2'-O-(2-methoxy)ethyl-3'-O-(t-butyldiphenyl)silylthymidine | 844504-17-2

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘧啶核苷
• 英文名称: 2'-O-(2-methoxy)ethyl-3'-O-(t-butyldiphenyl)silylthymidine
• 英文别名: 1-[(2R,3R,4R,5R)-4-[tert-butyl(diphenyl)silyl]oxy-5-(hydroxymethyl)-3-(2-methoxyethoxy)oxolan-2-yl]-5-methylpyrimidine-2,4-dione
• CAS: 844504-17-2
• 化学式: C₂₉H₃₈N₂O₇Si
• 分子量: 554.715
• InChiKey: CFEACOZMFKHQQR-DLGLWYJGSA-N

物化性质

• 密度：
  1.23±0.1 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  1.71
• 重原子数：
  39
• 可旋转键数：
  11
• 环数：
  4.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.45
• 拓扑面积：
  107
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  7

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  2'-O-(2-methoxy)ethyl-3'-O-(t-butyldiphenyl)silylthymidine 在 三氟乙酸吡啶 、 triethylamine tris(hydrogen fluoride) 、 N,N'-二环己基碳二亚胺 作用下， 以 四氢呋喃 、 二甲基亚砜 为溶剂， 生成
  参考文献：
  名称：

  Identification of metabolically stable 5′-phosphate analogs that support single-stranded siRNA activity

  摘要：

  体内的ss-siRNA活性需要一个代谢稳定的5′-磷酸盐类物质。在本报告中，我们利用与引导链结合的Ago-2的5′-磷酸结合口袋的晶体结构，设计并合成了含有不同5′-磷酸盐类物质的ss-siRNA。我们的结果表明，5′-磷酸盐类物质的电子和空间取向对ss-siRNA活性至关重要。化学修饰的ss-siRNA靶向人类apoC III mRNA，显示出对转基因小鼠中ApoC III mRNA和蛋白质的良好抑制效力。此外，ApoC III ss-siRNA能够降低转基因小鼠中的甘油三酯和低密度脂蛋白胆固醇，表现出ss-siRNA的药理效应。我们的研究为开发ss-siRNA的替代磷酸盐类物质提供了指导，并证明ss-siRNA提供了一种治疗性基因沉默的替代策略。

  DOI：

  10.1093/nar/gkv162
• 作为产物：
  描述：

  5'-O-[双(4-甲氧基苯基)苯基甲基]-2'-O-(2-甲氧基乙基)-5-甲基尿苷 在 咪唑 、 三乙基硅烷 、 三氟乙酸 作用下， 以 二氯甲烷 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 生成 2'-O-(2-methoxy)ethyl-3'-O-(t-butyldiphenyl)silylthymidine
  参考文献：
  名称：

  Identification of metabolically stable 5′-phosphate analogs that support single-stranded siRNA activity

  摘要：

  体内的ss-siRNA活性需要一个代谢稳定的5′-磷酸盐类物质。在本报告中，我们利用与引导链结合的Ago-2的5′-磷酸结合口袋的晶体结构，设计并合成了含有不同5′-磷酸盐类物质的ss-siRNA。我们的结果表明，5′-磷酸盐类物质的电子和空间取向对ss-siRNA活性至关重要。化学修饰的ss-siRNA靶向人类apoC III mRNA，显示出对转基因小鼠中ApoC III mRNA和蛋白质的良好抑制效力。此外，ApoC III ss-siRNA能够降低转基因小鼠中的甘油三酯和低密度脂蛋白胆固醇，表现出ss-siRNA的药理效应。我们的研究为开发ss-siRNA的替代磷酸盐类物质提供了指导，并证明ss-siRNA提供了一种治疗性基因沉默的替代策略。

  DOI：

  10.1093/nar/gkv162

文献信息

• Compounds and oligomeric compounds comprising novel nucleobases
  申请人：——

  公开号：US20040033973A1

  公开（公告）日：2004-02-19

  The present invention relates to nucleoside compositions comprising novel nucleobases and oligomeric compounds comprising at least one such nucleoside. These oligomeric compounds typically have enhanced binding affinity properties compared to oligomeric compounds without the modification. The oligomeric compounds are useful, for example, for investigative and therapeutic purposes.

  本发明涉及包含新型核碱基的核苷酸组合物以及包含至少一种此类核苷酸的寡聚合物化合物。这些寡聚合物化合物通常具有比没有这种修饰的寡聚合物化合物更强的结合亲和性能。这些寡聚合物化合物可用于调查和治疗等用途。
• 5' MODIFIED NUCLEOSIDES AND OLIGOMERIC COMPOUNDS PREPARED THEREFROM
  申请人：Prakash Thazha P.

  公开号：US20130116420A1

  公开（公告）日：2013-05-09

  The present invention provides 5′ modified nucleosides and oligomeric compounds prepared therefrom. More particularly, the present invention provides modified nucleosides having at least one 5′-substituent and an optional 2′ substituent, oligomeric compounds comprising at least one of these modified nucleosides and methods of using the oligomeric compounds. In some embodiments, the oligomeric compounds provided herein are expected to hybridize to a portion of a target RNA resulting in loss of normal function of the target RNA.

  本发明提供了由其制备的5′修饰核苷和寡聚合物化合物。更具体地，本发明提供了至少具有一个5′-取代基和一个可选的2′取代基的修饰核苷，包括至少其中一种修饰核苷的寡聚合物化合物以及使用这些寡聚合物化合物的方法。在某些实施例中，本文提供的寡聚合物化合物预计将与目标RNA的部分杂交，导致目标RNA的正常功能丧失。
• Modified nucleosides, analogs thereof and oligomeric compounds prepared therefrom
  申请人：Ionis Pharmaceuticals, Inc.

  公开号：US09321799B2

  公开（公告）日：2016-04-26

  The present invention provides modified nucleosides, analogs thereof and oligomeric compounds prepared therefrom. More particularly, the present invention provides modified nucleosides and analogs thereof that are useful for incorporation at the terminus of an oligomeric compound. Such oligomeric compounds can also be included in a double stranded composition. In some embodiments, the oligomeric compounds provided herein are expected to hybridize to a portion of a target RNA resulting in loss of normal function of the target RNA.

  本发明提供了经过修改的核苷酸、其类似物以及由其制备的寡聚合物化合物。更具体地，本发明提供了适用于在寡聚合物化合物末端插入的经过修改的核苷酸及其类似物。这种寡聚合物化合物也可以包含在双链组合物中。在某些实施方式中，本文提供的寡聚合物化合物预计将与靶RNA的部分杂交，导致靶RNA的正常功能丧失。
• [EN] CONVERGENT LIQUID PHASE SYNTHESES OF OLIGONUCLEOTIDES<br/>[FR] SYNTHÈSES EN PHASE LIQUIDE CONVERGENTE D'OLIGONUCLÉOTIDES
  申请人：BIOGEN MA INC

  公开号：WO2020227618A3

  公开（公告）日：2021-01-14
• Identification of metabolically stable 5′-phosphate analogs that support single-stranded siRNA activity
  作者：Thazha P. Prakash、Walt F. Lima、Heather M. Murray、Wenyu Li、Garth A. Kinberger、Alfred E. Chappell、Hans Gaus、Punit P. Seth、Balkrishen Bhat、Stanley T. Crooke、Eric E. Swayze

  DOI：10.1093/nar/gkv162

  日期：2015.3.31

  The ss-siRNA activity in vivo requires a metabolically stable 5′-phosphate analog. In this report we used crystal structure of the 5′-phosphate binding pocket of Ago-2 bound with guide strand to design and synthesize ss-siRNAs containing various 5′-phosphate analogs. Our results indicate that the electronic and spatial orientation of the 5′-phosphate analog was critical for ss-siRNA activity. Chemically modified ss-siRNA targeting human apoC III mRNA demonstrated good potency for inhibiting ApoC III mRNA and protein in transgenic mice. Moreover, ApoC III ss-siRNAs were able to reduce the triglyceride and LDL cholesterol in transgenic mice demonstrating pharmacological effect of ss-siRNA. Our study provides guidance to develop surrogate phosphate analog for ss-siRNA and demonstrates that ss-siRNA provides an alternative strategy for therapeutic gene silencing.

  体内的ss-siRNA活性需要一个代谢稳定的5′-磷酸盐类物质。在本报告中，我们利用与引导链结合的Ago-2的5′-磷酸结合口袋的晶体结构，设计并合成了含有不同5′-磷酸盐类物质的ss-siRNA。我们的结果表明，5′-磷酸盐类物质的电子和空间取向对ss-siRNA活性至关重要。化学修饰的ss-siRNA靶向人类apoC III mRNA，显示出对转基因小鼠中ApoC III mRNA和蛋白质的良好抑制效力。此外，ApoC III ss-siRNA能够降低转基因小鼠中的甘油三酯和低密度脂蛋白胆固醇，表现出ss-siRNA的药理效应。我们的研究为开发ss-siRNA的替代磷酸盐类物质提供了指导，并证明ss-siRNA提供了一种治疗性基因沉默的替代策略。