3',5'-BIS-O-(T-丁基二甲基硅烷)-O4-(2,4,6-TRI异丙基苯基SULFONYL)胸苷 | 114021-22-6

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘧啶核苷
• 中文名称: 3',5'-BIS-O-(T-丁基二甲基硅烷)-O4-(2,4,6-TRI异丙基苯基SULFONYL)胸苷
• 英文名称: 3',5'-Bis-O-(tert-butyldimethylsilyl)-4-O-<(2,4,6-triisopropylphenyl)sulfonyl>thymidine
• 英文别名: 4-O-triisopropylphenylsulfonyl di-(t-butyldimethylsilyl) thymidine；3',5'-bis-O-(tert-butyldimethylsilyl)-4-O-[(2,4,6-triisopropylbenzene)sulfonyl]thymidine；[1-[(2R,4S,5R)-4-[Tert-butyl(dimethyl)silyl]oxy-5-[[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxymethyl]oxolan-2-yl]-5-methyl-2-oxopyrimidin-4-yl] 2,4,6-tri(propan-2-yl)benzenesulfonate
• CAS: 114021-22-6
• 化学式: C₃₇H₆₄N₂O₇SSi₂
• 分子量: 737.161
• InChiKey: ZZMOJCPJGSXIEK-DCMFLLSESA-N

物化性质

• 沸点：
  666.7±65.0 °C(Predicted)
• 密度：
  1.09±0.1 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  9.39
• 重原子数：
  49
• 可旋转键数：
  14
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.73
• 拓扑面积：
  112
• 氢给体数：
  0
• 氢受体数：
  7

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  3',5'-BIS-O-(T-丁基二甲基硅烷)-O4-(2,4,6-TRI异丙基苯基SULFONYL)胸苷 在 四(三苯基膦)钯 、 茴香硫醚 、 四丁基氟化铵 、 potassium carbonate 、 N,N-二异丙基乙胺 、 lithium bromide 作用下， 以 四氢呋喃 、 1,4-二氧六环 、 二氯甲烷 、 水 、 乙腈 为溶剂， 生成 1-((2R,4S,5R)-5-((bis(4-methoxyphenyl)(phenyl)methoxy)methyl)-4-hydroxytetrahydrofuran-2-yl)-5-methyl-4-(2-(octylthio)ethyl)pyrimidin-2(1H)-one
  参考文献：
  名称：

  4-乙烯基取代的嘧啶核苷表现出与 RNA 和双链 DNA 有效且选择性地形成链间交联

  摘要：

  核酸中链间交联的形成会对核酸的生物学功能产生强烈影响；因此，已经开发了许多用于生物应用的交联剂。尽管进行了大量研究，但仍然需要兼具效率和选择性的交联剂。在这项研究中，胸苷的 4-乙烯基取代类似物（T-乙烯基衍生物）被设计为一种新的交联剂，其中乙烯基朝向 Watson-Crick 面，与腺嘌呤碱基。链间交联与 T-乙烯基衍生物相对位点的 RNA 底物上的尿苷快速且选择性地形成。在改变 RNA 底物的侧翼碱基时对交联形成的详细分析表明，链间交联形成优先于相对尿苷 5' 侧的腺嘌呤碱基。在没有 5'-腺嘌呤的情况下，相反位置的尿苷发生交联。结合 T-乙烯基衍生物的寡脱氧核苷酸探针有效地在平行型三链 DNA 中形成链间交联，对高嘌呤链中的 dA 具有高选择性。T-乙烯基衍生物的效率和选择性说明了其在生物和材料研究中作为独特工具的潜在用途。结合 T-乙烯基衍生物的寡脱氧核苷酸探针有效地在平行型三链 DNA

  DOI：

  10.1093/nar/gkt197
• 作为产物：
  描述：

  3,5-双-o-(t-丁基二甲基甲硅烷基)胸腺嘧啶脱氧核苷 生成 3',5'-BIS-O-(T-丁基二甲基硅烷)-O4-(2,4,6-TRI异丙基苯基SULFONYL)胸苷
  参考文献：
  名称：

  BISCHOFBERGER, NORBERT, TETRAHEDRON LETT., 28,(1987) N 25, 2821-2824

  摘要：

  DOI：

文献信息

• Quantification of the Sixth DNA Base Hydroxymethylcytosine in the Brain
  作者：Martin Münzel、Daniel Globisch、Tobias Brückl、Mirko Wagner、Veronika Welzmiller、Stylianos Michalakis、Markus Müller、Martin Biel、Thomas Carell

  DOI：10.1002/anie.201002033

  日期：——

  allowed the amount of the post‐replicatively formed DNA base 5‐hydroxymethylcytosine (see picture; left) to be quantified in brain tissue. The nucleoside is most abundant in areas that are associated with higher cognitive functions, and its content in mouse hippocampi seems to increase with age. The new method enables hydroxymethylcytosine to be quantified with unprecedented accuracy.

  注意事项：LC-MS允许在脑组织中量化复制后形成的DNA碱基5-羟甲基胞嘧啶的量（参见图片；左图）。核苷在与更高的认知功能相关的区域中含量最高，并且其在小鼠海马中的含量似乎随着年龄的增长而增加。新方法使羟甲基胞嘧啶的定量达到前所未有的准确性。
• A General Route to 4-C-Substituted Pyrimidine Nucleosides
  作者：Thomas Carell、Ulrich Hennecke、David Kuch

  DOI：10.1055/s-2007-965935

  日期：2007.3

  Palladium-catalyzed cross-coupling reactions of tin and zinc nucleophiles with arylsulfonates of pyrimidine nucleosides have been achieved to give a wide range of 4-C-substituted pyrimidine nucleosides. This method also allows the construction of pyrimidine-pyrimidinone dinucleosides, containing the carbon skeleton of the (6-4) DNA photo lesion.

  在钯催化下，锡和锌亲核物与嘧啶核苷的芳基磺酸盐发生了交叉偶联反应，生成了多种 4-C 取代的嘧啶核苷。这种方法还可以构建含有 (6-4) DNA 光变碳骨架的嘧啶-嘧啶酮二核苷。
• Addition of Grignard Reagents to 4-O-TPS pyrimidine Nucleosides: Synthesis of 6-substituted 5,6-dihydropyrimidine nucleoside derivatives
  作者：Norbert Bischofberger

  DOI：10.1016/s0040-4039(00)99536-4

  日期：1989.1

  chloride and acetylides were found to add to 4-O-triisopropylphenylsulphonyl (TPS) uridine and thymidine derivatives at the 6-position leading to 6-substituted-3,6-dihydro-4-O-TPS pyrimidine nucleosides. Reaction with phenyl magnesium chloride resulted in addition at both the 6- and the 4-positions.

  发现甲基氯化镁，乙烯基氯化镁和乙炔化物在6位上加到4-O-三异丙基苯基磺酰基（TPS）尿苷和胸苷衍生物中，从而生成6-取代的3,6-3,6-二氢-4-O-TPS嘧啶核苷。与苯基氯化镁的反应导致在6-位和4-位均加成。
• Recognition of 8-Oxo-2′-deoxyguanosine in DNA Using the Triphosphate of 2′-Deoxycytidine Connecting the 1,3-Diazaphenoxazine Unit, dCdapTP
  作者：Takato Sakurada、Yuta Chikada、Ryo Miyahara、Yosuke Taniguchi

  DOI：10.3390/molecules29102270

  日期：——

  attempted to develop a novel method to detect oxodG in DNA using artificial nucleosides. Recently, we have succeeded in the recognition of oxodG in DNA by a single nucleotide elongation reaction using nucleoside derivatives based on a purine skeleton with a 1,3-diazaphenoxazine unit. In this study, we developed a new nucleoside derivative with a pyrimidine skeleton in order to further improve the recognition

  DNA不断受到各种外部和内部因素的损害。特别是，氧化损伤发生在稳态下，8-氧代-2'-脱氧鸟苷（oxodG）被认为是主要的氧化损伤。 OxodG 是一种强基因毒性核苷，被认为参与癌症和神经系统疾病的发病机制。然而，尚未开发出检测 oxodG 在 DNA 中位置的突破性方法。因此，我们尝试开发一种使用人工核苷检测DNA中oxodG的新方法。最近，我们使用基于带有1,3-二氮杂吩恶嗪单元的嘌呤骨架的核苷衍生物，通过单核苷酸延伸反应成功地识别了DNA中的oxodG。在本研究中，我们开发了一种具有嘧啶骨架的新型核苷衍生物，以进一步提高识别能力和酶促反应效率。因此，我们设计并合成了2'-脱氧胞苷-1,3-二氮杂吩恶嗪（Cdap）及其三磷酸衍生物。结果表明，相对于dG模板，它由于其胞苷骨架而被掺入引物链中，但在oxodG模板的互补位置更有效。这些结果表明新的核苷衍生物可以被认为是检测DNA中oxodG的新候选者之一。
• Synthesis of 4-C substituted pyrimidine nucleosides
  作者：Norbert Bischofberger

  DOI：10.1016/s0040-4039(00)96218-x

  日期：1987.1