2-deoxy-[5-(coumarin-7-oxyhex-5-yn)]uridine | 1464808-70-5

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘧啶核苷
• 英文名称: 2-deoxy-[5-(coumarin-7-oxyhex-5-yn)]uridine
• 英文别名: dRC4U；1-[(2R,4S,5R)-4-hydroxy-5-(hydroxymethyl)oxolan-2-yl]-5-[6-(2-oxochromen-7-yl)oxyhex-1-ynyl]pyrimidine-2,4-dione
• CAS: 1464808-70-5
• 化学式: C₂₄H₂₄N₂O₈
• 分子量: 468.463
• InChiKey: XFMPZVNZQCEYAB-CEWLAPEOSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  1.7
• 重原子数：
  34
• 可旋转键数：
  8
• 环数：
  4.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.38
• 拓扑面积：
  135
• 氢给体数：
  3
• 氢受体数：
  8

反应信息

• 作为产物：
  描述：

  5-hexynyl p-toluenesulfonate 在 copper(l) iodide 、 四(三苯基膦)钯 、 thymidine phosphorylase 、 potassium tert-butylate 、 N,N-二异丙基乙胺 作用下， 以 aq. phosphate buffer 、 二甲基亚砜 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 9.0h， 生成 2-deoxy-[5-(coumarin-7-oxyhex-5-yn)]uridine
  参考文献：
  名称：

  一锅法通过胸苷磷酸化酶†进行的碱基交换反应，对具有荧光基团的功能性核苷进行检测

  摘要：

  在本文中，我们描述了修饰的尿嘧啶和脱氧核糖之间的β-选择性偶联，以产生由大肠杆菌衍生的胸苷磷酸化酶催化的功能化核苷。该酶介导核碱基交换反应，以转化具有大功能基团（例如荧光分子）的非天然核苷，香豆素 或者 芘，通过烷基链在C5的位置连接尿嘧啶。5-（Coumarin-7-oxyhex-5-yn）尿嘧啶（C4U）在1.0 mM磷酸盐缓冲液pH 6.8中以40％DMSO浓度显示57.2％的转化率胸苷以C4U为碱基的非天然核苷。在使用5-（pyren-1-methyloxyhex-5-yn）尿嘧啶（P4U）作为底物的情况下，TP还可以催化反应以在DMSO浓度为50％（21.6％）时生成具有非常大的官能团的产物转换）。我们使用MF myPrest对绑定到TP活性位点的修饰尿嘧啶进行了对接模拟。底物的尿嘧啶部分与TP的活性位点结合，荧光部分与位于酶表面外侧的核碱基的C5位置相连。结果，庞大的荧光部分结合到尿嘧啶

  DOI：

  10.1039/c3ob41605d

文献信息

• Bio-catalytic synthesis of unnatural nucleosides possessing a large functional group such as a fluorescent molecule by purine nucleoside phosphorylase
  作者：Akihiko Hatano、Hiroyuki Wakana、Nanae Terado、Aoi Kojima、Chisato Nishioka、Yu Iizuka、Takuya Imaizumi、Sanae Uehara

  DOI：10.1039/c9cy01063g

  日期：——

  large functional fluorescent group, 5-(coumarin-7-oxyhex-5-yn) uracil (C4U). Conversion to 2′-deoxy-[5-(coumarin-7-oxyhex-5-yn)] uridine (dRC4U) was drastically enhanced by DMSO addition. Docking simulations between dRC4U and E. coli PNP (PDB 3UT6) showed the uracil moiety in the active-site pocket of PNP with the fluorescent moiety at the entrance of the pocket. Thus, the bulky fluorescent moiety has little

  非天然核苷作为潜在的诊断工具，药物和功能分子引起了人们的兴趣。然而，难以以高收率和β-区域选择性将非天然核碱基偶联至核糖的1'-位置。嘌呤核苷磷酸化酶（PNP，EC2.4.2.1）是一种代谢酶，可在磷酸缓冲液中以100％α-选择性催化肌苷向核糖-1α-磷酸和游离次黄嘌呤的转化。我们探讨了PNP是否可用于合成非天然核苷。PNP催化作为核糖供体的胸腺嘧啶核苷与嘌呤的反应生成2'-deoxynebularine（3，β形式）的转化率很高（80％）。它还催化胸腺嘧啶的磷酸化，并以中等产率（52-73％）将核苷的5-位被卤素原子取代的嘧啶碱基引入核糖的1'-位，表明它显示出较弱的选择性。对于庞大的嘌呤底物[例如6-（N，N，N-二丙基氨基）]，产率较低，但是添加极性溶剂例如二甲基亚砜（DMSO）将产率提高至74％。PNP还催化胸腺嘧啶与具有较大功能性荧光基团的尿嘧啶（5-香豆素-7-oxyhex-5
• One-pot approach to functional nucleosides possessing a fluorescent group using nucleobase-exchange reaction by thymidine phosphorylase
  作者：Akihiko Hatano、Masayuki Kurosu、Susumu Yonaha、Munehiro Okada、Sanae Uehara

  DOI：10.1039/c3ob41605d

  日期：——

  modified uracil and a deoxyribose to produce functionalized nucleosides catalyzed by thymidine phosphorylase derived from Escherichia coli. This enzyme mediates nucleobase-exchange reactions to convert unnatural nucleosides possessing a large functional group such as a fluorescent molecule, coumarin or pyrene, linked via an alkyl chain at the C5 position of uracil. 5-(Coumarin-7-oxyhex-5-yn)uracil (C4U)

  在本文中，我们描述了修饰的尿嘧啶和脱氧核糖之间的β-选择性偶联，以产生由大肠杆菌衍生的胸苷磷酸化酶催化的功能化核苷。该酶介导核碱基交换反应，以转化具有大功能基团（例如荧光分子）的非天然核苷，香豆素 或者 芘，通过烷基链在C5的位置连接尿嘧啶。5-（Coumarin-7-oxyhex-5-yn）尿嘧啶（C4U）在1.0 mM磷酸盐缓冲液pH 6.8中以40％DMSO浓度显示57.2％的转化率胸苷以C4U为碱基的非天然核苷。在使用5-（pyren-1-methyloxyhex-5-yn）尿嘧啶（P4U）作为底物的情况下，TP还可以催化反应以在DMSO浓度为50％（21.6％）时生成具有非常大的官能团的产物转换）。我们使用MF myPrest对绑定到TP活性位点的修饰尿嘧啶进行了对接模拟。底物的尿嘧啶部分与TP的活性位点结合，荧光部分与位于酶表面外侧的核碱基的C5位置相连。结果，庞大的荧光部分结合到尿嘧啶