benzyl (S)-(1-((cyanomethyl)amino)-1-oxo-3-phenylpropan-2-yl)carbamate

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机酸及其衍生物 - 羧酸及其衍生物
• 英文名称: benzyl (S)-(1-((cyanomethyl)amino)-1-oxo-3-phenylpropan-2-yl)carbamate
• 英文别名: benzyl N-[(1S)-1-benzyl-2-(cyanomethylamino)-2-oxo-ethyl]carbamate；benzyl N-[(1S)-1-[(cyanomethyl)carbamoyl]-2-phenylethyl]carbamate；benzyl N-[(2S)-1-(cyanomethylamino)-1-oxo-3-phenylpropan-2-yl]carbamate
• 化学式: C₁₉H₁₉N₃O₃
• 分子量: 337.378
• InChiKey: QXQAFIAKTXDYFI-KRWDZBQOSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  2.2
• 重原子数：
  25
• 可旋转键数：
  8
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.21
• 拓扑面积：
  91.2
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  4

反应信息

• 作为产物：
  描述：

  (-)-N-(tert-Butoxycarbonyl)-L-phenylalanyl-glycin-nitril 在 N-甲基吗啉 、 甲酸 作用下， 以 二氯甲烷 为溶剂， 反应 8.0h， 生成 benzyl (S)-(1-((cyanomethyl)amino)-1-oxo-3-phenylpropan-2-yl)carbamate
  参考文献：
  名称：

  通过基于结构的药物设计，确定二肽腈为组织蛋白酶B的有效抑制剂和选择性抑制剂。

  摘要：

  组织蛋白酶B是半胱氨酸蛋白酶的木瓜蛋白酶超家族的成员，并且已与包括关节炎和癌症在内的多种疾病的病理学有关。为了确定这种蛋白酶的有效可逆抑制剂，我们从先前报道的Cbz-Phe-NH-CH（2）CN（19，IC（50）= 62 microM）开始检查了一系列二肽腈。 。高分辨率X射线晶体学数据和分子模型被用来优化此模板的P（1），P（2）和P（3）取代基。组织蛋白酶B在其类别中是独特的，因为它在活性位点的S（2）'口袋中包含一个羧酸盐识别位点。通过束缚从碳α到腈的羧酸盐官能团来与酶的该区域相互作用，可以提高抑制剂的效力和选择性。

  DOI：

  10.1021/jm010206q

文献信息

• Interaction of Papain-like Cysteine Proteases with Dipeptide-Derived Nitriles
  作者：Reik Löser、Klaus Schilling、Elke Dimmig、Michael Gütschow

  DOI：10.1021/jm050686b

  日期：2005.12.1

  were introduced, and systematic fluorine, bromine, and phenyl scans for phenylalanine in the P2 position were performed. Moreover, the N-terminal protection was varied. Kinetic investigations were carried out with cathepsin L, S, and K as well as papain. Changes in the backbone structure of the parent N-(tert-butoxycarbonyl)-phenylalanyl-glycine-nitrile (16), such as the introduction of an R-configured

  制备一系列44个在P2位具有各种氨基酸和在P1位具有甘氨酸的二肽腈，并将其评估为半胱氨酸蛋白酶的抑制剂。关于P2-S2相互作用对酶抑制剂复合物形成的重要贡献，重点是将结构多样性引入P2侧链。引入了非蛋白氨基酸，并进行了系统的氟，溴和苯基扫描，以检测P2位置的苯丙氨酸。而且，N-末端保护是多种多样的。使用组织蛋白酶L，S和K以及木瓜蛋白酶进行动力学研究。母体N-（叔丁氧羰基）-苯丙氨酰基-甘氨酸-腈的骨架结构变化（16），例如将R构型的氨基酸或氮杂氨基酸引入P2以及P1氮的甲基化，会导致亲和力的急剧下降。示例性地，16的氰基被醛或甲基酮官能团取代。关于靶酶的底物特异性，讨论了构效关系。
• A comparative study of warheads for design of cysteine protease inhibitors
  作者：Daniel G. Silva、Jean F.R. Ribeiro、Daniela De Vita、Lorenzo Cianni、Caio Haddad Franco、Lucio H. Freitas-Junior、Carolina Borsoi Moraes、Josmar R. Rocha、Antonio C.B. Burtoloso、Peter W. Kenny、Andrei Leitão、Carlos A. Montanari

  DOI：10.1016/j.bmcl.2017.10.002

  日期：2017.11

  replacing a nitrile group with alternative warheads were explored. The oxime was almost an order of magnitude more potent than the corresponding nitrile and has the potential to provide access to the prime side of the catalytic site. Dipeptide aldehydes and azadipeptide nitriles were found to be two orders of magnitude more potent cruzain inhibitors than the corresponding dipeptide nitriles although potency

  探索了用替代性战斗部取代腈基对克鲁萨因抑制效能的影响。肟的效力几乎比相应的腈强一个数量级，并具有提供进入催化部位主要部分的潜力。发现二肽醛和氮杂二肽腈是比相应的二肽腈有效的克鲁萨因抑制剂高两个数量级，尽管通过P1和P3处的取代来调节效力差异。用环丙烷代替二肽醛的α亚甲基导致效能损失几乎三个数量级。被表征为可逆抑制剂的乙烯基酯和酰胺的效力比相应的腈差一两个数量级。
• Discovery of Fluoromethylketone-Based Peptidomimetics as Covalent ATG4B (Autophagin-1) Inhibitors
  作者：Zongxing Qiu、Bernd Kuhn、Johannes Aebi、Xianfeng Lin、Haiyuan Ding、Zheng Zhou、Zhiheng Xu、Danqing Xu、Li Han、Cheng Liu、Hongxia Qiu、Yuxia Zhang、Wolfgang Haap、Claus Riemer、Martin Stahl、Ning Qin、Hong C. Shen、Guozhi Tang

  DOI：10.1021/acsmedchemlett.6b00208

  日期：2016.8.11

  ATG4B or autophagin-1 is a cysteine protease that cleaves ATG8 family proteins. ATG4B plays essential roles in the autophagosome formation and the autophagy pathway. Herein we disclose the design and structural modifications of a series of fluoromethylketone (FMK)-based peptidomimetics as highly potent ATG4B inhibitors. Their structure activity relationship (SAR) and protease selectivity are also discussed.
• Identification of Dipeptidyl Nitriles as Potent and Selective Inhibitors of Cathepsin B through Structure-Based Drug Design
  作者：Paul D. Greenspan、Kirk L. Clark、Ruben A. Tommasi、Scott D. Cowen、Leslie W. McQuire、David L. Farley、John H. van Duzer、Ronald L. Goldberg、Huanghai Zhou、Zhengming Du、John J. Fitt、David E. Coppa、Zheng Fang、William Macchia、Lijuan Zhu、Michael P. Capparelli、Robert Goldstein、Andrew M. Wigg、John R. Doughty、Regine S. Bohacek、Ania K. Knap

  DOI：10.1021/jm010206q

  日期：2001.12.1

  this template. Cathepsin B is unique in its class in that it contains a carboxylate recognition site in the S(2)' pocket of the active site. Inhibitor potency and selectivity were enhanced by tethering a carboxylate functionality from the carbon alpha to the nitrile to interact with this region of the enzyme. This resulted in the identification of compound 10, a 7 nM inhibitor of cathepsin B, with excellent

  组织蛋白酶B是半胱氨酸蛋白酶的木瓜蛋白酶超家族的成员，并且已与包括关节炎和癌症在内的多种疾病的病理学有关。为了确定这种蛋白酶的有效可逆抑制剂，我们从先前报道的Cbz-Phe-NH-CH（2）CN（19，IC（50）= 62 microM）开始检查了一系列二肽腈。 。高分辨率X射线晶体学数据和分子模型被用来优化此模板的P（1），P（2）和P（3）取代基。组织蛋白酶B在其类别中是独特的，因为它在活性位点的S（2）'口袋中包含一个羧酸盐识别位点。通过束缚从碳α到腈的羧酸盐官能团来与酶的该区域相互作用，可以提高抑制剂的效力和选择性。