2-(4-nitrophenyl)ethyl pyrrolo[4,5-e]indoline-7-carboxylate | 344436-52-8

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机杂环化合物 - 吲哚及其衍生物
• 英文名称: 2-(4-nitrophenyl)ethyl pyrrolo[4,5-e]indoline-7-carboxylate
• 英文别名: 2-(4-Nitrophenyl)ethyl 3,6,7,8-tetrahydropyrrolo[3,2-e]indole-2-carboxylate
• CAS: 344436-52-8
• 化学式: C₁₉H₁₇N₃O₄
• 分子量: 351.362
• InChiKey: XKVCJNSFCBDGMV-UHFFFAOYSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  4
• 重原子数：
  26
• 可旋转键数：
  5
• 环数：
  4.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.21
• 拓扑面积：
  99.9
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  5

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  2-(4-nitrophenyl)ethyl pyrrolo[4,5-e]indoline-7-carboxylate 、 3-((叔丁氧基)羰基)-1,2-二氢-3H-吡咯并[3,2-e]吲哚-7-羧酸 在 盐酸-N-乙基-Nˊ-(3-二甲氨基丙基)碳二亚胺 作用下， 以 DMF (N,N-dimethyl-formamide) 为溶剂， 反应 3.0h， 以100%的产率得到2-(4-nitrophenyl)ethyl 3-({3-[(tert-butyl)oxycarbonyl]pyrrolo[4,5-e]indolin-7-yl}carbonyl)pyrrolo[4,5-e]indoline-7-carboxylate
  参考文献：
  名称：

  Fluorescent quenching detection reagents and methods

  摘要：

  寡核苷酸-荧光素-猝灭剂共轭物，其中荧光素部分的发射波长在大约300到800纳米范围内，或者猝灭剂包括取代的4-(苯基重氮基)苯胺结构，在杂交和相关测定中提供了改善的信噪比和其他有利特性。这些寡核苷酸-荧光素-猝灭剂共轭物可以通过利用基于取代的4-(苯基重氮基)苯胺结构的新型磷酸酰胺试剂合成，或者利用基于取代香豆素、取代7-羟基-3H-苯并噁唑-3-酮或取代5,10-二氢-10-[苯基]吡啶[2,3-d;6,5-d']二嘧啶-2,4,6,8-(1H,3H,7H,9H,10H)-四酮结构的新型磷酸酰胺试剂合成。包括吡咯并[4,5-e]吲哚-7-基)吡咯并[4,5-e]吲哚-7-基)吡咯并[4,5-e]吲哚-7-羧酸酯(DPI3)部分作为次生沟结合剂和取代的4-(苯基重氮基)苯胺部分作为猝灭剂的寡核苷酸-荧光素-猝灭剂-次生沟结合剂共轭物已经合成，并具有显着改善的杂交和信噪比特性。

  公开号：

  US06699975B2
• 作为产物：
  描述：

  2-(4-Nitrophenyl)ethyl 3-[(tert-butyl)oxycarbonyl]pyrrolo[4,5-e]indoline-7-carboxylate 在 三氟乙酸 作用下， 反应 1.0h， 以100%的产率得到2-(4-nitrophenyl)ethyl pyrrolo[4,5-e]indoline-7-carboxylate
  参考文献：
  名称：

  Fluorescent quenching detection reagents and methods

  摘要：

  寡核苷酸-荧光素-猝灭剂共轭物，其中荧光素部分的发射波长在大约300到800纳米范围内，或者猝灭剂包括取代的4-(苯基重氮基)苯胺结构，在杂交和相关测定中提供了改善的信噪比和其他有利特性。这些寡核苷酸-荧光素-猝灭剂共轭物可以通过利用基于取代的4-(苯基重氮基)苯胺结构的新型磷酸酰胺试剂合成，或者利用基于取代香豆素、取代7-羟基-3H-苯并噁唑-3-酮或取代5,10-二氢-10-[苯基]吡啶[2,3-d;6,5-d']二嘧啶-2,4,6,8-(1H,3H,7H,9H,10H)-四酮结构的新型磷酸酰胺试剂合成。包括吡咯并[4,5-e]吲哚-7-基)吡咯并[4,5-e]吲哚-7-基)吡咯并[4,5-e]吲哚-7-羧酸酯(DPI3)部分作为次生沟结合剂和取代的4-(苯基重氮基)苯胺部分作为猝灭剂的寡核苷酸-荧光素-猝灭剂-次生沟结合剂共轭物已经合成，并具有显着改善的杂交和信噪比特性。

  公开号：

  US06699975B2

文献信息

• NEGATIVELY CHARGED MINOR GROOVE BINDERS
  申请人：Lukhtanov Eugeny A.

  公开号：US20100137614A1

  公开（公告）日：2010-06-03

  The present invention provides a negatively charged minor groove binding compound, oligonucleotide conjugates comprising the same, and methods for using the same. The negatively charged minor groove binding compounds of the present invention comprises an acidic moiety that is capable of being ionized under physiological conditions. In particular, the negatively charged minor groove binding compound of the present invention comprises a binding moiety that binds preferentially into a minor groove of a double, triple or higher stranded DNA, RNA, PNA or hybrids thereof. The binding moiety comprises at least one aryl moiety and an acidic moiety which is covalently attached to a phenyl portion of the aryl moiety or to a heteroatom of a heteroaryl portion of the aryl moiety.

  本发明提供了一种带有负电荷的小沟结合化合物，包括该化合物的寡核苷酸共轭物，并提供了使用它们的方法。本发明的带有负电荷的小沟结合化合物包括一个酸性基团，在生理条件下能够被电离。特别地，本发明的带有负电荷的小沟结合化合物包括一个结合基团，优先结合于双链、三链或更高链的DNA、RNA、PNA或其杂交物的小沟中。结合基团包括至少一个芳基基团和一个酸性基团，该酸性基团共价连接到芳基基团的苯基部分或芳基基团的杂环部分的杂原子上。
• FLUORESCENT QUENCHING DETECTING REAGENTS AND METHODS
  申请人：Reed Michael W.

  公开号：US20100174058A1

  公开（公告）日：2010-07-08

  Oligonucleotide probes containing two labels are provided and are useful in hybridization assays. The probes can also contain a minor groove binding group.

  提供了含有两个标签的寡核苷酸探针，适用于杂交检测。这些探针还可以包含一个次级沟结合基团。
• FLUORESCENT QUENCHING DETECTION REAGENTS AND METHODS
  申请人：Epoch Biosciences, Inc.

  公开号：EP1235938B1

  公开（公告）日：2012-02-08
• US6653473B2
  申请人：——

  公开号：US6653473B2

  公开（公告）日：2003-11-25
• US6699975B2
  申请人：——

  公开号：US6699975B2

  公开（公告）日：2004-03-02