2'-deoxy-2'-propargyluridine | 1360627-86-6

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘧啶核苷
• 英文名称: 2'-deoxy-2'-propargyluridine
• 英文别名: 2'-deoxy-2'-C-(prop-2-yn-yl)uridine；1-[(2R,3R,4S,5R)-4-hydroxy-5-(hydroxymethyl)-3-prop-2-ynyloxolan-2-yl]pyrimidine-2,4-dione
• CAS: 1360627-86-6
• 化学式: C₁₂H₁₄N₂O₅
• 分子量: 266.254
• InChiKey: DXFRKJODXDYPRS-DEKFOEGESA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -1.1
• 重原子数：
  19
• 可旋转键数：
  3
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.5
• 拓扑面积：
  99.1
• 氢给体数：
  3
• 氢受体数：
  5

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  2'-deoxy-2'-propargyluridine 在 吡啶 、 copper(II) sulfate 、 sodium ascorbate 作用下， 以 四氢呋喃 、 水 、 叔丁醇 为溶剂， 反应 18.0h， 生成 5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-2'-((1-(pyren-1-yl)-1,2,3-triazole-4-yl)methyl)-2'-deoxyuridine
  参考文献：
  名称：

  三种P修饰的核苷酸：合成及其对二级核酸结构的影响

  摘要：

  使用CuAAC反应可完成三种pyr修饰的核苷的合成。因此，pyr通过三唑基亚甲基连接基连接到胸苷的5'-位置或2'-脱氧尿苷的2'-位置，或通过更刚性的三唑连接基连接到2'-脱氧尿苷的2'-位置。将三个核苷掺入寡核苷酸中，并将它们组合成不同的双链体和其他二级结构，并通过热稳定性和荧光研究对其进行分析。发现这三种单体对核酸复合物具有不同的影响。因此，如荧光强度的总体下降和随后双链体热稳定性的提高所表明的，连接至5'-位的pyr显示出插入双链体的趋势。通过刚性三唑连接基连接到2'-位的也显示插入的趋势，但双链稳定性降低，而通过三唑亚甲基连接基连接到2'-位的pyr主要位于小槽中，如荧光的增加，但在大多数情况下会导致双链体稳定性的增加。所有三个pyr核苷酸导致凸起的双链体和三向连接的热稳定。在某些情况下，当将两个pyr引入这些复合物的核心时，荧光准分子带的形成或消失可用于指示杂交过程。因此，这些

  DOI：

  10.1021/jo301571s
• 作为产物：
  描述：

  2'-deoxy-2'-C-allyl-3',5'-di-O-(tert-butyldimethylsilyl)-3-N-benzoyluridine 在 sodium periodate 、 四氧化锇 、 对甲苯磺酰叠氮 、 四丁基氟化铵 、 potassium carbonate 、 N-甲基吗啉氧化物 作用下， 以 四氢呋喃 、 1,4-二氧六环 、 甲醇 、 水 、 丙酮 、 乙腈 为溶剂， 反应 41.0h， 生成 2'-deoxy-2'-propargyluridine
  参考文献：
  名称：

  截短侧耳素衍生物的点击化学方法，第2部分：与无环核苷的缀合物及其核糖体结合和抗菌活性

  摘要：

  截短侧耳素是一种与细菌核糖体结合并因此抑制蛋白质合成的抗生素。通过点击化学策略合成了一系列新的半合成截短侧耳素衍生物。截短侧耳素通过不同的接头缀合至核碱基，核苷或苯基，作为截短侧耳素C22位置的侧链延伸。接头的设计是基于我们第一个截短侧耳素衍生物系列的最佳接头后进行的，即构象限制或等位亚甲基向氧的交换。新化合物与大肠杆菌的结合通过分子建模和核苷酸U2506的化学足迹研究了核糖体，发现所有衍生物都结合到特定位点，并且大多数比截短侧耳素本身更好。还通过核苷酸U2585的化学足迹探索了侧链延伸的作用，结果表明所有化合物都在不同程度上与该位置相互作用。具有接头构象限制的衍生物通常比具有接头中碳原子之一与亲水性氧等位交换的衍生物具有更高的亲和力。用三种不同细菌菌株进行的生长抑制试验显示出几种新化合物的显着活性。

  DOI：

  10.1021/jm201266b