N-芴甲氧羰基乙二胺基乙酸丙烯酯盐酸盐 | 406683-69-0

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 芴
• 中文名称: N-芴甲氧羰基乙二胺基乙酸丙烯酯盐酸盐
• 英文名称: N-(2-(Fluorenylmethoxycarbonylamino)ethyl)glycine allyl ester
• 英文别名: allyl N-[2-((fluorenylmethoxycarbonyl)amino)ethyl]glycinate；prop-2-en-1-yl 2-{[2-({[(9H-fluoren-9-yl)methoxy]carbonyl}amino)ethyl]amino}acetate；Allyl 2-((2-((((9H-fluoren-9-yl)methoxy)carbonyl)amino)ethyl)amino)acetate；prop-2-enyl 2-[2-(9H-fluoren-9-ylmethoxycarbonylamino)ethylamino]acetate
• CAS: 406683-69-0
• 化学式: C₂₂H₂₄N₂O₄
• 分子量: 380.444
• InChiKey: DJKAWYLXAYJHDC-UHFFFAOYSA-N

物化性质

• 沸点：
  572.1±45.0 °C(Predicted)
• 密度：
  1.184±0.06 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  3.2
• 重原子数：
  28
• 可旋转键数：
  11
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.27
• 拓扑面积：
  76.7
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  5

上下游信息

• 上游原料

  中文名称	英文名称	CAS号	化学式	分子量
  ——	tert-butyl N-(2-{[(9H-fluoren-9-ylmethoxy)carbonyl]amino}ethyl)glycinate	169396-89-8	C23H28N2O4	396.486
  N-[n'-Fmoc-(2'-氨基乙基)]甘氨酸	9-fluorenylmethoxycarbonyl-N-(2-aminoethyl)glycine	172405-45-7	C19H20N2O4	340.379
  9-芴甲基-N-琥珀酰亚胺基碳酸酯	N-(9H-fluoren-2-ylmethoxycarbonyloxy)succinimide	82911-69-1	C19H15NO5	337.332

• 下游产品

  中文名称	英文名称	CAS号	化学式	分子量
  ——	N-(2-((((9H-fluoren-9-yl)methoxy)carbonyl)amino)ethyl)-N-(2-(6-((tert-butoxycarbonyl)amino)pyridin-3-yl)acetyl)glycine	1417611-27-8	C31H34N4O7	574.634

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  N-芴甲氧羰基乙二胺基乙酸丙烯酯盐酸盐 在 四(三苯基膦)钯 1-羟基苯并三唑 、 N,N'-二环己基碳二亚胺 、 N-甲基苯胺 作用下， 以 四氢呋喃 、 二氯甲烷 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 34.0h， 生成 N-[2-(Fluorenylmethoxycarbonylamino)ethyl]-N-[N⁶-((1-(tert-butyloxycarbonylamino)but-4-yl)adenine-9-yl)acetyl]glycine
  参考文献：
  名称：

  用于在溶液中和固相上将荧光报告基团连接至肽核酸的聚合策略。

  摘要：

  肽核酸（PNA）与荧光报告基团的位点选择性缀合对于构建可报告特定DNA序列存在的杂交探针至关重要。本文介绍了收敛方法，用于固相合成多标记的PNA低聚物。受保护的PNA的固相合成使得荧光标记能够选择性地附着在C末端（DNA中的3'），这表明进一步操作受保护的PNA片段是可行的。为了与内部位点缀合，引入了一种方法，该方法允许在树脂上组装改性单体，从而无需在溶液中合成整个单体。此外，结果表明，将高度正交的保护基策略与化学选择性缀合反应结合使用，可以快速，自动地进行固相合成双标记PNA探针。通过利用适当附加的荧光团之间的荧光共振能量转移（FRET），可以实时测量核酸杂交。与基于DNA的分子信标类似，双重标记的PNA探针仅在单链状态下发出弱荧光。然而，与互补寡核苷酸的杂交诱导了结构重组并赋予了生动的荧光增强。通过利用适当附加的荧光团之间的荧光共振能量转移（FRET），可以实时测量核酸杂交。类似于基于

  DOI：

  10.1002/1521-3765(20010917)7:18<3911::aid-chem3911>3.0.co;2-1
• 作为产物：
  描述：

  tert-butyl N-(2-{[(9H-fluoren-9-ylmethoxy)carbonyl]amino}ethyl)glycinate 在 氯化亚砜 、 三氟乙酸 作用下， 反应 1.5h， 生成 N-芴甲氧羰基乙二胺基乙酸丙烯酯盐酸盐
  参考文献：
  名称：

  用于在溶液中和固相上将荧光报告基团连接至肽核酸的聚合策略。

  摘要：

  肽核酸（PNA）与荧光报告基团的位点选择性缀合对于构建可报告特定DNA序列存在的杂交探针至关重要。本文介绍了收敛方法，用于固相合成多标记的PNA低聚物。受保护的PNA的固相合成使得荧光标记能够选择性地附着在C末端（DNA中的3'），这表明进一步操作受保护的PNA片段是可行的。为了与内部位点缀合，引入了一种方法，该方法允许在树脂上组装改性单体，从而无需在溶液中合成整个单体。此外，结果表明，将高度正交的保护基策略与化学选择性缀合反应结合使用，可以快速，自动地进行固相合成双标记PNA探针。通过利用适当附加的荧光团之间的荧光共振能量转移（FRET），可以实时测量核酸杂交。与基于DNA的分子信标类似，双重标记的PNA探针仅在单链状态下发出弱荧光。然而，与互补寡核苷酸的杂交诱导了结构重组并赋予了生动的荧光增强。通过利用适当附加的荧光团之间的荧光共振能量转移（FRET），可以实时测量核酸杂交。类似于基于

  DOI：

  10.1002/1521-3765(20010917)7:18<3911::aid-chem3911>3.0.co;2-1

文献信息

• Synthesis and RNA-Binding Properties of Extended Nucleobases for Triplex-Forming Peptide Nucleic Acids
  作者：Ilze Kumpina、Nikita Brodyagin、James A. MacKay、Scott D. Kennedy、Martins Katkevics、Eriks Rozners

  DOI：10.1021/acs.joc.9b01133

  日期：2019.11.1

  Triple-helix formation, using Hoogsteen hydrogen bonding of triplex-forming oligonucleotides, represents an attractive method for sequence-specific recognition of double-stranded nucleic acids. However, practical applications using triple-helix-forming oligonucleotides and their analogues are limited to long homopurine sequences. The key problem for recognition of pyrimidines is that they present only

  使用三链形成寡核苷酸的Hoogsteen氢键形成三螺旋，代表了一种有吸引力的方法，用于对双链核酸进行序列特异性识别。然而，使用形成三螺旋的寡核苷酸及其类似物的实际应用限于长的高嘌呤序列。识别嘧啶的关键问题是，它们在大沟中仅存在一个氢键受体或供体基团。本文中，我们报告了我们的首次尝试，通过使用经扩展核碱基修饰的肽核酸（PNA）来解决此问题，该核碱基沿Watson-Crick碱基对的整个Hoogsteen边缘形成三个氢键。设计了新的核碱基三元组（五个），并通过从头算来证实了它们的氢键可行性。合成携带修饰的核碱基的PNA单体，并将其掺入短模型PNA序列中。等温滴定量热法显示这些核碱基对其双链RNA（dsRNA）靶标具有适度的结合亲和力。最后，在PNA-dsRNA螺旋中修饰的三元组的分子模型表明适度的结合亲和力是由与理想氢键排列的细微结构偏差或延伸的核碱基支架的π堆积破坏引起的。
• A Convenient Route to <i>N</i>-[2-(Fmoc)aminoethyl]glycine Esters and PNA Oligomerization Using a Bis-<i>N</i>-Boc Nucleobase Protecting Group Strategy
  作者：Filip Wojciechowski、Robert H. E. Hudson

  DOI：10.1021/jo800195j

  日期：2008.5.1

  A simple and practical synthesis of the benzyl, allyl, and 4-nitrobenzyl esters of N-[2-(Fmoc)aminoethyl]glycine is described starting from the known N-(2-aminoethyl)glycine. These esters are stored as stable hydrochloride salts and were used in the synthesis of peptide nucleic acid monomers possessing bis-N-Boc-protected nucleobase moieties on the exocyclic amino groups of ethyl cytosin-1-ylacetate

  描述了从已知的N-（2-氨基乙基）甘氨酸开始的N- [2-（Fmoc）氨基乙基]甘氨酸的苄基，烯丙基和4-硝基苄基酯的简单而实用的合成。这些酯以稳定的盐酸盐形式储存，用于合成在胞嘧啶-1-基乙酸乙酯，腺嘌呤-9-乙酸乙酯和乙酯的环外氨基上具有双-N -Boc保护的核碱基部分的肽核酸单体（O 6-苄基鸟嘌呤-9-基）乙酸盐。酯水解后，将相应的核碱基乙酸与N- [2-（Fmoc）氨基乙基]甘氨酸苄基酯或N- [2-（Fmoc）氨基乙基]甘氨酸烯丙基酯偶联，以保留N- [2-（Fmoc）氨基乙基]甘氨酸烯丙基酯。鸟嘌呤的O 6苄基醚保护基。Fmoc /双-N -Boc保护的单体已成功用于混合序列10-mer PNA低聚物的Fmoc介导的固相肽合成，并被证明是目前使用最广泛的Fmoc / Bhoc-保护的肽核酸单体。
• 一种N-芴甲氧羰基乙二胺基乙酸丙烯酯盐酸盐的合成方法
  申请人：南京法恩化学有限公司

  公开号：CN108358816A

  公开（公告）日：2018-08-03

  本发明公开了一种N‑芴甲氧羰基乙二胺基乙酸丙烯酯盐酸盐的合成方法，具体涉及以氯乙酸，乙二胺，丙烯醇，THF，Fmoc‑osu,N‑甲基吗啉，乙酸乙酯，异丙醇、甲基叔丁基醚为原料，经氨化反应、成盐、酯化反应和Fmoc保护四步反应，本发明提供的一种N‑芴甲氧羰基乙二胺基乙酸丙烯酯盐酸盐的合成方法是一种高收率、低成本、后处理方便、产品纯度高、适宜工业化的合成方法。
• 2‐Methoxypyridine as a Thymidine Mimic in Watson–Crick Base Pairs of DNA and PNA: Synthesis, Thermal Stability, and NMR Structural Studies
  作者：Irina Novosjolova、Scott D. Kennedy、Eriks Rozners

  DOI：10.1002/cbic.201700400

  日期：2017.11.2

  A positive contribution: Thermodynamic and NMR structural studies show that 2‐aminopyridine forms a protonated base pair with adenosine at pH 4.3. The work demonstrates the feasibility of using cationic unnatural base pairs for molecular recognition in fundamental research and practical applications.

  积极贡献：热力学和NMR结构研究表明2-氨基吡啶在pH 4.3下与腺苷形成质子化碱基对。这项工作证明了在基础研究和实际应用中使用阳离子非天然碱基对进行分子识别的可行性。
• Synthetic, Structural, and RNA Binding Studies on 2‐Aminopyridine‐Modified Triplex‐Forming Peptide Nucleic Acids
  作者：Venubabu Kotikam、Scott D. Kennedy、James A. MacKay、Eriks Rozners

  DOI：10.1002/chem.201806293

  日期：2019.3.21

  interest in fundamental science and the pharmaceutical industry. The goal of this study was to improve the RNA binding properties of triplex‐forming peptide nucleic acids (PNAs) by further increasing the pKa of 2‐aminopyridine (M). Protonation of M was the key for enabling triplex formation at physiological pH in earlier studies. Substitution on M by an electron‐donating 4‐methoxy substituent resulted in

  新的结合RNA的配体的开发引起了基础科学和制药行业的日益增长的兴趣。这项研究的目的是通过进一步增加2-氨基吡啶（M）的p K a来改善三链体形成肽核酸（PNA）的RNA结合特性。M的质子化是在早期研究中能够在生理pH下形成三链体的关键。上的取代中号通过供电子-4-甲氧基取代基导致的三缸PNA-dsRNA的轻微不稳定，出乎预期的稳定化由于更有利的质子化。为了解释这一出乎意料的结果，在M上进行了首次NMR结构研究改良的PNA-dsRNA三链体，结合计算模型，发现M的4-甲氧基与将相邻核碱基连接到PNA主链的羰基氧之间的空间和静电排斥作用不佳。结构研究还提供了氢键相互作用的见解，氢键相互作用可能是PNA的高亲和力和异常的RNA结合偏好的原因。