3'-aminomethyl-2'-O-tert-butyldimethylsilyl-5'-O-(4-methoxytrityl)-3'-deoxyuridine | 402564-07-2

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 三苯基化合物
• 英文名称: 3'-aminomethyl-2'-O-tert-butyldimethylsilyl-5'-O-(4-methoxytrityl)-3'-deoxyuridine
• 英文别名: 1-[3-C-aminomethyl-2-O-(tert-butyldimethylsilyl)-3-deoxy-5-O-(4-methoxytrityl)-β-D-ribo-pentofuranosyl]uracil；1-[(2R,3R,4R,5S)-4-(aminomethyl)-3-[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxy-5-[[(4-methoxyphenyl)-diphenylmethoxy]methyl]oxolan-2-yl]pyrimidine-2,4-dione
• CAS: 402564-07-2
• 化学式: C₃₆H₄₅N₃O₆Si
• 分子量: 643.855
• InChiKey: NHAPOYNAMRXMPE-NXTVQBOKSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  5.42
• 重原子数：
  46
• 可旋转键数：
  12
• 环数：
  5.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.39
• 拓扑面积：
  112
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  7

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  3'-aminomethyl-2'-O-tert-butyldimethylsilyl-5'-O-(4-methoxytrityl)-3'-deoxyuridine 在 palladium on activated charcoal 、 1-(3-二甲基氨基丙基)-3-乙基碳二亚胺 吡啶 、 三乙基硅烷 、 二氯乙酸 、 sodium hydroxide 、 sodium tetrahydroborate 、 氢气 、 对甲苯磺酸 、 溶剂黄146 、 二甲基亚砜 、 三氟乙酸 、 sodium nitrite 作用下， 以 1,4-二氧六环 、 甲醇 、 乙醇 、 二氯甲烷 、 水 、 二甲基亚砜 、 甲苯 为溶剂， 反应 36.25h， 生成 [(2R,3R,4R,5R)-3-Aminomethyl-4-(tert-butyl-dimethyl-silanyloxy)-5-(2,4-dioxo-3,4-dihydro-2H-pyrimidin-1-yl)-tetrahydro-furan-2-yl]-acetic acid
  参考文献：
  名称：

  酰胺修饰的RNA：3'-氨基甲基-5'-羧基-3'，5'-二脱氧核苷的合成

  摘要：

  RNA干扰的最新发现重新激发了人们对化学修饰RNA的兴趣。化学方法可用于优化小干扰RNA的特性，例如热稳定性，细胞递送，体内半衰期和药代动力学。从这个角度看，酰胺是RNA中的中性和疏水核苷间键，是非常有趣的修饰，迄今为止尚未在RNA干扰中进行过测试。酰胺是RNA磷酸二酯主链的非常好的模拟物，可以使用相对简单的肽偶联化学方法制备。阻碍该领域进展的合成挑战是制备用于此类偶联的单体结构单元，即核苷氨基酸当量。在此处，我们报道了两种对映体纯的3'-氨基甲基-5'-羧基-3'，5'-二脱氧核苷的合成路线，这些单体用于制备酰胺修饰的RNA。使用硝基醛醇化学方法对尿苷（天然核苷的代表）进行修饰，可分16步获得目标氨基酸，总产率为9％。从葡萄糖开始的替代合成效率稍低（17步，3′-叠氮基甲基-5′-羧基-3′，5′-二脱氧尿苷的产率为6％），但是提供了更容易获得具有其他杂环碱基的修饰核苷的途径。本文开发的

  DOI：

  10.1021/jo060457c
• 作为产物：
  描述：

  1-[2-O-(tert-butyldimethylsilyl)-3-deoxy-3-C-methylene-5-O-(4-monomethoxytrityl)-β-D-erythro-pentofuranosyl]uracil 在 吡啶 、 ammonium hydroxide 、 9-borabicyclo[3.3.1]nonane dimer 、 叠氮化锂 、 三苯基膦 作用下， 以 1,4-二氧六环 、 正己烷 、 水 、 N,N-二甲基甲酰胺 、 乙腈 为溶剂， 反应 104.0h， 生成 3'-aminomethyl-2'-O-tert-butyldimethylsilyl-5'-O-(4-methoxytrityl)-3'-deoxyuridine
  参考文献：
  名称：

  通过氢硼化合成3'-Deoxy-3'- C-（羟甲基）尿苷并转化为各种3'-Deoxy-3'- C-（亚甲基）尿苷的结构单元的立体选择性

  摘要：

  研究了3'-脱氧-3'- C-（亚甲基）尿苷衍生物在硼氢化反应中的立体选择性。3′-脱氧-3′- C-（亚甲基）尿苷衍生物的氢硼化得到两个3′-脱氧-3′- C-羟甲基立体异构体（具有核糖或木糖构型）。研究了试剂（BH 3 ·Me 2 S或9-硼环[3.3.1]壬烷（9-BBN-H））和溶剂（THF，甲苯或己烷）的影响。使用BH 3 ·Me 2 S得到木酮异构体作为主要产物。核糖的最高偏爱通过在己烷中使用9-BBN-H获得异构体。此外，当使用9-BBN-H作为试剂时，在5'-位置的羟基官能团的4-甲氧基三苯甲基保护导致比通过叔丁基二甲基甲硅烷基保护获得的更好的立体选择性。充其量，1- [2- O-（叔丁基二甲基甲硅烷基）-3-脱氧-3- C-亚甲基-5- O-（4-甲氧基三苯甲基）-β-D-赤型-戊呋喃糖基]尿嘧啶的硼氢化（3b）在己烷中使用9-BBN-H得到的核糖与木糖的异构体比率（4b

  DOI：

  10.1002/1099-0690(200111)2001:22<4305::aid-ejoc4305>3.0.co;2-9

文献信息

• Toward Amide-Modified RNA:  Synthesis of 3‘-Aminomethyl-5‘-carboxy-3‘,5‘-dideoxy Nucleosides
  作者：Qun Xu、Dace Katkevica、Eriks Rozners

  DOI：10.1021/jo060457c

  日期：2006.8.1

  delivery, in vivo half-life, and pharmacokinetics. From this perspective, amides as neutral and hydrophobic internucleoside linkages in RNA are highly interesting modifications that so far have not been tested in RNA interference. Amides are remarkably good mimics of the phosphodiester backbone of RNA and can be prepared using a relatively straightforward peptide coupling chemistry. The synthetic challenge

  RNA干扰的最新发现重新激发了人们对化学修饰RNA的兴趣。化学方法可用于优化小干扰RNA的特性，例如热稳定性，细胞递送，体内半衰期和药代动力学。从这个角度看，酰胺是RNA中的中性和疏水核苷间键，是非常有趣的修饰，迄今为止尚未在RNA干扰中进行过测试。酰胺是RNA磷酸二酯主链的非常好的模拟物，可以使用相对简单的肽偶联化学方法制备。阻碍该领域进展的合成挑战是制备用于此类偶联的单体结构单元，即核苷氨基酸当量。在此处，我们报道了两种对映体纯的3'-氨基甲基-5'-羧基-3'，5'-二脱氧核苷的合成路线，这些单体用于制备酰胺修饰的RNA。使用硝基醛醇化学方法对尿苷（天然核苷的代表）进行修饰，可分16步获得目标氨基酸，总产率为9％。从葡萄糖开始的替代合成效率稍低（17步，3′-叠氮基甲基-5′-羧基-3′，5′-二脱氧尿苷的产率为6％），但是提供了更容易获得具有其他杂环碱基的修饰核苷的途径。本文开发的
• Stereoselectivity in the Synthesis of 3′-Deoxy-3′-C-(hydroxymethyl)uridines by Hydroboration and Conversion into a Building Block for Various 3′-Deoxy-3′-C-(methylene)uridine Analogues
  作者：Anna Winqvist、Roger Strömberg

  DOI：10.1002/1099-0690(200111)2001:22<4305::aid-ejoc4305>3.0.co;2-9

  日期：2001.11

  The stereoselectivity in hydroboration of 3′-deoxy-3′-C-(methylene)uridine derivatives has been studied. Hydroboration of 3′-deoxy-3′-C-(methylene)uridine derivatives gave two 3′-deoxy-3′-C-hydroxymethyl stereoisomers (with ribo or xylo configuration). The influence of reagent (BH3·Me2S, or 9-borabicyclo[3.3.1]nonane (9-BBN-H)) and solvent (THF, toluene, or hexane) was investigated. Use of BH3·Me2S

  研究了3'-脱氧-3'- C-（亚甲基）尿苷衍生物在硼氢化反应中的立体选择性。3′-脱氧-3′- C-（亚甲基）尿苷衍生物的氢硼化得到两个3′-脱氧-3′- C-羟甲基立体异构体（具有核糖或木糖构型）。研究了试剂（BH 3 ·Me 2 S或9-硼环[3.3.1]壬烷（9-BBN-H））和溶剂（THF，甲苯或己烷）的影响。使用BH 3 ·Me 2 S得到木酮异构体作为主要产物。核糖的最高偏爱通过在己烷中使用9-BBN-H获得异构体。此外，当使用9-BBN-H作为试剂时，在5'-位置的羟基官能团的4-甲氧基三苯甲基保护导致比通过叔丁基二甲基甲硅烷基保护获得的更好的立体选择性。充其量，1- [2- O-（叔丁基二甲基甲硅烷基）-3-脱氧-3- C-亚甲基-5- O-（4-甲氧基三苯甲基）-β-D-赤型-戊呋喃糖基]尿嘧啶的硼氢化（3b）在己烷中使用9-BBN-H得到的核糖与木糖的异构体比率（4b