(R)-ethylmalonyl-CoA(5-)

• 分子结构分类: 有机化合物 - 脂质和类脂质分子 - 脂肪酰基
• 英文名称: (R)-ethylmalonyl-CoA(5-)
• 英文别名: (2R)-2-[2-[3-[[(2R)-4-[[[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-4-hydroxy-3-phosphonatooxyoxolan-2-yl]methoxy-oxidophosphoryl]oxy-oxidophosphoryl]oxy-2-hydroxy-3,3-dimethylbutanoyl]amino]propanoylamino]ethylsulfanylcarbonyl]butanoate
• 化学式: C26H37N7O19P3S-5
• 分子量: 876.6
• InChiKey: VUGZQVCBBBEZQE-XGVFZYDCSA-I

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -4.7
• 重原子数：
  56
• 可旋转键数：
  21
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.65
• 拓扑面积：
  440
• 氢给体数：
  5
• 氢受体数：
  24

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  (R)-ethylmalonyl-CoA(5-) 生成 (2S)-methylsuccinyl-CoA(5-)
  参考文献：
  名称：

  球形球形红细菌的乙基丙二酰辅酶A突变酶定义了依赖辅酶B12的酰基辅酶A突变酶的新子代。

  摘要：

  辅酶B（12）依赖型突变酶是催化可逆碳骨架重排反应的自由基酶。在这里我们描述球形红球菌乙基丙二酰辅酶A突变酶（Ecm），辅酶B（12）依赖的酰基辅酶A突变酶家族的一个新成员，该酶在最近发现的用于乙酸同化的乙基丙二酰辅酶A途径中起作用。Ecm参与了该新途径的中心反应序列，并与第二种酶结合催化了乙基丙二酰辅酶A向甲基琥珀酰辅酶A的转化，该酶进一步被鉴定为混杂的乙基丙二酰辅酶A /甲基丙二酰辅酶A差向异构酶。与差向异构酶相反，Ecm对其底物乙基丙二酰辅酶A具有高度特异性，并且仅以0.2％的相对活性接受甲基丙二酰辅酶A。序列分析表明，Ecm与（2R）-甲基丙二酰-CoA突变酶以及异丁酰-CoA突变酶不同，并定义了一个新的辅酶B（12）依赖型酰基-CoA突变酶亚家族。与分子建模相结合，鉴定了两个特征序列，它们可能有助于这些酶的底物特异性。

  DOI：

  10.1074/jbc.m805527200
• 作为产物：
  描述：

  adenosine 5'-triphosphate 、 butanoyl-CoA 、 羟基甲酸酯 生成 (R)-ethylmalonyl-CoA(5-) 、 adenosine 5'-diphosphate 、 氢(+1)阳离子 、 H3PO4
  参考文献：
  名称：

  Metabolite damage and its repair or pre-emption

  摘要：

  代谢物和辅助因子可通过杂乱的酶和自发的化学反应转化为不需要的化合物。纠正或防止这些反应的酶越来越多，它们与防止 DNA 和蛋白质损伤的酶类似，在维持体内平衡和预防疾病方面发挥着重要作用。 越来越多的事实证明，代谢物会受到各种损伤，所有生物体都会发生这种损伤，而且细胞有专门的损伤修复和抑制系统。首先，化学生物学证明，各种代谢物会因 "杂乱 "酶的副反应或自发化学反应而受损，其产物是无用的或有毒的，这些产物的无节制积累会造成毁灭性后果。其次，来自原核生物和真核生物的基因和基因组证据表明，有一种新的、保守的酶网络可以修复受损的代谢物，或以某种方式预先防止损害。代谢物（即小分子）修复类似于大分子（DNA 和蛋白质）修复，从比较基因组学证据来看，似乎同样普遍。比较基因组学还表明，代谢物修复可能是许多缺乏已知活性的保守蛋白家族的功能。细胞如何以及如何很好地处理代谢物损伤影响着从医学遗传学到代谢工程等各个领域。

  DOI：

  10.1038/nchembio.1141

文献信息

• Novel B₁₂-Dependent Acyl-CoA Mutases and Their Biotechnological Potential
  作者：Valentin Cracan、Ruma Banerjee

  DOI：10.1021/bi300827v

  日期：2012.8.7

  mutases has engendered a growing appreciation for the diversity of 5′-deoxyadenosylcobalamin-dependent rearrangement reactions. The prototype of the reaction catalyzed by these enzymes is the 1,2 interchange of a hydrogen atom with a thioester group leading to a change in the degree of carbon skeleton branching. These enzymes are predicted to share common architectural elements: a Rossman fold and a triose

  最近对新型酰基辅酶 A 变位酶的大量发现使人们对 5'-脱氧腺苷钴胺依赖的重排反应的多样性越来越重视。由这些酶催化的反应原型是氢原子与硫酯基团的 1,2 交换，导致碳骨架支化度发生变化。预计这些酶具有共同的结构元素：分别用于结合辅因子和底物的罗斯曼折叠和丙糖磷酸异构酶 (TIM)-桶结构域。在这个家族中，甲基丙二酰辅酶 A 变位酶 (MCM) 是研究得最好的，并且是在从细菌到人类的生物体中发现的唯一成员。MCM 互变 (2 R)-甲基丙二酰辅酶A和琥珀酰辅酶A。最近发现的家族成员包括异丁酰辅酶 A 变位酶 (ICM)，它可以相互转化异丁酰辅酶 A 和正丁酰辅酶 A；乙基丙二酰辅酶A变位酶，其interconverts（2 - [R）-ethylmalonyl -CoA和（2小号） -甲基琥珀酰辅酶A; 和 2-羟基异丁酰-CoA 变位酶，可将 2-羟基异丁酰-CoA 和（3 S)-羟基丁酰-CoA。最近描述了一种变体，其中
• Ethylmalonyl-CoA Decarboxylase, a New Enzyme Involved in Metabolite Proofreading
  作者：Carole L. Linster、Gaëtane Noël、Vincent Stroobant、Didier Vertommen、Marie-Françoise Vincent、Guido T. Bommer、Maria Veiga-da-Cunha、Emile Van Schaftingen

  DOI：10.1074/jbc.m111.281527

  日期：2011.12

  Background: Acetyl-CoA and propionyl-CoA carboxylases slowly form ethylmalonyl-CoA as a side activity.Results: Anew enzyme, ethylmalonyl-CoA decarboxylase, was identified in mammalian tissues and shown to be encoded by the ECHDC1 gene. Knocking down this gene increased the formation of ethylmalonate from butyrate in cultured cells.Conclusion: Ethylmalonyl-CoA decarboxylase may be a new "metabolite proofreading" enzyme.Significance: Its deficiency may cause ethylmalonic aciduria.
• WAITE M.; WAKIL S.J., J Biol Chem, 1962, 0021-9258, 2750-7
  作者：WAITE M.、WAKIL S.J.

  DOI：——

  日期：——
• Kaziro Y.; Ochoa S.; Warner R.C., J Biol Chem, 1961, 0021-9258, 1917-23
  作者：Kaziro Y.、Ochoa S.、Warner R.C.、Chen J.Y.

  DOI：——

  日期：——
• Metabolite damage and its repair or pre-emption
  作者：Carole L Linster、Emile Van Schaftingen、Andrew D Hanson

  DOI：10.1038/nchembio.1141

  日期：2013.2

  Metabolites and cofactors can be converted to unwanted compounds by promiscuous enzymes and spontaneous chemical reactions. The growing list of enzymes that correct or prevent these reactions, akin to those that combat DNA and protein damage, have important roles in maintaining homeostasis and preventing disease. It is increasingly evident that metabolites suffer various kinds of damage, that such damage happens in all organisms and that cells have dedicated systems for damage repair and containment. First, chemical biology is demonstrating that diverse metabolites are damaged by side reactions of 'promiscuous' enzymes or by spontaneous chemical reactions, that the products are useless or toxic and that the unchecked buildup of these products can be devastating. Second, genetic and genomic evidence from prokaryotes and eukaryotes is implicating a network of new, conserved enzymes that repair damaged metabolites or somehow pre-empt damage. Metabolite (that is, small-molecule) repair is analogous to macromolecule (DNA and protein) repair and seems from comparative genomic evidence to be equally widespread. Comparative genomics also implies that metabolite repair could be the function of many conserved protein families lacking known activities. How—and how well—cells deal with metabolite damage affects fields ranging from medical genetics to metabolic engineering.

  代谢物和辅助因子可通过杂乱的酶和自发的化学反应转化为不需要的化合物。纠正或防止这些反应的酶越来越多，它们与防止 DNA 和蛋白质损伤的酶类似，在维持体内平衡和预防疾病方面发挥着重要作用。 越来越多的事实证明，代谢物会受到各种损伤，所有生物体都会发生这种损伤，而且细胞有专门的损伤修复和抑制系统。首先，化学生物学证明，各种代谢物会因 "杂乱 "酶的副反应或自发化学反应而受损，其产物是无用的或有毒的，这些产物的无节制积累会造成毁灭性后果。其次，来自原核生物和真核生物的基因和基因组证据表明，有一种新的、保守的酶网络可以修复受损的代谢物，或以某种方式预先防止损害。代谢物（即小分子）修复类似于大分子（DNA 和蛋白质）修复，从比较基因组学证据来看，似乎同样普遍。比较基因组学还表明，代谢物修复可能是许多缺乏已知活性的保守蛋白家族的功能。细胞如何以及如何很好地处理代谢物损伤影响着从医学遗传学到代谢工程等各个领域。