5'-O-[dimethyl(1,1,2-trimethylpropyl)silyl]-6-(hydroxymethyl)-2',3'-O-isopropylideneuridine | 1040238-82-1

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机杂环化合物 - 二嗪类
• 英文名称: 5'-O-[dimethyl(1,1,2-trimethylpropyl)silyl]-6-(hydroxymethyl)-2',3'-O-isopropylideneuridine
• 英文别名: 1-[(3aR,4R,6R,6aR)-6-[[2,3-dimethylbutan-2-yl(dimethyl)silyl]oxymethyl]-2,2-dimethyl-3a,4,6,6a-tetrahydrofuro[3,4-d][1,3]dioxol-4-yl]-6-(hydroxymethyl)pyrimidine-2,4-dione
• CAS: 1040238-82-1
• 化学式: C₂₁H₃₆N₂O₇Si
• 分子量: 456.612
• InChiKey: SJBXJOJCKIOISD-VDHUWJSZSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  2.1
• 重原子数：
  31
• 可旋转键数：
  7
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.81
• 拓扑面积：
  107
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  7

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  5'-O-[dimethyl(1,1,2-trimethylpropyl)silyl]-6-(hydroxymethyl)-2',3'-O-isopropylideneuridine 在 4-二甲氨基吡啶 、 甲基磺酰氯 作用下， 以 二氯甲烷 为溶剂， 反应 3.0h， 以74%的产率得到6-(chloromethyl)-5'-O-[dimethyl(1,1,2-trimethylpropyl)silyl]-2',3'-O-isopropylideneuridine
  参考文献：
  名称：

  具有整合的碱基和骨干的寡核苷酸类似物。第22章

  摘要：

  三苯甲基和甲硅烷基化的自互补A * [s] U * [s] A * [s] U *和U * [s] A * [s] U * [s] A *四聚体18和24，通过硫代亚甲基连接通过线性合成基于6'（氯甲基）尿苷，7或10的5'-硫代核苷的S-烷基化反应，通过线性合成制备核碱基与相邻核苷单元的C（5'）之间的基团（缩写为[s]），或8-（氯甲基）腺苷，12或15。四聚体18和24被去三苯甲基化成一元醇19和25，而它们被甲硅烷基化成二元醇20和26。， 分别。的四聚体的缔18 - 21和24 - 26在CDCl 3或在CDCl 3 /（d 6）DMSO 95：5通过用于h化学位移的浓度依赖性研究 N（3）或H 2 Ñ  C（6）。通过一个且特别是两个OH基团的存在有利于通过四个碱基对连接的环状双链体的形成。二醇20与AUAU序列倾向于反向Hoogsteen碱基，和二醇26与UAUA序列沃森-克里克碱基配对。CDCl

  DOI：

  10.1002/hlca.200900203
• 作为产物：
  描述：

  5'-O-[dimethyl(1,1,2-trimethylpropyl)silyl]-6-formyl-2',3'-O-isopropylideneuridine 在 sodium tetrahydroborate 、 溶剂黄146 作用下， 以 四氢呋喃 、 乙醇 为溶剂， 反应 0.5h， 以26.0 g的产率得到5'-O-[dimethyl(1,1,2-trimethylpropyl)silyl]-6-(hydroxymethyl)-2',3'-O-isopropylideneuridine
  参考文献：
  名称：

  具有整合的碱基和骨干的寡核苷酸类似物。第17部分†

  摘要：

  已知甲醛联自身互补U *的环状双链（配对）的形成[O]甲（ * ）二核苷对比与不存在乙烯联U *的配对的并[c一一种（ * ）的类似物。分析了这种差异的起源，以及预期的U * [x] A （ * ）和A * [x] U （ * ）双核苷与x = CH 2，O或S的缔合。根据此分析，配对通过结构异构的Watson–Crick，反向Watson – Crick，Hoogsteen或反向发生Hoogsteen H键合线性双工。它们中的每一个可以产生三个非对映异构的环状双链体，并且它们中的每个可以采用三个主要的构象。分析了x = CH 2，O或S的所有构象异构体的相对稳定性。具有x = CH 2的U * [x] A （ * ）二核苷不会形成稳定的环状双链体，具有x = O的二核苷可能会形成具有关于C（4'）C（5'）键的gg构象的环状双链体， x ＝ S的二核苷可以形成关于该键具有gt-构象的环状双链体。

  DOI：

  10.1002/hlca.200890071

文献信息

• Oligonucleotide Analogues with Integrated Bases and Backbones. Part 26
  作者：Katja Chiesa、Bruno Bernet、Andrea Vasella

  DOI：10.1002/hlca.201000217

  日期：——

  associates more strongly than the sequence‐isomeric U*[n]A* dinucleoside 19. The A*[n]U* dinucleosides 23 and 24 associate more strongly than the analogues devoid of the substituent at C(6/I), while the U*[n]A* dinucleoside 19 associates less strongly than the analogue devoid of the substituent at C(8/I). While 23 and 24 form cyclic duplexes mostly by Watson–Crick‐type base pairing, 25 only forms linear associates

  自身互补氨基亚甲基联A * [n]的U *二核苷23 - 26通过醛的还原偶联制备10和叠氮化物8。在U * [n]的A *序列的异构体19 - 21类似地从醛制备14和叠氮化物3。C（6 / I）为23 – 26和C（8 / I）为19 – 21的取代基强烈支持顺构构象。A * [n] U *二核苷23的缔合作用比序列异构的U *更强[n] A *二核苷19。的A * [n]的U *二核苷23和24准比更强烈的类似物缺乏在C（6 / I）的取代基的，而U * [n]的A *二核苷19个联营弱于的模拟无C（8 / I）上的取代基。而23和24形式的环状双链体大多由沃森-克里克型碱基配对，25只形成线性关联。U * [n] A *二核苷19主要形成线性双链体和更高的缔合体，而21形成循环双工，显示沃森–克里克和Hoogsteen型碱基配对。氨基亚甲基连接的二核苷的环状双链体同时显示了接头的g
• Oligonucleotide Analogues with Integrated Bases and Backbone. Part 21
  作者：Nicolas Bogliotti、Andrea Vasella

  DOI：10.1002/hlca.200900075

  日期：2009.6

  Abstractmagnified imageGelation of organic solvents by the A*[s]U(*) dinucleosides 1 and 2 requires the formation of linear associates cross‐linked by H‐bonding involving either the nucleobase or HOCH2C(6/I). This is evidenced by the absence of gel formation of the N6‐methyladenosine analogue 5 of 1 and the dehydroxy analogue 4 of 2.