3’-deoxy-2’,3’-didehydrothymidine 5’-diphosphate

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘧啶核苷酸
• 英文名称: 3’-deoxy-2’,3’-didehydrothymidine 5’-diphosphate
• 英文别名: 2',3'-didehydro-2',3'-dideoxythymidine-5'-diphosphate；2',3'-didehydro-2',3'-dideoxythymidine diphosphate；2',3'-dideoxy-2',3'-didehydrothymidine diphosphate；2',3'-dehydro-2',3'-deoxythymidine 5'-diphosphate；2',3'-didehydro-3'-deoxythymidine-5'-diphosphate；d4TDP；2',3'-Dehydro-2',3'-deoxy-thymidine 5'-diphosphate；[(2S,5R)-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)-2,5-dihydrofuran-2-yl]methyl phosphono hydrogen phosphate
• 化学式: C₁₀H₁₄N₂O₁₀P₂
• 分子量: 384.176
• InChiKey: LXCAIISEDMYORY-JGVFFNPUSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -3
• 重原子数：
  24
• 可旋转键数：
  6
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.4
• 拓扑面积：
  172
• 氢给体数：
  4
• 氢受体数：
  10

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  、 3’-deoxy-2’,3’-didehydrothymidine 5’-diphosphate 在 N-乙基吗啉 、 zinc(II) chloride 作用下， 反应 60.0h， 生成 bis(3’-deoxy-2’,3’-didehydrothymidine) 5’,5’’-P¹,P³-triphosphate
  参考文献：
  名称：

  作为链终止剂的 d4T 聚磷酸盐衍生物的合成和体外酶促和抗病毒评估

  摘要：

  一系列 d4T 二磷酸或三磷酸衍生物已被合成并评估为 HIV-1 RT 的有效底物，并且还测试了它们的体外抗 HIV 活性。HIV-1 RT 在酶促掺入测定中对化合物 1-4 的稳态动力学研究遵循 MichaelisMenten 曲线。此外，化合物 2-4 能够在 MT-4 细胞以及 CEM/0 细胞和 CEM/TK-细胞中抑制 HIV-1 复制的程度与 d4T 和 d4TMP 相同。数据表明，这些 d4T 多磷酸衍生物在发挥其抗病毒活性之前被水解为 d4T 并重新磷酸化为 d4TTP。

  DOI：

  10.1002/cbdv.201200250
• 作为产物：
  描述：

  3'-deoxy-2',3'-didehydro-5'-O-dihydroxyphosphoryl thymidine 在 Mycobacterium tuberculosis 、 5’-三磷酸腺苷 作用下， 生成 3’-deoxy-2’,3’-didehydrothymidine 5’-diphosphate
  参考文献：
  名称：

  胸苷和胸苷5'-O-单磷酸酯类似物可作为结核分枝杆菌胸苷酸激酶的抑制剂。

  摘要：

  评估了一系列2'，3'-和5-修饰的胸苷类似物对结核分枝杆菌胸苷单磷酸激酶（TMPKmt）的亲和力。几种非磷酸化类似物的亲和力与其磷酸化同类物的亲和力处于相同的数量级。考虑到与磷酸化化合物有关的药物传递问题，这些“游离”核苷似乎在寻找TMPKmt抑制剂作为新型抗结核药方面更具前景。

  DOI：

  10.1016/s0960-894x(03)00643-7

文献信息

• Intracellular Trapping of <i>cyclo</i>Sal-Pronucleotides: Modification of Prodrugs with Amino Acid Esters
  作者：Henning J. Jessen、Jan Balzarini、Chris Meier

  DOI：10.1021/jm800815b

  日期：2008.10.23

  A new class of d4TMP- cycloSal-pronucleotides bearing enzymatically cleavable amino acid esters is reported. These compounds are designed to trap the pronucleotide inside the cell by a fast conversion of a nonpolar ester group into a charged carboxylate. This should prevent efficient diffusion equilibrium across the cell membrane to the extracellular environment, leading to an intracellular accumulation

  报道了新型的带有酶可裂解的氨基酸酯的d4TMP-cycloSal-前核苷酸。这些化合物被设计为通过将非极性酯基团快速转变为带电荷的羧酸盐而将原核苷酸捕获在细胞内。这应防止跨细胞膜到细胞外环境的有效扩散平衡，导致化合物在细胞内的积累。该初始转化之后是核苷单磷酸酯（即d4TMP）的缓慢释放。该概念已通过在磷酸盐缓冲液，细胞提取物和人血清中的水解研究得到证明。这些研究表明，某些氨基酸酯修饰对细胞提取物转化的敏感性很高，从而导致带电荷的中间体快速释放，而在磷酸盐缓冲液中没有发现该修饰的切割。此外，还提出了针对艾滋病毒的抗病毒活性。
• Enzymatic Synthesis of Bis(5′-Nucleosidyl) Tetra- and Triphosphates
  作者：A. Yu. Skoblov、M. V. Yas'ko、A. M. Murabuldaev、M. K. Kukhanova、Yu. S. Skoblov

  DOI：10.1007/s11171-005-0077-6

  日期：2005.11

  The total fraction of aminoacyl-tRNA synthases from Escherichia coli has been shown to catalyze the synthesis of the bis(5'-nucleosidyl) oligophosphates Ap4AZT, Ap4d4T, Ap43TC, and Ap4ACV, as well as Ap3AZT and Ap3d4T, from [alpha-32P]ATP and the corresponding nucleoside-5'-tri(or di)phosphate. The resulting compounds, characterized by HPLC, are resistant to alkaline phosphatase. Ap4AZT, Ap4d4T, and

  已显示，来自大肠杆菌的氨酰基-tRNA合成酶的总级分催化由（alpha-32P）合成双（5'-核苷）低聚磷酸盐Ap4AZT，Ap4d4T，Ap43TC和Ap4ACV，以及Ap3AZT和Ap3d4T。 ATP和相应的5'-三（或二）磷酸核苷。通过HPLC表征的所得化合物对碱性磷酸酶具有抗性。Ap4AZT，Ap4d4T和Ap43TC的形成效率大致相等，而Ap4ACV，Ap3AZT和Ap3d4T的合成效率要低三到五倍。该论文的英文版：Russian Journal of Bioorganic Chemistry，2005年，第1卷。31号 6; 另请参见http://www.maik.ru。
• Thymidine and thymidine-5′-O-monophosphate analogues as inhibitors of Mycobacterium tuberculosis thymidylate kinase
  作者：Veerle Vanheusden、Philippe Van Rompaey、Hélène Munier-Lehmann、Sylvie Pochet、Piet Herdewijn、Serge Van Calenbergh

  DOI：10.1016/s0960-894x(03)00643-7

  日期：2003.9

  The affinity of a series of 2', 3'- and 5-modified thymidine analogues for Mycobacterium tuberculosis thymidine monophosphate kinase (TMPKmt) was evaluated. The affinities of several non-phosphorylated analogues are in the same order of magnitude as those of their phosphorylated congeners. In view of drug delivery problems associated with phosphorylated compounds, these 'free' nucleosides seem more

  评估了一系列2'，3'-和5-修饰的胸苷类似物对结核分枝杆菌胸苷单磷酸激酶（TMPKmt）的亲和力。几种非磷酸化类似物的亲和力与其磷酸化同类物的亲和力处于相同的数量级。考虑到与磷酸化化合物有关的药物传递问题，这些“游离”核苷似乎在寻找TMPKmt抑制剂作为新型抗结核药方面更具前景。
• Synthesis, and <i>in vitro</i> Enzymatic and Antiviral Evaluation of d4T Polyphosphate Derivatives as Chain Terminators
  作者：Shiqiong Yang、Christophe Pannecouque、Piet Herdewijn

  DOI：10.1002/cbdv.201200250

  日期：2012.10

  series of d4T di‐ or triphosphate derivatives have been synthesized and evaluated as effective substrates for HIV‐1 RT, and also tested for their in vitro anti‐HIV activity. The steady‐state kinetic study of compounds 1–4 in an enzymatic incorporation assay by HIV‐1 RT follows MichaelisMenten profile. In addition, compounds 2–4 are able to inhibit HIV‐1 replication to the same extent as d4T and d4TMP

  一系列 d4T 二磷酸或三磷酸衍生物已被合成并评估为 HIV-1 RT 的有效底物，并且还测试了它们的体外抗 HIV 活性。HIV-1 RT 在酶促掺入测定中对化合物 1-4 的稳态动力学研究遵循 MichaelisMenten 曲线。此外，化合物 2-4 能够在 MT-4 细胞以及 CEM/0 细胞和 CEM/TK-细胞中抑制 HIV-1 复制的程度与 d4T 和 d4TMP 相同。数据表明，这些 d4T 多磷酸衍生物在发挥其抗病毒活性之前被水解为 d4T 并重新磷酸化为 d4TTP。