(3~{S},7~{R},10~{R},13~{S})-2-oxidanylidene-1,4-diazatricyclo[8.3.0.0^{3,7}]tridec-8-ene-13-carboxylic acid | 1017802-77-5

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机酸及其衍生物 - 羧酸及其衍生物
• 英文名称: (3~{S},7~{R},10~{R},13~{S})-2-oxidanylidene-1,4-diazatricyclo[8.3.0.0^{3,7}]tridec-8-ene-13-carboxylic acid
• 英文别名: (3S,7R,10R,13S)-2-oxo-1,4-diazatricyclo[8.3.0.03,7]tridec-8-ene-13-carboxylic acid
• CAS: 1017802-77-5
• 化学式: C₁₂H₁₆N₂O₃
• 分子量: 236.271
• InChiKey: XEXQDYRISOKILW-XKNYDFJKSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -2.2
• 重原子数：
  17
• 可旋转键数：
  1
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.67
• 拓扑面积：
  69.6
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  4

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  (3~{S},7~{R},10~{R},13~{S})-2-oxidanylidene-1,4-diazatricyclo[8.3.0.0^{3,7}]tridec-8-ene-13-carboxylic acid 、 氯甲酸-9-芴基甲酯 在 potassium carbonate 作用下， 以 水 、 乙腈 为溶剂， 以150 mg的产率得到(3aR,5aR,8S,10aS)-1-(((9H-fluoren-9-yl)methoxy)carbonyl)-10-oxo-1,2,3,3a,5a,6,7,8,10,10a-decahydrodipyrrolo[1,2-a:3',2'-e]azepine-8-carboxylic acid
  参考文献：
  名称：

  解决与小分子的蛋白质-蛋白质相互作用：具有PPII螺旋​​构象的Pro-Pro二肽模拟物，作为PRD结合配体合成的模块

  摘要：

  X标记斑点：可以将合成的三环氨基酸X（见结构； C灰色，H青色，N蓝色，O红色，双键黄色）并入Pro-Pro替代品中，而不会失去结合能力，成为两个肽与富含脯氨酸的基序识别结构域Fyn-SH3结合。通过将亚乙烯基桥立体选择性地引入到双脯氨酸单元中，可以生成被锁定在II型多脯氨酸螺旋构象中的二肽类似物X。

  DOI：

  10.1002/anie.201001739
• 作为产物：
  描述：

  (3aR,5aR,8S,10aS)-di-tert-butyl 10-oxo-3,3a,5a,6,7,8,10,10a-octahydrodipyrrolo[1,2-a:3',2'-e]azepine-1,8(2H)-dicarboxylate 在 三氟乙酸 作用下， 以 二氯甲烷 为溶剂， 生成 (3~{S},7~{R},10~{R},13~{S})-2-oxidanylidene-1,4-diazatricyclo[8.3.0.0^{3,7}]tridec-8-ene-13-carboxylic acid
  参考文献：
  名称：

  解决与小分子的蛋白质-蛋白质相互作用：具有PPII螺旋​​构象的Pro-Pro二肽模拟物，作为PRD结合配体合成的模块

  摘要：

  X标记斑点：可以将合成的三环氨基酸X（见结构； C灰色，H青色，N蓝色，O红色，双键黄色）并入Pro-Pro替代品中，而不会失去结合能力，成为两个肽与富含脯氨酸的基序识别结构域Fyn-SH3结合。通过将亚乙烯基桥立体选择性地引入到双脯氨酸单元中，可以生成被锁定在II型多脯氨酸螺旋构象中的二肽类似物X。

  DOI：

  10.1002/anie.201001739

文献信息

• Design and Synthesis of Building Blocks for PPII-Helix Secondary-Structure Mimetics: A Stereoselective Entry to 4-Substituted 5-Vinylprolines
  作者：Slim Chiha、Arne Soicke、Matthias Barone、Matthias Müller、Judith Bruns、Robert Opitz、Jörg-Martin Neudörfl、Ronald Kühne、Hans-Günther Schmalz

  DOI：10.1002/ejoc.201701584

  日期：2018.1.31

  Starting from pyroglutamic acid, 4‐substituted‐5‐vinylprolines were stereoselectively prepared and used as building blocks for the synthesis of conformationally well‐defined diproline analogs, which are of interest as proline‐derived modules (ProMs) for the construction of PPII‐helix secondary‐structure mimetics acting as inhibitors of relevant protein‐protein interactions.

  从焦谷氨酸开始，立体选择性地制备了4-取代的5-乙烯基脯氨酸，并将其用作合成构象明确的二脯氨酸类似物的基础，这是脯氨酸衍生的模块（ProMs），可用于构建PPII-螺旋二级结构模拟物可作为相关蛋白质相互作用的抑制剂。
• Exercises in Pyrrolidine Chemistry: Gram Scale Synthesis of a Pro-Pro Dipeptide Mimetic with a Polyproline Type II Helix Conformation
  作者：Cédric Reuter、Peter Huy、Jörg-Martin Neudörfl、Ronald Kühne、Hans-Günther Schmalz

  DOI：10.1002/chem.201101704

  日期：2011.10.17

  A practical and scalable synthesis of a Fmoc‐protected tricyclic dipeptide mimetic (6), that is, a 1,4‐diaza‐tricyclo‐[8.3.03, 7]‐tridec‐8‐ene derivative resembling a rigidified di‐L‐proline in a polyproline type II (PPII) helix conformation, was developed. The strategy is based on a Ru‐catalyzed ring‐closing metathesis of a dipeptide (4) prepared by PyBOP coupling of cis‐5‐vinylproline tert‐butylester

  一个Fmoc-保护的二肽三环模拟物（的实际和可扩展的合成6），即，1,4-二氮杂-三环[8.3.0 3,7 ] -tridec -8-烯衍生物类似于僵化二大号开发了聚脯氨酸II型（PPII）螺旋构象的脯氨酸。该策略基于Ru催化的二肽（4）的闭环复分解反应，该复分解反应是通过PyBOP偶联顺式-5-乙烯基脯氨酸叔丁酯（2）和反式-N -Boc-3-乙烯基脯氨酸（rac - 3）制备的然后进行色谱非对映体分离。构件2是从L准备的脯氨酸通过电化学C5-甲氧基化，氰化和腈转化为乙烯基取代基的六个步骤。在关键步骤中，利用Cu催化的乙烯基MgBr的1,4-加成至2,3-脱氢脯氨酸衍生物的五个步骤制备了结构单元rac - 3。在研究过程中，观察到保护基对2,3-和2,5-二取代的吡咯烷衍生物的反应性有微弱的依赖性。几种中间体的构型和构象偏好是通过X射线晶体学确定的。发达的合成方法可以制备大量的6，将用于
• Triple‐Helix‐Stabilizing Effects in Collagen Model Peptides Containing PPII‐Helix‐Preorganized Diproline Modules
  作者：Andreas Maaßen、Jan M. Gebauer、Elena Theres Abraham、Isabelle Grimm、Jörg‐Martin Neudörfl、Ronald Kühne、Ines Neundorf、Ulrich Baumann、Hans‐Günther Schmalz

  DOI：10.1002/anie.201914101

  日期：2020.3.27

  Collagen model peptides (CMPs) serve as tools for understanding stability and function of the collagen triple helix and have a potential for biomedical applications. In the past, interstrand cross-linking or conformational preconditioning of proline units through stereoelectronic effects have been utilized in the design of stabilized CMPs. To further study the effects determining collagen triple helix

  胶原蛋白模型肽（CMPs）可作为了解胶原蛋白三螺旋结构的稳定性和功能的工具，并具有生物医学应用的潜力。过去，脯氨酸单元通过立体电子效应的链间交联或构象预处理已用于稳定化CMP的设计中。为了进一步研究确定胶原三螺旋稳定性的作用，我们研究了一系列含有合成双脯氨酸模拟模块（ProMs）的CMP，这些模块通过可功能化的链内C2桥以PPII-螺旋型构象进行了预组织。基于CD的变性研究的结果与ProM单元的计算（DFT）构象偏好相关，这表明相对螺旋稳定性主要由主链预组织的相互作用决定，翻转偏好，适应性和空间效果。通过晶体结构分析和与HSP47的结合证明了三重螺旋的完整性。
• POLYPROLINE MIMETICS OF PROLINE-DERIVED MODULE-15
  申请人：Forschungsverbund Berlin e.V.

  公开号：US20210332050A1

  公开（公告）日：2021-10-28

  The present invention relates to chemical compounds which can be used in particular as structural mimetics of proline-rich peptides. The compounds of the present invention are capable of selectively inhibiting Ena/VASP-EVH1-mediated protein-protein interactions. The invention further relates to the use of these compounds as pharmaceutical agents and the use of the pharmaceutical agents for the treatment of tumor diseases.

  本发明涉及一种化学化合物，其可以特别用作脯氨酸富含肽的结构模拟物。本发明的化合物能够选择性地抑制Ena/VASP-EVH1介导的蛋白质-蛋白质相互作用。本发明还涉及将这些化合物用作药物剂，并将药物剂用于肿瘤疾病的治疗。
• STRUKTURMIMETIKA PROLINREICHER PEPTIDE UND IHRE PHARMAZEUTISCHE VERWENDUNG
  申请人：Forschungsverbund Berlin e.V.

  公开号：EP2094711B1

  公开（公告）日：2014-03-19