2'-脱氧-5'-O-[(叔丁基)二甲基硅烷基]-5-碘尿苷 | 134218-81-8

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘧啶核苷
• 中文名称: 2'-脱氧-5'-O-[(叔丁基)二甲基硅烷基]-5-碘尿苷
• 英文名称: 5'-O-(tert-butyldimethylsilyl)-5-iodo-2'-deoxyuridine
• 英文别名: 5-iodo-5'-O-tert-butyldimethylsilyl-2'-deoxyuridine；5’-O-(tert-butyldimethylsilyl)-2’-deoxy-5-iodouridine；1-((2R,4S,5R)-5-(((tert-butyldimethylsilyl)oxy)methyl)-4-hydroxytetrahydrofuran-2-yl)-5-iodopyrimidine-2,4(1H,3H)-dione；1-[(2R,4S,5R)-5-[[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxymethyl]-4-hydroxyoxolan-2-yl]-5-iodopyrimidine-2,4-dione
• CAS: 134218-81-8
• 化学式: C₁₅H₂₅IN₂O₅Si
• 分子量: 468.364
• InChiKey: OOAVDWDELLQGHO-QJPTWQEYSA-N

物化性质

• 熔点：
  218-219 °C
• 密度：
  1.52±0.1 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  1.81
• 重原子数：
  24
• 可旋转键数：
  5
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.73
• 拓扑面积：
  88.1
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  5

安全信息

• 危险性防范说明：
  P261,P305+P351+P338
• 危险性描述：
  H302,H315,H319
• 储存条件：
  室温

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  2'-脱氧-5'-O-[(叔丁基)二甲基硅烷基]-5-碘尿苷 在 吡啶 、 四丁基氟化铵 作用下， 以 四氢呋喃 为溶剂， 反应 73.5h， 生成 5-iodo-3'-O-(3-pyridylcarbonyl)-2'-deoxyuridine
  参考文献：
  名称：

  脑靶向的5-碘-，5-乙烯基和（E）-5-（2-碘乙烯基）-2'-脱氧尿苷与二氢吡啶⇌吡啶鎓盐氧化还原化学传递系统偶联的合成

  摘要：

  5-碘-3'- O-（1-甲基-1,4-二氢吡啶基-3-羰基）-2'-脱氧尿苷（15a），5-乙烯基-3'- O-（1-甲基-1,4 -二氢吡啶基-3-羰基）-2'-脱氧尿苷（15b）和（E）-5-（2-碘乙烯基）-3'- O-（1-甲基-1,4-二氢吡啶基-3-羰基）合成了-2'-脱氧尿苷（15c）作为用于治疗单纯疱疹性脑炎的亲脂性脑选择性抗病毒药，以供将来评估。使用碘甲烷对3'- O-（3-吡啶基羰基）化合物10-11进行季铵化，得到相应的1-甲基吡啶鎓盐12-13用连二亚硫酸钠还原，得到相应的3' - O-（1-甲基-1,4-二氢吡啶基-3-羰基）化合物14-15。

  DOI：

  10.1002/jhet.5570280327
• 作为产物：
  描述：

  碘苷 、 叔丁基二甲基氯硅烷 在 吡啶 作用下， 反应 14.0h， 以79%的产率得到2'-脱氧-5'-O-[(叔丁基)二甲基硅烷基]-5-碘尿苷
  参考文献：
  名称：

  去甲肾上腺素转运蛋白靶向和DNA共同靶向的治疗性胍。

  摘要：

  即使采用积极治疗，高危神经母细胞瘤也经常复发。临床证据表明，增殖活动可预示不良预后。该报告描述了靶向去甲肾上腺素转运蛋白并经过细胞内加工的治疗性胍的合成，表征和生物学特性，随后将它们的分解代谢物有效地掺入了增殖性神经母细胞瘤细胞的DNA中。放射性胍是从5-radioiodo-2'-deoxyuridine（一种具有临床证明的最低毒性和DNA靶向特性的分子放射治疗平台）合成的。放射性胍转运到神经细胞瘤细胞是活性由细胞摄取的竞争抑制所指示的元-碘苄基胍。细胞内加工和DNA吸收的速率受试剂的分解代谢稳定性和细胞群体倍增时间的影响。放射毒性与DNA摄取量和暴露持续时间成正比。5- [ 125 I]碘-3'- O-（ε-胍基己酰基）-2'-脱氧尿苷在小鼠神经母细胞瘤模型中的生物分布显示出显着的肿瘤保留放射性。神经母细胞瘤异种移植物响应于该剂的临床上可达到的剂量而消退。

  DOI：

  10.1021/acs.jmedchem.9b00437

文献信息

• [EN] DESIGN AND SYNTHESIS OF NOVEL DISULFIDE LINKER BASED NUCLEOTIDES AS REVERSIBLE TERMINATORS FOR DNA SEQUENCING BY SYNTHESIS<br/>[FR] DÉRIVÉS NUCLÉOTIDIQUES ET LEURS MÉTHODES D'UTILISATION
  申请人：UNIV COLUMBIA

  公开号：WO2017058953A1

  公开（公告）日：2017-04-06

  Disclosed herein, inter alia, are compounds, compositions, and methods of use thereof in the sequencing a nucleic acid.

  在此披露的内容包括化合物、组合物以及它们在核酸测序中的使用方法。
• NUCLEOTIDE ANALOGUES
  申请人：Intelligent Biosystems, Inc.

  公开号：US20170130051A1

  公开（公告）日：2017-05-11

  The present invention provides methods, compositions, mixtures and kits utilizing deoxynucleoside triphosphates comprising a 3′-O position capped by a group comprising methylenedisulfide as a cleavable protecting group and a detectable label reversibly connected to the nucleobase of said deoxynucleoside. Such compounds provide new possibilities for future sequencing technologies, including but not limited to Sequencing by Synthesis.

  本发明提供了利用包含由甲亚砜二硫醚作为可裂解保护基团的3'-O位置封端的脱氧核苷三磷酸的方法、组合物、混合物和试剂盒，以及可逆地连接到所述脱氧核苷的核碱基的可检测标签。这些化合物为未来的测序技术提供了新的可能性，包括但不限于合成测序。
• DNA sequencing reaction additive
  申请人：Qiagen Sciences, LLC

  公开号：US10844430B2

  公开（公告）日：2020-11-24

  The present invention provides methods, compositions, mixtures and kits utilizing 5-Chloro-2-methyl-4-isothiazolin-3-one in sequencing reactions, and in particular, sequencing reactions where deoxynucleoside triphosphates comprising a 3′-O position capped by a disulfide-based 3′-terminator group are used. In one embodiment, the deoxynucleoside triphosphates comprise a 3′-O position capped by a group comprising methylenedisulfide as a cleavable protecting group and a detectable label reversibly connected to the nucleobase of said deoxynucleoside. In addition, thiol-containing compounds and scavengers of thio-containing compounds are described. Such compounds provide new possibilities for future sequencing technologies, including but not limited to Sequencing by Synthesis.

  本发明提供了利用5-氯-2-甲基-4-异噻唑啉-3-酮在测序反应中的方法、组合物、混合物和试剂盒，特别是在使用由二硫化物基团封端的3′-O位置的脱氧核苷三磷酸的测序反应中。在一种实施例中，脱氧核苷三磷酸包括由亚甲基二硫醚作为可切割保护基团的3′-O位置，并且可检测标签可逆地连接到所述脱氧核苷的核碱基。此外，描述了含硫醇化合物和硫醇化合物的清除剂。这些化合物为未来的测序技术提供了新的可能性，包括但不限于合成测序。
• Efficient syntheses of [¹¹C]zidovudine and its analogs by convenient one-pot palladium(0)-copper(I) co-mediated rapid<i>C</i>-[¹¹C]methylation
  作者：Zhouen Zhang、Hisashi Doi、Hiroko Koyama、Yasuyoshi Watanabe、Masaaki Suzuki

  DOI：10.1002/jlcr.3213

  日期：2014.6.30

  The nucleosides zidovudine (AZT), stavudine (d4T), and telbivudine (LdT) are approved for use in the treatment of human immunodeficiency virus (HIV) and hepatitis B virus (HBV) infections. To promote positron emission tomography (PET) imaging studies on their pharmacokinetics, pharmacodynamics, and applications in cancer diagnosis, a convenient one-pot method for Pd(0)–Cu(I) co-mediated rapid C–C coupling of [11C]methyl iodide with stannyl precursor was successfully established and applied to synthesize the PET tracers [11C]zidovudine, [11C]stavudine, and [11C]telbivudine. After HPLC purification and radiopharmaceutical formulation, the desired PET tracers were obtained with high radioactivity (6.4–7.0 GBq) and specific radioactivity (74–147 GBq/µmol) and with high chemical (>99%) and radiochemical (>99.5%) purities. This one-pot Pd(0)–Cu(I) co-mediated rapid C-[11C]methylation also worked well for syntheses of [methyl-11C]thymidine and [methyl-11C]4′-thiothymidine, resulting twice the radioactivity of those prepared by a previous two-pot method. The mechanism of one-pot Pd(0)–Cu(I) co-mediated rapid C-[11C]methylation was also discussed.

  核苷类药物齐多夫定（AZT）、司他夫定（d4T）和替比夫定（LdT）已被批准用于治疗人类免疫缺陷病毒（HIV）和乙型肝炎病毒（HBV）感染。为了促进正电子发射断层扫描（PET）成像技术在其药代动力学、药效学以及癌症诊断中的应用研究，我们成功建立并应用了一种方便的一锅法，通过Pd(0)–Cu(I)协同催化的快速C–C偶联反应，将[11C]甲碘烷与锡前体结合，合成了PET示踪剂[11C]齐多夫定、[11C]司他夫定和[11C]替比夫定。经过HPLC纯化和放射性药物制剂处理后，得到的所需PET示踪剂具有高放射性（6.4–7.0 GBq）和高比活度（74–147 GBq/µmol），以及高化学纯度（>99%）和高放射化学纯度（>99.5%）。这种一锅法Pd(0)–Cu(I)协同催化快速C-[11C]甲基化反应同样适用于合成[甲基-11C]胸苷和[甲基-11C]4′-硫代胸苷，其放射性活度是之前两锅法所制备的两倍。我们还讨论了一锅法Pd(0)–Cu(I)协同催化快速C-[11C]甲基化反应的机制。
• Melanoma-targeted delivery system (part 2): Synthesis, radioiodination and biological evaluation in B16F0 bearing mice
  作者：Radhia El Aissi、Imen Miladi、Jean-Michel Chezal、Olivier Chavignon、Elisabeth Miot-Noirault、Emmanuel Moreau

  DOI：10.1016/j.ejmech.2016.05.019

  日期：2016.9

  Here we report the synthesis and radiolabelling with iodine-125 of a melanoma-selective prodrug (17a*) and its parent drug IUdR. The in vivo and ex vivo biodistributions of [125I](17a*) and [125I]IUdR were evaluated in a model of melanoma B16F0-bearing mice. The pharmacokinetic profile of [125I](17a*) suggests rapid release of the active drug [125I]IUdR after i.v. administration of [125I](17a*). Preliminary

  在这里，我们报告黑色素瘤选择性前药（17a *）及其母体药物IUdR的合成和放射性标记与碘125的关系。在带有黑素瘤B16F0的小鼠模型中评估了[ 125 I]（17a *）和[ 125 I] IUdR的体内和体外生物分布。[ 125 I]（17a *）的药代动力学特征表明，静脉内注射[ 125 I]（17a *）后，活性药物[ 125 I] IUdR迅速释放。在专用隔室（即血液，尿液和肿瘤）中进行的初步代谢研究得出了与该假设一致的结果。