5-(1-pyrenylethynyl)-2'-deoxyuridine | 194341-96-3

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 芘
• 英文名称: 5-(1-pyrenylethynyl)-2'-deoxyuridine
• 英文别名: 1-[(2R,4S,5R)-4-hydroxy-5-(hydroxymethyl)tetrahydrofuran-2-yl]-5-(2-pyren-1-ylethynyl)pyrimidine-2,4-dione；1-[(2R,4S,5R)-4-hydroxy-5-(hydroxymethyl)oxolan-2-yl]-5-(2-pyren-1-ylethynyl)pyrimidine-2,4-dione
• CAS: 194341-96-3
• 化学式: C₂₇H₂₀N₂O₅
• 分子量: 452.466
• InChiKey: SBUWMUFDYOCKMX-YTFSRNRJSA-N

物化性质

• 密度：
  1.54±0.1 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  3.6
• 重原子数：
  34
• 可旋转键数：
  4
• 环数：
  6.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.19
• 拓扑面积：
  99.1
• 氢给体数：
  3
• 氢受体数：
  5

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  5-(1-pyrenylethynyl)-2'-deoxyuridine 在 二异丙基铵盐四氮唑 作用下， 以 吡啶 、 乙腈 为溶剂， 反应 12.0h， 生成 3'-O-(diisopropylamino-2-cyanoethoxyphosphanyl)-5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-5-(1-pyrenylethynyl)-2'-deoxyuridine
  参考文献：
  名称：

  Synthesis and fluorescent properties of 5-(1-pyrenylethynyl)-2′-deoxyuridine-containing oligodeoxynucleotides

  摘要：

  DOI：

  10.1007/bf02758859
• 作为产物：
  描述：

  2-脱氧尿苷 在 copper(l) iodide 、 四(三苯基膦)钯 、 碘 、 silver nitrate 、 N,N-二异丙基乙胺 作用下， 以 甲醇 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 3.0h， 生成 5-(1-pyrenylethynyl)-2'-deoxyuridine
  参考文献：
  名称：

  多种大小的方法可将高度荧光的非天然核苷酸掺入并延伸到DNA中。

  摘要：

  我们准备了一系列大小不一的非天然核苷酸，它们均基于荧光（dApyrTP，dUpyrTP，dUantTP，dUthiTP）和淬灭（dUazoTP）单元，以及具有小的官能团（dAethTP，dAoctTP，dUethTP，dUiodTP）的核苷酸。脱氧腺苷和脱氧尿苷，并检查了它们在酶促掺入和扩展到DNA中的适用性。我们观察到引物延伸过程中掺入和延伸能力的大小依赖性（遵循dUiodTP = dUethTP = dUthiTP> dUazoTP> dUpyrTP> dUantTP的顺序）。该结果得到圆二色性（CD）光谱的支持，圆二色性光谱揭示了不同B型DNA结构的趋势，该结构取决于脱氧尿苷5位单元的大小（dUiodTP> dUethTP> dUthiTP> dUpyrTP）。从PCR产物。有趣的是，dUthiTP可以在引物延伸甚至PCR扩增过程中掺入并延伸到长DNA链中，CD光谱证实了稳定的二级B

  DOI：

  10.1016/j.bmc.2017.03.045

文献信息

• Direct incorporation and extension of a fluorescent nucleotide through rolling circle DNA amplification for the detection of microRNA 24-3P
  作者：Binh Huy Le、Young Jun Seo

  DOI：10.1016/j.bmcl.2018.04.058

  日期：2018.6

  could not. This dUthioTP fluorescent nucleotide could be used for the detection of miRNA 24-3P, which is related PRRSV. This direct labeling system during rolling circle DNA amplification exhibited an increased fluorescence signal showing gel formation for the detection of miRNA 24-3P. This direct labeling system is a very simple and cost-efficient method for the detection miRNA 24-3P and also exhibited

  我们从噻吩，蒽和pyr中设计并合成了几种大小不同的荧光核苷酸，并筛选了它们在DNA滚环扩增过程中的掺入和延伸能力。基于噻吩的荧光核苷酸（dUthioTP）可以高度整合并延伸到滚环DNA产品中，而其他荧光核苷酸（dUanthTP和dUpyrTP）则不能。该dUthioTP荧光核苷酸可用于检测与PRRSV相关的miRNA 24-3P。在滚环DNA扩增过程中，这种直接标记系统显示出增加的荧光信号，表明用于检测miRNA 24-3P的凝胶形成。
• Method for modifying a template double stranded polynucleotide using a MuA transposase
  申请人：Oxford Nanopore Technologies Ltd.

  公开号：US10570440B2

  公开（公告）日：2020-02-25

  The invention relates to a method for modifying a template double stranded polynucleotide, especially for characterisation using nanopore sequencing. The method produces from the template a plurality of modified double stranded polynucleotides. These modified polynucleotides can then be characterised.

  本发明涉及一种修饰模板双链多核苷酸的方法，特别是用于利用纳米孔测序进行表征。该方法可从模板中产生多个经修饰的双链多核苷酸。然后可以对这些修饰的多核苷酸进行表征。
• Sample preparation method
  申请人：Oxford Nanopore Technologies Ltd.

  公开号：US10669578B2

  公开（公告）日：2020-06-02

  The invention relates to an improved method for characterising a template polynucleotide. The method involves using a polymerase to prepare a modified polynucleotide which makes it easier to characterise than the template polynucleotide.

  本发明涉及一种表征模板多核苷酸的改进方法。该方法包括使用聚合酶制备修饰的多核苷酸，使其比模板多核苷酸更容易表征。
• Nanopore-based method and double stranded nucleic acid construct therefor
  申请人：Oxford Nanopore Technologies PLC

  公开号：US11390904B2

  公开（公告）日：2022-07-19

  The invention relates to a method for modifying a template double stranded polynucleotide, especially for characterisation using nanopore sequencing. The method produces from the template a plurality of modified double stranded polynucleotides. These modified polynucleotides can then be characterised.

  本发明涉及一种修饰模板双链多核苷酸的方法，特别是用于利用纳米孔测序进行表征。该方法可从模板中产生多个经修饰的双链多核苷酸。然后可以对这些修饰的多核苷酸进行表征。
• Method
  申请人：Oxford Nanopore Technologies PLC

  公开号：US11390910B2

  公开（公告）日：2022-07-19

  A method for determining the presence, absence or amount of two or more target polynucleotides in a sample comprising additional components, the method comprising: (i) contacting the sample with a panel of two or more probes under conditions suitable for hybridisation of the target polynucleotides to the probes, wherein: (a) each probe comprises a non-hybridisation region and a hybridisation region that specifically hybridises to one of the target polynucleotides to form a hybridised probe; and (b) the hybridisation region of a probe of the panel comprises one or more non-natural nucleotides; (ii) contacting the sample prepared in step (i) with a transmembrane pore through which a single stranded polynucleotide but not a double stranded polynucleotide can pass and applying a potential difference to the transmembrane pore such that the hybridised probes in the sample interact with the pore; (iii) measuring current blockades having a duration within a defined window, wherein: (a) the one or more non-natural nucleotides present in the hybridisation region of the probe increase or decrease the duration of the current blockade due to the probe hybridised to its target polynucleotide such that the proportion of current blockades that occur within the window due to the interaction of the hybridised probes with the pore is increased compared to when the corresponding one or more natural nucleotides are present in the hybridisation region; and (b) each hybridised probe gives rise to a current blockade indicative of that probe; and (iv) correlating the measured current blockades with the probes, thereby determining the presence, absence or amount of the two or more target polynucleotides in the sample.

  一种用于确定包含附加成分的样品中存在、不存在两种或多种目标多核苷酸或其数量的方法，该方法包括：(i) 在适合目标多核苷酸与探针杂交的条件下，将样品与两种或多种探针组成的小组接触，其中：(a) 每个探针包括一个非杂交区和一个杂交区，该杂交区与目标多核苷酸之一特异性杂交以形成杂交探针；以及 (b) 组合探针的杂交区包括一个或多个非天然核苷酸；(ii) 将步骤(i)中制备的样品与单链多核苷酸而非双链多核苷酸可以通过的跨膜孔隙接触，并对跨膜孔隙施加电位差，使样品中的杂交探针与孔隙相互作用； (iii) 测量在规定窗口内持续时间的电流阻断，其中：(a) 存在于探针杂交区域中的一个或多个非天然核苷酸增加或减少了探针与其目标多核苷酸杂交导致的电流阻断持续时间，从而与相应的一个或多个天然核苷酸存在于杂交区域中时相比，由于杂交探针与孔相互作用而在窗口内发生的电流阻断比例增加；(iv) 将测得的电流阻滞与探针相关联，从而确定样品中是否存在两种或多种目标多核苷酸或其数量。