5-trimethylsilylethynyl-2′-deoxycytidine | 1279719-43-5

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘧啶核苷
• 英文名称: 5-trimethylsilylethynyl-2′-deoxycytidine
• 英文别名: 5-(trimethylsilylethynyl)-2'-deoxycytidine
• CAS: 1279719-43-5
• 化学式: C₁₄H₂₁N₃O₄Si
• 分子量: 323.424
• InChiKey: VHGSRTDOJHSHRN-QJPTWQEYSA-N

物化性质

• 沸点：
  491.2±55.0 °C(Predicted)
• 密度：
  1.30±0.1 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -0.3
• 重原子数：
  22.0
• 可旋转键数：
  2.0
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.57
• 拓扑面积：
  110.6
• 氢给体数：
  3.0
• 氢受体数：
  7.0

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  5-trimethylsilylethynyl-2′-deoxycytidine 在 吡啶 、 甲醇 、 4-二甲氨基吡啶 、 bis-triphenylphosphine-palladium(II) chloride 、 copper(l) iodide 、 potassium carbonate 、 三乙胺 作用下， 以 四氢呋喃 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 48.0h， 生成
  参考文献：
  名称：

  固相DNA寡聚化的配有互补碱基的亚磷酰胺单体的合成。

  摘要：

  我们描述了两个单体的制备，该单体在边缘带有互补的碱基（鸟嘌呤2'-脱氧胞苷和2-氨基腺嘌呤-2'-脱氧尿苷），并且可以方便地保护和活化以进行固相自动DNA合成。我们报告了优化的合成途径，导致涉及的四个核碱基衍生物，它们交叉偶联反应成含二核碱基的单体，以及它们在DNA合成仪中的低聚。

  DOI：

  10.1021/acs.orglett.9b03801
• 作为产物：
  描述：

  2'-脱氧胞嘧啶核苷 在 bis-triphenylphosphine-palladium(II) chloride 、 copper(l) iodide 、 碘 、 三乙胺 、 间氯过氧苯甲酸 作用下， 以 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 生成 5-trimethylsilylethynyl-2′-deoxycytidine
  参考文献：
  名称：

  固相DNA寡聚化的配有互补碱基的亚磷酰胺单体的合成。

  摘要：

  我们描述了两个单体的制备，该单体在边缘带有互补的碱基（鸟嘌呤2'-脱氧胞苷和2-氨基腺嘌呤-2'-脱氧尿苷），并且可以方便地保护和活化以进行固相自动DNA合成。我们报告了优化的合成途径，导致涉及的四个核碱基衍生物，它们交叉偶联反应成含二核碱基的单体，以及它们在DNA合成仪中的低聚。

  DOI：

  10.1021/acs.orglett.9b03801

文献信息

• Exploiting Substrate Promiscuity To Develop Activity-Based Probes for Ten-Eleven Translocation Family Enzymes
  作者：Uday Ghanty、Jamie E. DeNizio、Monica Yun Liu、Rahul M. Kohli

  DOI：10.1021/jacs.8b04722

  日期：2018.12.19

  Ten-eleven translocation (TET) enzymes catalyze repeated oxidations of 5-methylcytosine in genomic DNA. Because of the challenges of tracking reactivity within a complex DNA substrate, chemical tools to probe TET activity are limited, despite these enzyme's crucial role in epigenetic regulation. Here, building on precedents from related Fe(II)/α-ketoglutarate-dependent dioxygenases, we show that TET

  10-11 易位 (TET) 酶催化基因组 DNA 中 5-甲基胞嘧啶的重复氧化。由于追踪复杂 DNA 底物内反应性的挑战，探测 TET 活性的化学工具有限，尽管这些酶在表观遗传调控中发挥着至关重要的作用。在此，基于相关 Fe(II)/α-酮戊二酸依赖性双加氧酶的先例，我们证明 TET 酶可以通过非自然的 5 位修饰混杂地作用于胞嘧啶碱基。 DNA 中 5-乙烯基胞嘧啶 (vC) 的氧化导致主要形成 5-甲酰甲基胞嘧啶产物，该产物可被有效标记以提供 TET 活性的终点读数。此外，与 5-乙炔基胞嘧啶 (eyC) 的反应会形成高能烯酮中间体，即使在总细胞裂解液的复杂环境中，该中间体也可以选择性地捕获任何活性 TET 同工型作为共价酶-DNA 复合物。因此，利用底物混杂性提供了一种新的、必要的方法来直接跟踪体外或体内的 TET 活性。
• Duplex and Triplex Formation of Mixed Pyrimidine Oligonucleotides with Stacking of Phenyl-triazole Moieties in the Major Groove
  作者：Nicolai Krog Andersen、Holger Døssing、Frank Jensen、Birte Vester、Poul Nielsen

  DOI：10.1021/jo200919y

  日期：2011.8.5

  5-(1-Phenyl-1,2,3-triazol-4-yl)-2′-deoxycytidine was synthesized from a modified CuAAC protocol and incorporated into mixed pyrimidine oligonucleotide sequences together with the corresponding 5-(1-phenyl-1,2,3-triazol-4-yl)-2′-deoxyuridine. With consecutive incorporations of the two modified nucleosides, improved duplex formation with a complementary RNA and improved triplex formation with a complementary DNA

  根据改进的CuAAC方案合成了5-（1-苯基-1,2,3-三唑-4-基）-2'-脱氧胞苷，并将其与相应的5-（1-苯基-1）一起掺入混合嘧啶寡核苷酸序列中，2,3-三唑-4-基）-2'-脱氧尿苷。随着两个修饰核苷的连续掺入，观察到具有互补RNA的改进的双链体形成和具有互补DNA双工的改进的三链体形成。改善是由于主要凹槽中的π-π堆积了苯基-三唑部分。在尿苷类似物之间或胞苷类似物位于尿苷类似物的3'方向上时，发现对热稳定性的最强堆积和最明显的积极影响。建模表明，主要凹槽中的苯基-三唑部分的取向不同，以说明两个核苷酸之间的差异。发现所有修饰的寡核苷酸都对核降解显着稳定。
• Azidopropylvinylsulfonamide as a New Bifunctional Click Reagent for Bioorthogonal Conjugations: Application for DNA–Protein Cross‐Linking
  作者：Jitka Dadová、Milan Vrábel、Matej Adámik、Marie Brázdová、Radek Pohl、Miroslav Fojta、Michal Hocek

  DOI：10.1002/chem.201502209

  日期：2015.11.2

  N‐(3‐Azidopropyl)vinylsulfonamide was developed as a new bifunctional bioconjugation reagent suitable for the cross‐linking of biomolecules through copper(I)‐catalyzed azide–alkyne cycloaddition and thiol Michael addition reactions under biorthogonal conditions. The reagent is easily clicked to an acetylene‐containing DNA or protein and then reacts with cysteine‐containing peptides or proteins to form

  N-（3-叠氮基丙基）乙烯基磺酰胺是一种新型的双功能生物共轭试剂，适用于在生物正交条件下通过铜（I）催化的叠氮化物-炔烃环加成反应和硫醇迈克尔加成反应使生物分子交联。将该试剂轻松点击到含乙炔的DNA或蛋白质上，然后与含半胱氨酸的肽或蛋白质反应形成共价交联键。给出了乙炔基或辛二炔基修饰的DNA与肽，p53蛋白或炔烃修饰的人碳酸酐酶与肽的生物缀合的几个例子。
• Ethynyl Side Chain Hydration during Synthesis and Workup of “Clickable” Oligonucleotides: Bypassing Acetyl Group Formation by Triisopropylsilyl Protection
  作者：Sachin A. Ingale、Hui Mei、Peter Leonard、Frank Seela

  DOI：10.1021/jo401780u

  日期：2013.11.15

  ethdU) or the 7-position of 7-deazaguanine (ethc7Gd) are hydrated during solid-phase oligonucleotide synthesis and workup conditions. The side products were identified as acetyl derivatives by MALDI-TOF mass spectra of oligonucleotides and by detection of modified nucleosides after enzymatic phosphodiester hydrolysis. Ethynyl → acetyl group conversion was also studied on ethynylated nucleosides under acidic

  在嘧啶的5位（eth dC和eth dU）或7-脱氮鸟嘌呤（eth c 7 G d）的7位具有乙炔基残基的可点击寡核苷酸在固相寡核苷酸合成和后处理条件下水合）。通过寡核苷酸的MALDI-TOF质谱和通过酶促磷酸二酯水解后检测修饰的核苷，将副产物鉴定为乙酰基衍生物。还研究了在酸性和碱性条件下乙炔基核苷的乙炔基→乙酰基转化。可以证明侧链转化取决于核碱基的结构。引入三异丙基甲硅烷基残基以保护乙炔基残基免于水合。在所有情况下，经过去甲硅烷基化后，分离出无乙酰基的纯净寡核苷酸。
• Probing the local structure and dynamics of nucleotides using vibrationally enhanced alkynyl stretching
  作者：Tiantian Dong、Pengyun Yu、Juan Zhao、Jianping Wang

  DOI：10.1039/d2cp03920f

  日期：——

  nonlinear IR spectroscopy. The solvent dependent CC stretching frequency of 1a can be reasonably interpreted mainly as the hydrogen-bonding effect between the solvent and cytosine base ring structure. Transient 2D IR and pump–probe IR measurements of 1a carried out comparatively in two aprotic solvents (DMSO and THF) and one protic solvent (MeOH) further reveal solvent dependent ultrafast vibrational

  监测多核苷酸和 DNA 的位点特异性局部结构和动力学对于理解它们的生物学功能很重要。然而，众所周知，以高时间分辨率对这些生物分子进行结构表征在实验上具有挑战性。在这项工作中，在脱氧胞苷（dC）和脱氧胸苷（dT）的基础上合成了几种5-甲硅烷基乙炔基-2'-脱氧核苷和5-取代的苯乙炔基-2'-脱氧核苷，其中炔基显示出增强的C C 伸缩振动红外跃迁偶极矩大小接近典型的CO拉伸，并在振动频率和光谱宽度方面表现出结构敏感性。特别是，5-三甲基甲硅烷基乙炔基-2'-dC（TMS EdC，分子1a) 使用飞秒非线性红外光谱进行了详细检查。1a的溶剂依赖性 C C 伸缩频率可以合理地解释为溶剂和胞嘧啶基环结构之间的氢键作用。在两种非质子溶剂（DMSO 和 THF）和一种质子溶剂（MeOH）中对1a进行的瞬态二维红外和泵浦探针红外测量进一步揭示了溶剂相关的超快振动特性，包括对角非谐性、光谱扩散、振动弛豫和各向异性动力学