Boc-Aad(1)-OMob.N(1)Cys(benzhydryl)-OH | 790244-48-3

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 苯和取代衍生物
• 英文名称: Boc-Aad(1)-OMob.N(1)Cys(benzhydryl)-OH
• 英文别名: (2R)-3-benzhydrylsulfanyl-2-[[(5S)-6-[(4-methoxyphenyl)methoxy]-5-[(2-methylpropan-2-yl)oxycarbonylamino]-6-oxohexanoyl]amino]propanoic acid
• CAS: 790244-48-3
• 化学式: C₃₅H₄₂N₂O₈S
• 分子量: 650.793
• InChiKey: WEZZUTWUILDXJK-VMPREFPWSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  5.8
• 重原子数：
  46
• 可旋转键数：
  19
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.37
• 拓扑面积：
  166
• 氢给体数：
  3
• 氢受体数：
  9

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  Boc-Aad(1)-OMob.N(1)Cys(benzhydryl)-OH 在 sodium sulfate 、 2-乙氧基-1-乙氧碳酰基-1,2-二氢喹啉 、 三乙胺 、 三氟乙酸 作用下， 以 二氯甲烷 、 苯甲醚 为溶剂， 反应 20.5h， 生成 δ-(L-α-aminoadipoyl)-L-cysteinyl-D-vinylglycine
  参考文献：
  名称：

  晶体学研究异青霉素N合酶与不饱和底物类似物的反应。

  摘要：

  异青霉素N合酶（IPNS）催化将线性三肽δ-（L-α-氨基己二酰基）-L-半胱氨酰-D-缬氨酸（ACV）转化为异青霉素N（IPN），这是生物合成β-内酰胺抗生素的关键步骤。先前已将不饱和底物类似物δ-（L-α-氨基己二酰基）-L-半胱氨酰-D-乙烯基甘氨酸（ACvG）与IPNS一起温育，并分离出单一产物，形成了2-α-羟甲基异青霉素N（HMPen），通过单加氧酶反应模式。ACvG现在已经用IPNS结晶，厌氧IPNS：Fe（II）：ACvG络合物的结构确定为1.15 A分辨率。此外，通过将厌氧生长的晶体暴露于高压氧气中，以1.60A的分辨率获得了对应于双环产物HMPen的结构。根据这些以及其他IPNS结构，以及相关双加氧酶的最新发展，对由ACvG形成HMPen的[2 + 2]环加成机理进行了修订，并提出了逐步的自由基机理。修订后的机制与观察到的转化立体定向保持一致，但更适合于活性位铁原子周围配位几何的明显约束。

  DOI：

  10.1039/b212270g
• 作为产物：
  描述：

  L-2-氨基己二酸 在 sodium hydroxide 、 水 、 三乙胺 作用下， 以 四氢呋喃 、 N,N-二甲基甲酰胺 、 叔丁醇 为溶剂， 反应 74.5h， 生成 Boc-Aad(1)-OMob.N(1)Cys(benzhydryl)-OH
  参考文献：
  名称：

  晶体学研究异青霉素N合酶与不饱和底物类似物的反应。

  摘要：

  异青霉素N合酶（IPNS）催化将线性三肽δ-（L-α-氨基己二酰基）-L-半胱氨酰-D-缬氨酸（ACV）转化为异青霉素N（IPN），这是生物合成β-内酰胺抗生素的关键步骤。先前已将不饱和底物类似物δ-（L-α-氨基己二酰基）-L-半胱氨酰-D-乙烯基甘氨酸（ACvG）与IPNS一起温育，并分离出单一产物，形成了2-α-羟甲基异青霉素N（HMPen），通过单加氧酶反应模式。ACvG现在已经用IPNS结晶，厌氧IPNS：Fe（II）：ACvG络合物的结构确定为1.15 A分辨率。此外，通过将厌氧生长的晶体暴露于高压氧气中，以1.60A的分辨率获得了对应于双环产物HMPen的结构。根据这些以及其他IPNS结构，以及相关双加氧酶的最新发展，对由ACvG形成HMPen的[2 + 2]环加成机理进行了修订，并提出了逐步的自由基机理。修订后的机制与观察到的转化立体定向保持一致，但更适合于活性位铁原子周围配位几何的明显约束。

  DOI：

  10.1039/b212270g

文献信息

• Isopenicillin N Synthase Binds δ-(L-α-Aminoadipoyl)-L-Cysteinyl-D-Thia-allo-Isoleucine through both Sulfur Atoms
  作者：Ian J. Clifton、Wei Ge、Robert M. Adlington、Jack E. Baldwin、Peter J. Rutledge

  DOI：10.1002/cbic.201100149

  日期：2011.8.16

  Polar opposites: IPNS converts a wide range of substrate analogues into modified β‐lactams, including nurmerous tripeptides in which the third amino acid (normally valine) is substituted. However IPNS does not like polar residues in this position. The crystal structure of the protein with a substrate analogue that incorporates D‐thio‐allo‐isoleucine in place of valine sheds light on this predilection

  极性相反： IPNS可将多种底物类似物转化为修饰的β-内酰胺，包括其中被第三个氨基酸（通常为缬氨酸）取代的大量三肽。但是，IPNS在此位置不喜欢极性残基。该蛋白质的与底物类似物结合了晶体结构d -噻异体异亮氨酸代替缬氨酸在此揭示偏爱光。
• The crystal structure of isopenicillin N synthase with δ-(l-α-aminoadipoyl)-l-cysteinyl-d-methionine reveals thioether coordination to iron
  作者：Ian J. Clifton、Wei Ge、Robert M. Adlington、Jack E. Baldwin、Peter J. Rutledge

  DOI：10.1016/j.abb.2011.09.014

  日期：2011.12

  Isopenicillin N synthase (IPNS) catalyses cyclization of δ-(l-α-aminoadipoyl)-l-cysteinyl-d-valine (ACV) to isopenicillin N (IPN), the central step in penicillin biosynthesis. Previous studies have shown that IPNS turns over a wide range of substrate analogues in which the valine residue of its natural substrate is replaced with other amino acids. IPNS accepts and oxidizes numerous substrates that

  异青霉素N合酶（IPNS）催化将δ-（1-α-氨基己二酰基）-1-半胱氨酸-d-缬氨酸（ACV）环化为异青霉素N（IPN），这是青霉素生物合成的关键步骤。先前的研究表明，IPNS可处理多种底物类似物，其中其天然底物的缬氨酸残基被其他氨基酸取代。IPNS接受并氧化许多在该位置带有烃侧链的底物，但是该酶对代替极性基团取代缬氨酰基异丙基的类似物的耐受性较低。我们报告了一个新的ACV类似物δ-（1-α-氨基己二酰基）-l-半胱氨酸-d-蛋氨酸（ACM），其中掺入了硫醚以取代缬氨酸侧链。ACM已使用溶液相法合成，并用IPNS结晶。已经阐明了IPNS：Fe（II）的晶体结构：1.40Å分辨率的ACM复合体。这种结构表明，ACM在IPNS活性位点结合，因此蛋氨酸硫醚的硫原子在氧结合位点以2.57Å的距离与铁结合。半胱氨酸硫醇盐的硫与金属的距离为2.36Å。
• Crystallographic studies on the binding of selectively deuterated LLD- and LLL-substrate epimers by isopenicillin N synthase
  作者：Wei Ge、Ian J. Clifton、Jeanette E. Stok、Robert M. Adlington、Jack E. Baldwin、Peter J. Rutledge

  DOI：10.1016/j.bbrc.2010.06.129

  日期：2010.8

  we report crystallographic studies to investigate the binding of a truncated lll-substrate in the active site of IPNS. Two epimeric tripeptides have been prepared by solution phase peptide synthesis and crystallised with the enzyme. delta-l-alpha-Aminoadipoyl-l-cysteinyl-d-2-amino-3,3-dideuteriobutyrate (lld-ACd(2)Ab) has the same configuration as the natural substrate lld-ACV at each of its three stereocentres;

  异青霉素N合酶（IPNS）是一种非血红素铁（II）氧化酶，可催化三肽δ-1-α-氨基己二酰基-1-半胱氨酰-d-缬氨酸（lld-ACV）的生物合成。本文中我们报道了晶体学研究，以研究IPNS活性位点中截短的III-底物的结合。通过溶液相肽合成已经制备了两种表位三肽，并用该酶结晶。δ-1-α-氨基己二酰基-1-半胱氨酰-d-2-氨基-3,3-二氘代丁二酸酯（lld-ACd（2）Ab）在其三个立体中心分别具有与天然底物lld-ACV相同的构型；它的差向异构体δ-1-α-氨基己二酰基-1-半胱氨酰基-1--2-氨基-3,3-二氘代丁二酸酯（III-ACd（2）Ab）在其第三个氨基酸处具有相反的构型。先前已显示III-ACV抑制其底物IId-ACV的IPNS转换。全精制的三肽δ-1-α-氨基己二酰基-1-半胱氨酸-d-2-氨基丁酸酯（lld-ACAb）是IPNS的底物，被转化为Penam和Ceph