2-cyanoethyl 5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-2'-deoxyadenosine 3'-(N,N-diisopropyl)phosphoramidite | 140613-55-4

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 三苯基化合物
• 英文名称: 2-cyanoethyl 5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-2'-deoxyadenosine 3'-(N,N-diisopropyl)phosphoramidite
• 英文别名: 5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)deoxyadenosine-3'-O-(2-cyanoethyl)-N,N-diisopropylphosphoramidite；5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-2'-deoxyadenosine 3'-(2-cyanoethyl N,N-diisopropylphosphoramidite)；3-[[(2R,3S,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-2-[[bis(4-methoxyphenyl)-phenylmethoxy]methyl]oxolan-3-yl]oxy-[di(propan-2-yl)amino]phosphanyl]oxypropanenitrile
• CAS: 140613-55-4
• 化学式: C₄₀H₄₈N₇O₆P
• 分子量: 753.838
• InChiKey: ISZWCMGIQDOJRO-XZYUMQGLSA-N

物化性质

• 沸点：
  824.7±75.0 °C(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  6.2
• 重原子数：
  54
• 可旋转键数：
  17
• 环数：
  6.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.4
• 拓扑面积：
  152
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  12

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  2-cyanoethyl 5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-2'-deoxyadenosine 3'-(N,N-diisopropyl)phosphoramidite 在 四氮唑 、 水 作用下， 以 乙腈 为溶剂， 以87%的产率得到5'-O-(p,p'-dimethoxytrityl)-2'-deoxyadenosine 3'-(2-cyanoethyl) H-phosphonate
  参考文献：
  名称：

  通过H-膦酸烷基酯方法大规模合成液相寡核苷酸。

  摘要：

  描述了一种液相合成寡核苷酸的新方法，该方法基于使用烷基H-膦酸酯合成子和聚乙二醇（PEG5000）作为可溶性载体的氧化偶联。HBS的核苷烷基在NBS存在下进行氧化偶联。聚乙二醇作为可溶性聚合物载体的使用保留了固相合成的一些便利特征，并具有新的令人感兴趣的优点。该液相方法在速度和偶联收率方面看来是有效的，并且可以评估大量寡核苷酸（100 microM）的产生。

  DOI：

  10.1016/s0968-0896(99)00287-4
• 作为产物：
  描述：

  2'-脱氧腺苷 在 四丁基氟化铵 、 水 、 六甲基二硅氮烷 作用下， 以 1,4-二氧六环 、 吡啶 、 甲醇 为溶剂， 反应 5.0h， 生成 2-cyanoethyl 5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-2'-deoxyadenosine 3'-(N,N-diisopropyl)phosphoramidite
  参考文献：
  名称：

  一个新的被保护的酰基保护基，用于核碱基的环外氨基官能团

  摘要：

  2-（叔丁基二苯基甲硅烷氧基甲基）苯甲酰氯（SiOMB-Cl）与过-O-三甲基甲硅烷基化的d-核苷C，G和A反应，除去Si（Me）3基团并进行5'-O-保护后得到含有4,4'-二甲氧基三苯甲基氯（DMT-Cl）的相应N-SiOMB-5'-O-DMT衍生物，其SiOMB基很容易被氟离子除去。SiOMB保护的核苷被证明是在溶液中和在固体支持物上制备DNA片段的合适构建单元。

  DOI：

  10.1016/s0040-4039(00)94573-8

文献信息

• New thermolytic carbamoyl groups for the protection of nucleobases
  作者：Akihiro Ohkubo、Rintaro Kasuya、Kenichi Miyata、Hirosuke Tsunoda、Kohji Seio、Mitsuo Sekine

  DOI：10.1039/b816831h

  日期：——

  It was found that N-arylcarbamoyl and N-(phenylsulfonyl)carbamoyl (psc) groups could be effectively introduced onto the amino groups of deoxycytidine and deoxyadenosine derivatives and could be removed thermolytically. We succeeded in synthesizing DNA probes incorporating these thermo-removable protecting groups and developed a new system for molecular switching by changing the protection- and deprotection-modes using simple heating and re-carbamoylation with isocyanates. This reversible process enabled us to control the hybridization ability of the DNA probes.

  研究发现，N-芳基氨甲酰基和N-（苯磺酰基）氨甲酰基（psc）基团能够有效地引入到脱氧胞苷和脱氧腺苷衍生物的氨基上，并且能够通过热分解反应去除。我们成功合成了含有这些热可移除保护基团的DNA探针，并开发了一种新的分子开关系统，通过简单的加热和重新氨甲酰化与异氰酸酯的反应来改变保护和脱保护模式。这种可逆的过程使我们能够控制DNA探针的杂交能力。
• O-Selectivity and Utility of Phosphorylation Mediated by Phosphite Triester Intermediates in the N-Unprotected Phosphoramidite Method
  作者：Akihiro Ohkubo、Yusuke Ezawa、Kohji Seio、Mitsuo Sekine

  DOI：10.1021/ja048125h

  日期：2004.9.1

  molecular orbital interactions between the reactive intermediates and the nucleophiles such as the amino or hydroxyl groups of nucleosides. Furthermore, longer oligonucleotides were synthesized not only by a manual operation but also by a DNA synthesizer. The utility of our new method was demonstrated by the successful synthesis of a base-labile modified oligodeoxyribonucleotide having 4-N-acetyldeoxycytidine

  以前，由于 dA 和 dC 的氨基对三价磷 (III) 型亚磷酸化试剂具有高反应性，因此无法在 N-未保护的亚磷酰胺方法中进行聚合物载体上的 O 选择性磷酸化。在本文中，我们开发了一种名为“活化亚磷酸酯方法”的新偶联策略，其中亚磷酸三酯中间体 1 介导了亚磷酸化。将 1-羟基苯并三唑作为促进剂应用于固相合成导致了优异的 O-选择性超过 99.7%。这种 O 选择性可以通过反应中间体和亲核试剂（如核苷的氨基或羟基）之间的前沿分子轨道相互作用来解释。此外，更长的寡核苷酸不仅可以通过手动操作合成，也可以通过 DNA 合成仪合成。通过成功合成具有 4-N-乙酰脱氧胞苷残基的碱不稳定修饰寡脱氧核糖核苷酸，证明了我们新方法的实用性。最后，通过使用 6-三氟甲基-1-羟基苯并三唑和苯并咪唑鎓三氟甲磺酸盐的组合试剂，可以以良好的产率合成含有 dA 或 dC 的 DNA 20 聚体。
• Nuclease resistant methylphosphonate-DNA/LNA chimeric oligonucleotides
  作者：Koji Nagahama、Rakesh N. Veedu、Jesper Wengel

  DOI：10.1016/j.bmcl.2009.03.116

  日期：2009.5

  chimeric 9-mer oligonucleotides containing methylphosphonate-linkages and locked nucleic acid (LNA) monomers, their binding affinity towards complementary DNA and RNA, and their 3′-exonucleolytic stability are described. The obtained methylphosphonate-DNA/LNA chimeric oligonucleotides display similarly high RNA affinity and RNA selectivity as a corresponding 9-mer DNA/LNA chimeric oligonucleotide, but much

  描述了包含甲基膦酸酯键和锁定核酸（LNA）单体的嵌合9-聚体寡核苷酸的合成，它们对互补DNA和RNA的结合亲和力以及它们的3'-核酸外切稳定性。所获得的甲基膦酸酯-DNA / LNA嵌合寡核苷酸显示出与相应的9聚体DNA / LNA嵌合寡核苷酸类似的高RNA亲和力和RNA选择性，但是对3'-核酸外切降解具有更高的抗性。
• OLIGONUCLEOTIDE WITH PROTECTED BASE
  申请人：Ajinomoto Co., Inc.

  公开号：US20130267697A1

  公开（公告）日：2013-10-10

  The present invention provides a protected nucleotide for elongation, which can be purified efficiently and in a high yield by a liquid-liquid extraction operation, and can achieve an oligonucleotide production method by a phosphoramidite method. It has been found that the above-mentioned problem can be solved by a particular oligonucleotide comprising a protected base and/or particular oligonucleotide protected by a branched chain-containing aromatic group at 3′-position.

  本发明提供了一种用于延长的受保护核苷酸，可以通过液-液萃取操作高效且高产地纯化，并且可以通过磷酰胺酯法实现寡核苷酸的生产方法。已发现上述问题可以通过包含受保护碱基和/或在3'-位置带有分支链含芳基的特定寡核苷酸来解决。
• Convenient Synthesis of <i>N</i>-Unprotected Deoxynucleoside 3‘-Phosphoramidite Building Blocks by Selective Deacylation of <i>N</i>-Acylated Species and Their Facile Conversion to Other <i>N</i>-Functionalized Derivatives
  作者：Akihiro Ohkubo、Kazushi Sakamoto、Ken-ichi Miyata、Haruhiko Taguchi、Kohji Seio、Mitsuo Sekine

  DOI：10.1021/ol051949z

  日期：2005.11.1

  highly selective N-deacylation of commercially available N-acylated deoxynucleoside 3'-phosphoramidites is described. These compounds could be readily converted to other types of N-protected species by facile N-acylations with acylating reagents.

  [反应：见正文]描述了通过使用市售的N-酰化的脱氧核苷3'-亚磷酰胺的高度选择性N-脱酰作用来获得N-未保护的脱氧核苷3'-亚磷酰胺的基础的新途径。通过用酰化试剂进行容易的N-酰化，这些化合物可以容易地转化为其他类型的N-保护的物质。