5,6-bis-TBDMS-5,6-dihydro-5-hydroxy-6-(2,5-dimethoxythiophenyl)thymidine | 1374759-46-2

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘧啶核苷
• 英文名称: 5,6-bis-TBDMS-5,6-dihydro-5-hydroxy-6-(2,5-dimethoxythiophenyl)thymidine
• 英文别名: bis-TBDMS-5,6-dihydro-5R-hydroxy-6S-(2,5-dimethoxythiophenyl)thymidine
• CAS: 1374759-46-2
• 化学式: C₃₀H₅₂N₂O₈SSi₂
• 分子量: 656.988
• InChiKey: KOLPUBSUGZKARD-WNDZNAIRSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  5.95
• 重原子数：
  43.0
• 可旋转键数：
  10.0
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.73
• 拓扑面积：
  115.79
• 氢给体数：
  2.0
• 氢受体数：
  9.0

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  5,6-bis-TBDMS-5,6-dihydro-5-hydroxy-6-(2,5-dimethoxythiophenyl)thymidine 在 咪唑 、 N-溴代丁二酰亚胺(NBS) 、 偶氮二异丁腈 、 triethylamine tris(hydrogen fluoride) 、 三乙胺 、 5-(乙硫基)-1H-四唑 作用下， 以 四氢呋喃 、 二氯甲烷 、 N,N-二甲基甲酰胺 、 乙腈 、 苯 为溶剂， 反应 9.5h， 生成
  参考文献：
  名称：

  胸苷自由基阳离子的独立生成和反应性

  摘要：

  胸苷自由基阳离子（1）是通过电离辐射产生的，已被称为DNA中电子转移的中间体。以前对其结构和反应性的研究已使用胸苷作为前体，因为胸腺嘧啶很容易从1进行重整，因此它限制了定量产物的分析。在该研究中，自由基阳离子1是通过对由芳基硫醚光化学生成的嘧啶自由基进行β杂解而独立生成的。胸苷是pH 7.2时从1的主要产物（33％）。胸苷二醇和相应的5-羟基过氧化物的非对映异构体混合物，其捕集量为1形成。观察到归因于C 1-甲基1的去质子化的产物例如5-甲酰基-2'-脱氧尿苷的产率显着降低。独立生成的N3甲基类似物1（NMe- 1）产生的从水捕集衍生的产物明显更高的产率，和在比这些可归因于NMe-的C5-甲基脱质子高得多的产率形成这些产品1。但是，N3-甲基胸苷是主要产物，当在过量硫醇的存在下生成自由基阳离子时，N3-甲基胸苷的产率高达70％。外源试剂对产物分布的影响与扩散性自由基阳离子的形成是一致的（1，NMe-

  DOI：

  10.1021/acs.joc.7b02017
• 作为产物：
  描述：

  5R,6S-bis-TBDMS-thymidine glycol 在 吡啶 、 4-二甲氨基吡啶 、 zinc(II) chloride 作用下， 以 乙醚 、 二氯甲烷 为溶剂， 反应 14.0h， 生成 5,6-bis-TBDMS-5,6-dihydro-5-hydroxy-6-(2,5-dimethoxythiophenyl)thymidine
  参考文献：
  名称：

  胸苷主要羟基自由基加合物的光化学生成和反应性

  摘要：

  5,6-二氢-5-羟基胸苷-6-基自由基 ( 1 ) 是由羟基自由基加成到嘧啶的 C5 产生的主要反应中间体，通过 2,5-二甲氧基苯硫醚前体 ( 2 ) 的350 nm 光解产生. O 2和硫醇之间的1竞争表明，与其他烷基自由基相比，该自由基与 β-巯基乙醇的反应相对较慢。总的来说，芳基硫化物2应该是 DNA 中胸苷主要羟基自由基加合物的有效前体。

  DOI：

  10.1021/ol301109z

文献信息

• Independent Generation of Reactive Intermediates Leads to an Alternative Mechanism for Strand Damage Induced by Hole Transfer in Poly(dA–T) Sequences
  作者：Huabing Sun、Liwei Zheng、Marc M. Greenberg

  DOI：10.1021/jacs.8b05484

  日期：2018.9.12

  and dG•+) are the primary hole carriers of DNA hole migration due to their favorable oxidation potential. Much less is known about the reactivity of higher energy pyrimidine radical cations. The thymidine radical cation (T•+) was produced at a defined position in DNA from a photochemical precursor for the first time. T•+ initiates hole transfer to dGGG triplets in DNA. Hole localization in a dGGG sequence

  嘌呤自由基阳离子（dA•+ 和 dG•+）由于其良好的氧化电位是 DNA 空穴迁移的主要空穴载体。关于高能嘧啶自由基阳离子的反应性知之甚少。胸苷自由基阳离子 (T•+) 首次从光化学前体在 DNA 的特定位置产生。T•+ 启动空穴转移到 DNA 中的 dGGG 三联体。dGGG 序列中的空穴定位占 9 中在有氧条件下形成的 T•+ 的 26%。也对产生胸苷的减少进行了量化。当 T•+ 独立生成时，5-甲酰基-2'-脱氧尿苷在 DNA 中以低产量形成。这与光激发蒽醌空穴注入后聚（dA-T）序列中电子转移产物形成的机制建议不一致。与原始机制不一致的其他证据是通过 DNA 中的光激发蒽醌进行空穴注入获得的。在这些研究中观察到的链损伤模式，其中胸苷被氧化，而不是需要 T•+ 的中介，而是通过 2'-脱氧腺苷-N6-基自由基 (dA•) 的独立生成来再现。由 dA• 形成的串联损伤为胸苷氧化的替代机制提供了基础，该机制归因于聚
• 5,6-Dihydropyrimidine Peroxyl Radical Reactivity in DNA
  作者：Joanna Maria N. San Pedro、Marc M. Greenberg

  DOI：10.1021/ja412562p

  日期：2014.3.12

  radicals are a major family of reactive species produced in DNA as a result of oxidative stress. Two such radicals, 5-hydroxy-5,6-dihydrothymidin-6-yl radical (1) and 5,6-dihydrouridin-6-yl radical (5), were independently generated within chemically synthesized oligonucleotides from photochemical precursors. Neither nucleobase radical produces direct strand breaks or alkali-labile lesions in single or

  核碱基自由基是 DNA 中由于氧化应激而产生的主要活性物质家族。两个这样的自由基，5-羟基-5,6-dihydrothymidin-6-yl 自由基 (1) 和 5,6-dihydrouridin-6-yl 自由基 (5)，是在从光化学前体化学合成的寡核苷酸中独立产生的。核碱基都不会在单链或双链 DNA 中产生直接的链断裂或碱不稳定损伤。由 O2 捕获产生的相应过氧自由基添加到 5'-相邻的核碱基上，优先选择 dG。远端 dG 也被过氧自由基氧化损伤。使用各种序列的实验表明远端损伤是通过 5'-相邻 dG 的共价修饰发生的，但没有证据表明核碱基过氧自由基进行电子转移。