(1R)-1-[(2,3,4-trideoxy-(5S,6R)-5-hydroxy-6-hydroxymethyl)-β-oxepinyl]thymine | 945534-06-5

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机杂环化合物 - 二嗪类
• 英文名称: (1R)-1-[(2,3,4-trideoxy-(5S,6R)-5-hydroxy-6-hydroxymethyl)-β-oxepinyl]thymine
• 英文别名: (1R)-1-[(2,3,4-trideoxy-(5S,6R)-5-hydroxy-7-hydroxymethyl)-β-oxepinyl]thymine
• CAS: 945534-06-5
• 化学式: C₁₂H₁₆N₂O₅
• 分子量: 268.269
• InChiKey: AFQRJMPMVDRFEW-IVZWLZJFSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -0.96
• 重原子数：
  19.0
• 可旋转键数：
  2.0
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.5
• 拓扑面积：
  104.55
• 氢给体数：
  3.0
• 氢受体数：
  6.0

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  (1R)-1-[(2,3,4-trideoxy-(5S,6R)-5-hydroxy-6-hydroxymethyl)-β-oxepinyl]thymine 在 palladium on activated charcoal 吡啶 、 氢气 作用下， 以 甲醇 为溶剂， 22.0 ℃ 、101.33 kPa 条件下， 反应 8.0h， 生成 (1R)-1-[(2,3,4-trideoxy-(5S,6R)-5-hydroxy-7-[4-(methoxyphenyl)diphenyl])-β-oxepanyl]thymine
  参考文献：
  名称：

  环氧乙烷核酸：带有七元碳水化合物环的寡核苷酸的合成、表征和性质

  摘要：

  描述了氧杂环庚烷核酸 (ONA) 的合成和特性。ONA 是糖磷酸低聚物，其中 DNA 和 RNA 的呋喃戊糖环被七元（氧杂环庚烷）糖环取代。氧杂环庚烷核苷单体是通过环丙烷化糖醛 1 的扩环反应制备的，它们转化为亚磷酰胺衍生物允许在固体支持物上有效组装 ONA。在 37 摄氏度下孵育 24 小时后，在胎牛血清 (FBS) 中发现 ONA（oT15 和 oA15）比天然 DNA（dT15 和 dA15）对核酸酶降解的抵抗力更强。天然存在的 DNA。例如，oT15 与互补 RNA 交叉配对，形成双链体 (oT15/rA15)，其通过 CD 光谱评估的构象与天然 DNA/RNA 杂交体 (dT15/rA15) 非常接近。此外，发现 oT15 会引发大肠杆菌 RNase H 介导的 rA15 链降解。当我们比较 5-（呋喃糖，dT15）、6-（2'-烯吡喃糖，pT18）和 7 元（氧杂环庚烷，oT1

  DOI：

  10.1021/ja071336c
• 作为产物：
  描述：

  胸腺嘧啶 在 硫酸氢铵 、 三氟甲磺酸三甲基硅酯 、 四丁基氟化铵 作用下， 以 四氢呋喃 、 乙腈 为溶剂， 反应 1.0h， 生成 (1R)-1-[(2,3,4-trideoxy-(5S,6R)-5-hydroxy-6-hydroxymethyl)-β-oxepinyl]thymine
  参考文献：
  名称：

  环氧乙烷核酸：带有七元碳水化合物环的寡核苷酸的合成、表征和性质

  摘要：

  描述了氧杂环庚烷核酸 (ONA) 的合成和特性。ONA 是糖磷酸低聚物，其中 DNA 和 RNA 的呋喃戊糖环被七元（氧杂环庚烷）糖环取代。氧杂环庚烷核苷单体是通过环丙烷化糖醛 1 的扩环反应制备的，它们转化为亚磷酰胺衍生物允许在固体支持物上有效组装 ONA。在 37 摄氏度下孵育 24 小时后，在胎牛血清 (FBS) 中发现 ONA（oT15 和 oA15）比天然 DNA（dT15 和 dA15）对核酸酶降解的抵抗力更强。天然存在的 DNA。例如，oT15 与互补 RNA 交叉配对，形成双链体 (oT15/rA15)，其通过 CD 光谱评估的构象与天然 DNA/RNA 杂交体 (dT15/rA15) 非常接近。此外，发现 oT15 会引发大肠杆菌 RNase H 介导的 rA15 链降解。当我们比较 5-（呋喃糖，dT15）、6-（2'-烯吡喃糖，pT18）和 7 元（氧杂环庚烷，oT1

  DOI：

  10.1021/ja071336c

文献信息

• Nucleoside Analogues with a Seven-Membered Sugar Ring: Synthesis and Structural Compatibility in DNA–RNA Hybrids
  作者：Sunit Kumar Jana、S. Harikrishna、Sruthi Sudhakar、Roberto El-Khoury、P.I. Pradeepkumar、Masad J. Damha

  DOI：10.1021/acs.joc.1c02254

  日期：2022.3.4

  various structural features responsible for the tolerance of both OxT modifications in DNA–RNA duplexes, such as base–base stacking and sugar–phosphate H-bond interactions. These studies suggest that oxepane nucleotide analogues may find applications in synthetic biology, where synthetic oligonucleotides can be used to create new tools for biotechnology and medicine.

  在这里，我们描述了合成 DNA 和 RNA 寡核苷酸的配对特性，这些寡核苷酸包含具有 7 元糖环的核苷酸类似物（氧杂环丁烷核苷酸）。具体来说，我们描述了一组三个氧杂环丁烷胸腺嘧啶核苷 (OxT) 的立体选择性合成、它们向亚磷酰胺衍生物的转化以及它们在固相合成中用于产生嵌合 OxT-DNA 和 OxT-RNA 链的用途。当氧杂环丁烷核苷酸掺入 dsDNA、dsRNA 和 DNA-RNA 杂合体中时，不同的区域异构 OxT 亚磷酰胺允许磷酸盐桥的位置变化和双链稳定性评估。当三个区域异构 OxT 单元中的两个结合到 DNA-RNA 杂合体的 DNA 链中时，几乎没有观察到不稳定，考虑到与 2'-脱氧核苷相比，氧杂环丁烷的结构显着不同，这是一个显着的结果。广泛的分子建模和动力学研究进一步揭示了导致 DNA-RNA 双链体中两种 OxT 修饰耐受的各种结构特征，例如碱基-碱基堆积和糖-磷酸氢键相互作
• WO2008/25160
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