cis-[4a]-cisoid-[4a,4b]-cis-[4b]-dodecahydro-4a,4b-dimethyl-2,4,5,7-tetraoxocyclobuta[1,2-d:4,3-d]dipyrimidine-1,8-dipropionic diacid | 121250-15-5

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机杂环化合物 - 二嗪类
• 英文名称: cis-[4a]-cisoid-[4a,4b]-cis-[4b]-dodecahydro-4a,4b-dimethyl-2,4,5,7-tetraoxocyclobuta[1,2-d:4,3-d]dipyrimidine-1,8-dipropionic diacid
• 英文别名: 3-[(1S,2R,7R,8S)-12-(2-carboxyethyl)-7,8-dimethyl-4,6,9,11-tetraoxo-3,5,10,12-tetrazatricyclo[6.4.0.02,7]dodecan-3-yl]propanoic acid
• CAS: 121250-15-5
• 化学式: C₁₆H₂₀N₄O₈
• 分子量: 396.357
• InChiKey: YCRWKEKWVHTOTP-RPCZKNTGSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -2.5
• 重原子数：
  28
• 可旋转键数：
  6
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.62
• 拓扑面积：
  173
• 氢给体数：
  4
• 氢受体数：
  8

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  单-6-O-氨基-Β-环糊精 、 cis-[4a]-cisoid-[4a,4b]-cis-[4b]-dodecahydro-4a,4b-dimethyl-2,4,5,7-tetraoxocyclobuta[1,2-d:4,3-d]dipyrimidine-1,8-dipropionic diacid 在 1-羟基苯并三唑 、 N,N'-二环己基碳二亚胺 作用下， 以 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 48.0h， 以19%的产率得到6-deoxy-6-cis-syn thymine dimer-β-cyclodextrin
  参考文献：
  名称：

  胸腺嘧啶二聚体/氧杂环丁烷单元在其修饰的β-环糊精上的有效光敏裂解，是通过结合电子供体进行的。

  摘要：

  制备了两种分别带有胸腺嘧啶二聚体和胸腺嘧啶氧杂环丁烷加合物的改性β-环糊精（β-CD），并用于结合富电子发色团，吲哚或N，N-二甲基苯胺（DMA），以形成超分子复合物。我们已经研究了吲哚或DMA通过电子转移途径对TD-CD / Ox-CD中的二聚体/氧杂环丁烷单元进行光敏拆分，并观察到了二聚体/氧杂环丁烷单元的高拆分效率。基于荧光光谱和分裂量子产率的测量，建议分裂反应通过修饰的β-CD与DMA或吲哚之间的包合相互作用发生在超分子复合物中。反向电子转移，导致共价连接的生色团-二聚体/氧杂环丁烷化合物的拆分效率低，

  DOI：

  10.1039/b604529d
• 作为产物：
  描述：

  ethyl cis-[4a]-cisoid-[4a,4b]-cis-[4b]-dodecahydro-4a,4b-dimethyl-2,4,5,7-tetraoxocyclobuta[1,2-d:4,3-d]dipyrimidine-1,8-dipropionate 在 盐酸 作用下， 反应 1.0h， 以98%的产率得到cis-[4a]-cisoid-[4a,4b]-cis-[4b]-dodecahydro-4a,4b-dimethyl-2,4,5,7-tetraoxocyclobuta[1,2-d:4,3-d]dipyrimidine-1,8-dipropionic diacid
  参考文献：
  名称：

  共价连接的色氨酸在高极性溶剂中有效光敏分裂胸腺嘧啶二聚体

  摘要：

  已经合成了用于模拟 DNA 光解酶修复反应的色氨酸-胸腺嘧啶二聚体模型化合物。共价连接的色氨酸对二聚体的光敏裂解强烈依赖于溶剂，随着极性溶剂中反应速率的增加，例如，THF/己烷 (5:95) 中的量子产率 Φ = 0.004，水中的量子产率为 0.093。色氨酸残基的荧光被二聚体部分通过从激发的色氨酸到二聚体的电子转移而猝灭。荧光猝灭研究表明电子转移在极性溶剂中是有效的。色氨酸·+-二聚体·- 物种内二聚体自由基阴离子的分裂效率也显着依赖于溶剂，并随着溶剂的极性而增加。电荷分离物质中的背电子转移反应，与裂解竞争，在极性溶剂中被抑制。这些结果与吲哚-二聚体系统的早期溶剂依赖研究的结果形成对比，但它们可以根据发色团单元和附着的二聚体之间距离的差异来合理化。分裂反应和氘同位素效应的 pH 依赖性测量表明，电荷分离物质中的色氨酸自由基阳离子在二聚体自由基阴离子裂解之前不会去质子化。(© Wiley-VCH

  DOI：

  10.1002/ejoc.200400631

文献信息

• Internucleobase-Interaction-Directed Self-Assembly of Nanofibers from Homo- and Heteroditopic 1,<i>ω</i>-Nucleobase Bolaamphiphiles
  作者：Toshimi Shimizu、Rika Iwaura、Mitsutoshi Masuda、Takeshi Hanada、Kiyoshi Yase

  DOI：10.1021/ja010201i

  日期：2001.6.1

  that under natural light the chiral rope formation is triggered by photodimerization of trace amounts of the thymine moieties in the T-10-T assemblies. Complementary hydrogen bond formation between the thymine-adenine heterobase pairs was found to prevent such a photoreaction and resulted in no chiral rope formation. The heteroditopic T-12-A bolaamphiphile self-assembled to form supramolecular fibers

  互补的 1,omega-thymine, 1,omega-adenine 和 1,omega-(thymine, adenine) bolaamphiphiles, [N,N'-bis[3-(2,4-dihydroxy-5-methylpyrimidine-1-yl) )丙酰基]1,n-二氨基烷烃 [TnT (n = 10, 11, 12)], N, N'-双[3-(6-氨基嘌呤-9-基)丙酰基]1,n-二氨基烷烃 [AnA (n) = 10, 11, 12)], 和 N-[3-(2,4-dihydroxy-5-methylpyrimidine-1-yl)propionyl], N'-[3-(6-aminopurine-9-yl)propionyl]已经合成了 1,n-二氨基烷烃 [TnA (n = 10, 11, 12)]。已经通过光学显微镜、能量过滤透射电子显微镜、FT-IR 和粉末 X
• Do Photolyases Need To Provide Considerable Activation Energy for the Splitting of Cyclobutane Pyrimidine Dimer Radical Anions?
  作者：Qin-Hua Song、Wen-Jian Tang、Xue-Bao Ji、Hong-Bo Wang、Qing-Xiang Guo

  DOI：10.1002/chem.200700251

  日期：2007.9.17

  reaction of a dimer radical anion has a significant activation barrier (0.45 eV), and so photolyases have to provide considerable energy. However, these results contradict observations that cis-syn dimer radical anions split into monomers at -196 degrees C, and that the full process of DNA photoreactivation was fast (1.5-2 ns). To investigate the activation energies of dimer radical anions, three model

  顺式-顺式环丁烷嘧啶二聚体是主要的紫外线诱导的DNA损伤，可通过DNA光解酶有效修复。修复反应的关键步骤是从FADH（-）辅因子到二聚体的光驱动电子转移。生成的自由基阴离子会自发分裂。分裂反应是否需要相当大的活​​化能仍存在争议。最近的报道表明，二聚自由基阴离子的分裂反应具有显着的活化势垒（0.45 eV），因此光解酶必须提供大量的能量。但是，这些结果与以下观察结果相反：顺式-syn二聚体自由基阴离子在-196摄氏度下分裂成单体，并且DNA光活化的整个过程非常快（1.5-2 ns）。为了研究二聚自由基阴离子的活化能，制备了三种模型化合物1-3。这些包括共价连接的环丁烷胸腺嘧啶二聚体和色氨酸残基（1）或黄素单元（3），以及共价连接的尿嘧啶二聚体和色氨酸（2）。在-196至70摄氏度的较大温度范围内研究了它们通过色氨酸或黄素单元进行光敏拆分二聚体的特性。活化能从1和2的拆分反应的温度依赖性（1