的化合物：其中- A存在或不存在；- X1、X2、X3和X4彼此独立地为烷基；- Y1、Y2、Y3和Y4彼此独立地为C1-C10烷基；- Z1、Z2、Z3和Z4彼此独立地为C1-C5直链烷基；- R1是一个可进行生物正交反应的基团；- R2是一个含有N的基团。
• Reactivity of PNA Thioesters in Chemical Ligation Reactions
  作者：Dmitri V. Filippov、Martijn C. de Koning、Matthijs van der Knaap、Lene Petersen、Hans van den Elst、Gijsbert A. van der Marel、Mark Overhand

  DOI：10.1055/s-2005-863711

  日期：——

  The ligation rate and efficiency of PNA thioesters in the reaction with the pentapeptide CRYNK has been determined and proved to be substantially lower in comparison with the corresponding C-terminal glycine thioester.

  PNA硫酯与五肽CRYNK反应的结扎率和效率已经确定，并证明与相应的C-末端甘氨酸硫酯相比，其结扎率和效率要低得多。
• A Twice-As-Smart Synthetic G-Quartet: PyroTASQ Is Both a Smart Quadruplex Ligand and a Smart Fluorescent Probe
  作者：Aurélien Laguerre、Loic Stefan、Manuel Larrouy、David Genest、Jana Novotna、Marc Pirrotta、David Monchaud

  DOI：10.1021/ja506331x

  日期：2014.9.3

  Recent and unambiguous evidences of the formation of DNA and RNA G-quadruplexes in cells has provided solid support for these structures to be considered as valuable targets in oncology. Beyond this, they have lent further credence to the anticancer strategies relying on small molecules that selectively target these higher-order DNA/RNA architectures, referred to as G-quadruplex ligands. They have

  最近关于细胞中 DNA 和 RNA G-四链体形成的明确证据为这些结构提供了坚实的支持，这些结构被认为是肿瘤学中的有价值的靶点。除此之外，他们进一步证实了依赖小分子的抗癌策略，这些小分子选择性地靶向这些高级 DNA/RNA 结构，称为 G-四链体配体。它们还阐明了设计多任务配体的必要性，不仅显示出诱人的四链相互作用特性（亲和力、结构选择性），而且还显示出使它们可用于检测活细胞中的四链体的附加特征，特别是用于确定是否、何时、以及这些结构在细胞周期中折叠和展开的位置，以及更好地评估外部因素稳定它们的后果。在此，我们报告了这种多任务配体的全新设计，其结构经历了四链体促进的构象转换，不仅触发其四链体亲和力（即智能配体，对 DNA/RNA 四链体显示出高亲和力和选择性），而且荧光（即，智能探针，表现为基于荧光电子再分布的选择性亮度荧光报道器）。这种多功能配体的第一个原型，称为 PyroTASQ，代表
• A novel synthetic method of peptide nucleic acid ( <scp>PNA</scp> ) oligomers using Boc/ <scp>Cbz‐protected PNA</scp> trimer blocks in the solution phase
  作者：Alagarsamy Periyalagan、In Seok Hong

  DOI：10.1002/bkcs.12513

  日期：2022.5

  production should be easy. However, in the traditional solid-phase synthesis method, the generation of n − 1 or n − 2 deleted oligomers cannot be completely excluded, and purification of crude oligomers is difficult because the target and impurities overlap. Also, for these reasons, scale-up is also limited. Here, we report the efficient synthesis of PNA oligomers in the solid phase using fully protected PNA

  为了将肽核酸 (PNA) 寡聚体用于治疗目的，高纯度水平是必不可少的，特别是大规模生产应该很容易。然而，在传统的固相合成方法中，生成n  - 1 或n − 2 个缺失的寡聚体不能完全排除，粗寡聚体的纯化很困难，因为目标和杂质重叠。此外，由于这些原因，放大也受到限制。在这里，我们报告了使用完全保护的 PNA 三聚体而不是单体在固相中有效合成 PNA 寡聚体。在溶液阶段通过两种不同的途径成功合成了完全受保护的 PNA 三聚体块。当使用三聚体嵌段作为单体在固相中合成 PNA 低聚物时，与使用单体合成低聚物时相比，可以合成更高纯度水平的 PNA。使用此方法时，n  - 1 或n − 不能系统地生产 2 个截断的产品。此外，即使对于含有富含嘌呤和/或 γ PNA 的序列，三聚体块偶联方法也是成功的，这些序列很难通过传统的固相肽合成方法合成。最后，在溶液相中完全合成了两种六聚体和一种十二聚体的PNA寡