7-(2-Phenylethynyl)-8-aza-7-deazaadenine-2'deoxyadenosine | 216958-57-5

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机杂环化合物 - 吡唑并嘧啶类
• 英文名称: 7-(2-Phenylethynyl)-8-aza-7-deazaadenine-2'deoxyadenosine
• 英文别名: 7-[2-(phenylethynyl)]-8-aza-7-deaza-2'-deoxyadenosine；(2R,3S,5R)-5-[4-amino-3-(2-phenylethynyl)pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-1-yl]-2-(hydroxymethyl)oxolan-3-ol
• CAS: 216958-57-5
• 化学式: C₁₈H₁₇N₅O₃
• 分子量: 351.365
• InChiKey: NLQWRWCWOAVLIC-RRFJBIMHSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  1.3
• 重原子数：
  26
• 可旋转键数：
  4
• 环数：
  4.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.28
• 拓扑面积：
  119
• 氢给体数：
  3
• 氢受体数：
  7

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  7-(2-Phenylethynyl)-8-aza-7-deazaadenine-2'deoxyadenosine 在 吡啶 、 palladium 10% on activated carbon 、 氢气 作用下， 以 甲醇 为溶剂， 反应 1.0h， 生成 1-[2-deoxy-5-O-(4,4'-dimethoxytriphenylmethyl)-β-D-erythro-pentofuranosyl]-4-{[(di(n-butyl)amino)methylidene]amino}-3-(2-phenylethyl)-1H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidine
  参考文献：
  名称：

  A novel strategy of chemical modification for rate enhancement of 10–23 DNAzyme: a combination of A9 position and 8-aza-7-deaza-2′-deoxyadenosine analogs

  摘要：

  在二价金属离子的帮助下，10-23 DNAzyme 切割 RNA。对其催化环进行化学修饰以制造更有效的酶一直是一个挑战。我们的策略从环中的五个 2-脱氧腺苷残基（A5、A9、A11、A12 和 A15）开始，基于 N7 原子在三级结构中形成氢键的能力。 8-Aza-7-deaza-2α-脱氧腺苷及其带有7个取代基的类似物（3-氨丙基、3-羟丙基或苯乙基）分别用来取代5个dA残基，它们对裂解率的影响为在单周转条件下进行评估。结果表明，5个dA残基的N7原子是催化活性所必需的，N8原子和7位取代基不利于10-23 DNAzyme的催化行为，但A9处的所有这些修饰都有利于活性。 。特别是，与相应的亲本相比，在 A9 位置具有 7-(3-氨基丙基)-8-aza-7-deaza-2â2-脱氧腺苷 (3) 的 DZ-3â9 的 kobs 增加了 12 倍10-23 DNA酶。 DZ-3-9 被认为以与 10-23 DNAzyme 相同的机制催化裂解反应，基于它们非常相似的 pH 依赖性和二价金属离子依赖性裂解模式。在 A9 位置引入功能基团被证明是一种成功且可行的方法，可实现更有效的 10-23 DNAzyme 类似物。

  DOI：

  10.1039/c1ob05065f
• 作为产物：
  描述：

  4-甲氧基-1H-吡唑并[3,4-d]嘧啶 在 四(三苯基膦)钯 氢氧化钾 、 N-碘代丁二酰亚胺 、 copper(l) iodide 、 氨 、 sodium methylate 、 三乙胺 作用下， 以 甲醇 、 水 、 1,2-二氯乙烷 、 N,N-二甲基甲酰胺 、 乙腈 为溶剂， 反应 15.17h， 生成 7-(2-Phenylethynyl)-8-aza-7-deazaadenine-2'deoxyadenosine
  参考文献：
  名称：

  Seela, Frank; Zulauf, Matthias, Journal of the Chemical Society. Perkin transactions I, 1998, # 19, p. 3233 - 3239

  摘要：

  DOI：

文献信息

• Synthesis of oligonucleotides containing pyrazolo[3,4-d ]pyrimidines: The influence of 7-substituted 8-aza-7-deazaadenines on the duplex structure and stability
  作者：Frank Seela、Matthias Zulauf

  DOI：10.1039/a808769e

  日期：——

  synthesis of various oligonucleotides containing the 8-aza-7-deazaadenine system instead of that of adenine. Their Tm-values were measured and their thermodynamic data were determined. The replacement of adenine residues by 8-aza-7-deazaadenine 1a does not significantly influence the duplex stability, while the incorporation of 7-substituted derivatives 1b–e led to much more stable duplexes compared with

  亚磷酰胺2a-d衍生自7-溴-（1b），7-碘-（1c），7-（己-1-炔基）-（1d）和7-（2-苯基乙炔基）-（1e）8-制备了aza-7-deaza-2'-脱氧腺苷。它们被用于固相合成包含8-aza-7-deazaadenine系统而不是腺嘌呤的各种寡核苷酸。他们的T m测量-值并确定其热力学数据。用8-氮杂7-脱氮杂腺嘌呤1a取代腺嘌呤残基不会显着影响双链体的稳定性，而7-取代衍生物1b-e的掺入与含腺嘌呤的对应物相比，则导致双链体更加稳定。从寡核苷酸双链体的CD光谱可以明显看出，当仅掺入很少的修饰碱基时，亲本DNA的整体结构得以保留。当修饰残基的数目增加时，确实发生结构变化。这可能是7-取代的8-氮杂-7-脱氮杂-2'-脱氧腺苷残基的高反构象的结果。
• Seela, Frank; Zulauf, Matthias, Journal of the Chemical Society. Perkin transactions I, 1998, # 19, p. 3233 - 3239
  作者：Seela, Frank、Zulauf, Matthias

  DOI：——

  日期：——
• A novel strategy of chemical modification for rate enhancement of 10–23 DNAzyme: a combination of A9 position and 8-aza-7-deaza-2′-deoxyadenosine analogs
  作者：Junlin He、Di Zhang、Qi Wang、Xia Wei、Maosheng Cheng、Keliang Liu

  DOI：10.1039/c1ob05065f

  日期：——

  With the help of a divalent-metal ion, 10–23 DNAzyme cleaves RNA. Chemical modification of its catalytic loop to make a more efficient enzyme has been a challenge. Our strategy started from its five 2′-deoxyadenosine residues (A5, A9, A11, A12, and A15) in the loop based on the capability of the N7 atom to form hydrogen bonds in tertiary structures. 8-Aza-7-deaza-2′-deoxyadenosine and its analogs with 7-substituents (3-aminopropyl, 3-hydroxylpropyl, or phenethyl) were each used to replace five dA residues, respectively, and their effect on cleavage rate were evaluated under single-turnover conditions. The results indicated that the N7 atom of five dA residues were necessary for catalytic activity, and the N8 atom and 7-substituents were detrimental to the catalytic behavior of 10–23 DNAzyme, except that all these modifications at A9 were favourable for the activity. Especially, DZ-3–9 with 7-(3-aminopropyl)-8-aza-7-deaza-2′-deoxyadenosine (3) at A9 position gave a 12- fold increase of kobs, compared to the corresponding parent 10–23 DNAzyme. DZ-3–9 was supposed to catalyze the cleavage reaction with the same mechanism as 10–23 DNAzyme based on their very similar pH-dependent and divalent metal ions-dependent cleavage patterns. Introduction of functional groups at A9 position was demonstrated to be a successful and feasible approach for more efficient 10–23 DNAzyme analogs.

  在二价金属离子的帮助下，10-23 DNAzyme 切割 RNA。对其催化环进行化学修饰以制造更有效的酶一直是一个挑战。我们的策略从环中的五个 2-脱氧腺苷残基（A5、A9、A11、A12 和 A15）开始，基于 N7 原子在三级结构中形成氢键的能力。 8-Aza-7-deaza-2α-脱氧腺苷及其带有7个取代基的类似物（3-氨丙基、3-羟丙基或苯乙基）分别用来取代5个dA残基，它们对裂解率的影响为在单周转条件下进行评估。结果表明，5个dA残基的N7原子是催化活性所必需的，N8原子和7位取代基不利于10-23 DNAzyme的催化行为，但A9处的所有这些修饰都有利于活性。 。特别是，与相应的亲本相比，在 A9 位置具有 7-(3-氨基丙基)-8-aza-7-deaza-2â2-脱氧腺苷 (3) 的 DZ-3â9 的 kobs 增加了 12 倍10-23 DNA酶。 DZ-3-9 被认为以与 10-23 DNAzyme 相同的机制催化裂解反应，基于它们非常相似的 pH 依赖性和二价金属离子依赖性裂解模式。在 A9 位置引入功能基团被证明是一种成功且可行的方法，可实现更有效的 10-23 DNAzyme 类似物。