1-[5-O-(tert-butyldiphenylsilyl)-3-deoxy-3-C-formyl-β-D-arabino-pentofuranosyl]thymine | 129678-53-1

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘧啶核苷
• 英文名称: 1-[5-O-(tert-butyldiphenylsilyl)-3-deoxy-3-C-formyl-β-D-arabino-pentofuranosyl]thymine
• 英文别名: 1-<5-O-(tert-butyldiphenylsilyl)-3-deoxy-3-C-formyl-β-D-arabino-pentofuranosyl>thymine
• CAS: 129678-53-1
• 化学式: C₂₇H₃₂N₂O₆Si
• 分子量: 508.646
• InChiKey: FECISQMHRQAVAJ-AGDMDRQQSA-N

物化性质

• 密度：
  1.26±0.1 g/cm3(Temp: 20 °C; Press: 760 Torr)(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  1.5
• 重原子数：
  36.0
• 可旋转键数：
  7.0
• 环数：
  4.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.37
• 拓扑面积：
  110.62
• 氢给体数：
  2.0
• 氢受体数：
  7.0

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  1-[5-O-(tert-butyldiphenylsilyl)-3-deoxy-3-C-formyl-β-D-arabino-pentofuranosyl]thymine 在 sodium tetrahydroborate 、 四丁基氟化铵 作用下， 以 四氢呋喃 、 乙醇 、 水 为溶剂， 反应 0.5h， 生成 1-<3-deoxy-3-C-(hydroxymethyl)-β-D-arabino-pentofuranosyl>thymine
  参考文献：
  名称：

  3'-脱氧-3'-C-羟甲基核苷的合成及其抗病毒活性。

  摘要：

  已经合成了一系列的3'-支链糖核苷，特别是3'-脱氧-3'-C-羟甲基核苷，并将其评估为抗病毒剂。尿嘧啶和胸腺嘧啶的1-（2,3-环氧-5-O-三苯甲基-β-D-lyxo-五氟呋喃糖基）衍生物12和13分别与5,6-二氢-2-lithio-5-甲基-1,3,5-二噻嗪14分别提供相应的3'-官能化核苷15和16。用叔丁基二苯基甲硅烷基取代三苯甲基可高产率地水解3'-官能团，得到3'-脱氧-3'-C-甲酰基-β-D-阿拉伯糖基-戊呋喃糖基核苷21和22。甲硅烷基化得到1-（ 3-脱氧-3-C-甲酰基-β-D-lyxo-戊呋喃糖基）3'，5'-O-半缩醛核苷33和34。还原21和22的甲酰基，然后进行甲硅烷基化，分别产生3'-脱氧-3'-C-（羟甲基）-β-D-阿拉伯糖基-呋喃呋喃糖基）类似物7和8。将7的尿嘧啶碱基部分转化为5-碘尿嘧啶，然后转化为（E）-5-（2-溴乙烯基）尿嘧啶，以提供B

  DOI：

  10.1021/jm00171a025
• 作为产物：
  描述：

  1-(2,3-epoxy-5-O-trityl-β-D-lyxo-pentofuranosyl)thymine 在 二氯乙酸 、 六甲基磷酰三胺 、 4-二甲氨基吡啶 、 正丁基锂 、 三乙胺 、 mercury dichloride 、 mercury(II) oxide 作用下， 以 四氢呋喃 、 二氯甲烷 、 水 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 2.75h， 生成 1-[5-O-(tert-butyldiphenylsilyl)-3-deoxy-3-C-formyl-β-D-arabino-pentofuranosyl]thymine
  参考文献：
  名称：

  3'-脱氧-3'-C-羟甲基核苷的合成及其抗病毒活性。

  摘要：

  已经合成了一系列的3'-支链糖核苷，特别是3'-脱氧-3'-C-羟甲基核苷，并将其评估为抗病毒剂。尿嘧啶和胸腺嘧啶的1-（2,3-环氧-5-O-三苯甲基-β-D-lyxo-五氟呋喃糖基）衍生物12和13分别与5,6-二氢-2-lithio-5-甲基-1,3,5-二噻嗪14分别提供相应的3'-官能化核苷15和16。用叔丁基二苯基甲硅烷基取代三苯甲基可高产率地水解3'-官能团，得到3'-脱氧-3'-C-甲酰基-β-D-阿拉伯糖基-戊呋喃糖基核苷21和22。甲硅烷基化得到1-（ 3-脱氧-3-C-甲酰基-β-D-lyxo-戊呋喃糖基）3'，5'-O-半缩醛核苷33和34。还原21和22的甲酰基，然后进行甲硅烷基化，分别产生3'-脱氧-3'-C-（羟甲基）-β-D-阿拉伯糖基-呋喃呋喃糖基）类似物7和8。将7的尿嘧啶碱基部分转化为5-碘尿嘧啶，然后转化为（E）-5-（2-溴乙烯基）尿嘧啶，以提供B

  DOI：

  10.1021/jm00171a025

文献信息

• Synthesis of 2′‐Substituted MMI Linked Nucleosidic Dimers: An Optimization Study in Search of High Affinity Oligonucleotides for Use in Antisense Constructs
  作者：Didier Peoc'h、Eric E. Swayze、Balkrishen Bhat、Yogesh S. Sanghvi

  DOI：10.1081/ncn-120028337

  日期：2004.1.1

  The synthesis of a series of methylene(methylimino) (MMI) linked oligodeoxyribonucleotide dimers modified at the 2'-position with fluoro and/or methoxy groups and their incorporation into different sequences has been accomplished. From these dimers, his 2'-OMe MMI dimer was selected for further studies based on its synthetic accessibility and the increased thermodynamic stability conferred upon oligonucleotides incorporating this modification.