hydroxyl groups, to compound 4 has yielded the single-digit nanomolar inhibitor 66, with a remarkable improvement of the ligand efficiency from 0.26 to 0.37 kcal/(mol per non-hydrogen atom). Compound 66 shows very high affinity for a few other tyrosine kinases with threonine as gatekeeper residue (Abl, Lck, and Src). On the other hand, it is selective against kinases with a larger gatekeeper. A 45 ns molecular
酪氨酸激酶EphB4由于在癌症相关血管生成中的公认作用而成为药物设计的诱人靶标。最近,通过基于高通量片段的对接进入激酶域的
ATP结合位点,一系列可商购的
黄嘌呤衍
生物被鉴定为EphB4的微摩尔
抑制剂。在这里,我们利用通过自动对接获得的结合模式来通过
化学合成优化这些EphB4
抑制剂。仅将两个重原子,甲基和羟基加到化合物4中,产生了一位数的纳摩尔
抑制剂66,
配体效率从0.26kcal /(mol /非氢原子摩尔)显着提高。化合物66对苏
氨酸作为看门者残基(Abl,Lck和Src)的其他
酪氨酸激酶具有很高的亲和力。另一方面,它对具有较大网守的激酶具有选择性。EphB4和化合物66的复合物的45 ns分子动力学(MD)模拟提供了通过基于片段的对接获得的结合模式的进一步验证。