tert-butyl-N-[(1R,3S,4R)-3-benzyloxy-4-(benzyloxymethyl)-cyclopentyl]carbamate | 1177260-52-4

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 苯和取代衍生物
• 英文名称: tert-butyl-N-[(1R,3S,4R)-3-benzyloxy-4-(benzyloxymethyl)-cyclopentyl]carbamate
• 英文别名: tert-butyl N-[(1R,3S,4R)-3-phenylmethoxy-4-(phenylmethoxymethyl)cyclopentyl]carbamate
• CAS: 1177260-52-4
• 化学式: C₂₅H₃₃NO₄
• 分子量: 411.541
• InChiKey: OZVJXHBFXUDCBV-ZLNRFVROSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  4.5
• 重原子数：
  30
• 可旋转键数：
  10
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.48
• 拓扑面积：
  56.8
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  4

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  tert-butyl-N-[(1R,3S,4R)-3-benzyloxy-4-(benzyloxymethyl)-cyclopentyl]carbamate 在 三氟乙酸 作用下， 以 二氯甲烷 为溶剂， 反应 1.0h， 生成 (1R, 3S, 4R)-1-amino-3-benzyloxy-4-(benzyloxymethyl)cyclopentane
  参考文献：
  名称：

  用水解稳定的碳环5-Aza-2'-脱氧胞苷影响表观遗传信息。

  摘要：

  5-Aza-2'-脱氧胞苷（AzadC）在临床上是一种抗代谢物，可降低表观遗传修饰5-甲基-2'-脱氧胞苷（mdC）的水平。AzadC被掺入到增殖细胞的基因组中，在那里它抑制DNA甲基转移酶（DNMT），导致mdC减少​​。mdC丢失，mdC是基因上游启动子区域的转录沉默子，导致相应基因（包括抑癌基因）的重新激活，从而产生有益的作用。与AzadC相关的问题是该化合物水解不稳定。在处理过程中，它会分解为多种特性不佳的水解产物。将其掺入基因组后，这种水解不稳定性会产生无碱基位点。因此，很难剖析化合物的活性是由DNMT抑制引起的还是更普遍地由DNA损伤的形成引起的。我们现在发现，脱核版本的AzadC（其中核糖氧被CH2基团取代）在各种pH值下都非常稳定，同时保持了针对DNMT的活性。

  DOI：

  10.1002/anie.201904794
• 作为产物：
  描述：

  溴甲苯 、 tert-butyl [(1R,3S,4R)-3-hydroxy-4-(hydroxymethyl)cyclopentyl]carbamate 在 sodium hydride 作用下， 以 N,N-二甲基甲酰胺 、 mineral oil 为溶剂， 反应 3.75h， 以61%的产率得到tert-butyl-N-[(1R,3S,4R)-3-benzyloxy-4-(benzyloxymethyl)-cyclopentyl]carbamate
  参考文献：
  名称：

  用水解稳定的碳环5-Aza-2'-脱氧胞苷影响表观遗传信息。

  摘要：

  5-Aza-2'-脱氧胞苷（AzadC）在临床上是一种抗代谢物，可降低表观遗传修饰5-甲基-2'-脱氧胞苷（mdC）的水平。AzadC被掺入到增殖细胞的基因组中，在那里它抑制DNA甲基转移酶（DNMT），导致mdC减少​​。mdC丢失，mdC是基因上游启动子区域的转录沉默子，导致相应基因（包括抑癌基因）的重新激活，从而产生有益的作用。与AzadC相关的问题是该化合物水解不稳定。在处理过程中，它会分解为多种特性不佳的水解产物。将其掺入基因组后，这种水解不稳定性会产生无碱基位点。因此，很难剖析化合物的活性是由DNMT抑制引起的还是更普遍地由DNA损伤的形成引起的。我们现在发现，脱核版本的AzadC（其中核糖氧被CH2基团取代）在各种pH值下都非常稳定，同时保持了针对DNMT的活性。

  DOI：

  10.1002/anie.201904794

文献信息

• [EN] CARBOCYCLIC NUCLEOSIDE ANALOGUE<br/>[FR] ANALOGUE DE NUCLÉOSIDE CARBOCYCLIQUE
  申请人：UNIV MUENCHEN LUDWIG MAXIMILIANS

  公开号：WO2020245351A1

  公开（公告）日：2020-12-10

  The present invention relates to novel hydrolytically stable carbocyclic 5-aza-2-deoxycytidine and carbocyclic 5-aza-cytidine compounds and prodrugs thereof as hypomethylating agents.

  本发明涉及新型水解稳定的碳环5-aza-2-deoxycytidine和碳环5-aza-cytidine化合物及其前药，作为低甲基化剂。
• Synthesis and Conformational Analysis of Locked Carbocyclic Analogues of 1,3-Diazepinone Riboside, a High-Affinity Cytidine Deaminase Inhibitor
  作者：Olaf R. Ludek、Gottfried K. Schroeder、Chenzhong Liao、Pamela L. Russ、Richard Wolfenden、Victor E. Marquez

  DOI：10.1021/jo901127a

  日期：2009.8.21

  site. Nucleoside analogues where the leaving NH3 group is replaced by a proton and prevent conversion of the transition state to product are very potent inhibitors of the enzyme. However, stable carbocyclic versions of these analogues are less effective as the role of the ribose in facilitating formation of hydrated species is abolished. The discovery that a 1,3-diazepinone riboside (4) operated as a

  胞苷脱氨酶 (CDA) 通过由锌结合水在活性位点的亲核攻击产生的水合过渡态中间体催化胞苷脱氨。离开的NH 3基团被质子取代并防止过渡态转化为产物的核苷类似物是非常有效的酶抑制剂。然而，这些类似物的稳定碳环形式不太有效，因为核糖在促进水合物种形成方面的作用被取消。发现 1,3-二氮杂酮核苷 ( 4) 作为 CDA 的紧密结合抑制剂，独立于水合作用，为研究构建为构象锁定的碳环 1,3-二氮杂酮核苷的新型抑制剂提供了机会，以确定酶对特定形式的糖褶的构象偏好。这项工作描述了两个目标双环 [3.1.0] 己烷核苷的合成，锁定为北 ( 5 ) 和南 ( 6 ) 构象异构体，以及一个灵活的类似物 ( 7) 由环戊烷环构成。所有三个目标中的七元 1,3-二氮杂环酮环是通过闭环复分解由相应的苯甲酰基保护的碳环双烯丙基脲构建的。结果表明 CDA 对南糖褶皱的结合偏好与结合在活性位点的其他 CDA 抑制剂的高分辨率晶体结构一致。
• CARBOCYCLIC NUCLEOSIDE ANALOGUE
  申请人：Ludwig-Maximilians-Universität München

  公开号：EP3747872A1

  公开（公告）日：2020-12-09

  The present invention relates to a novel hydrolytically stable carbocyclic 5-Aza-2-deoxycytidine as a hypomethylating agent.

  本发明涉及一种作为低甲基化剂的新型水解稳定碳环 5-氮杂-2-脱氧胞苷。
• Influencing Epigenetic Information with a Hydrolytically Stable Carbocyclic 5‐Aza‐2′‐deoxycytidine
  作者：Thomas M. Wildenhof、Sarah Schiffers、Franziska R. Traube、Peter Mayer、Thomas Carell

  DOI：10.1002/anie.201904794

  日期：2019.9.9

  tumor-suppressor genes, which elicits a beneficial effect. The problem associated with AzadC is that the compound is hydrolytically unstable. It decomposes during treatment to a variety of poorly characterized hydrolysis products. After its incorporation into the genome, this hydrolytic instability generates abasic sites. It is consequently difficult to dissect whether the activity of the compound is

  5-Aza-2'-脱氧胞苷（AzadC）在临床上是一种抗代谢物，可降低表观遗传修饰5-甲基-2'-脱氧胞苷（mdC）的水平。AzadC被掺入到增殖细胞的基因组中，在那里它抑制DNA甲基转移酶（DNMT），导致mdC减少​​。mdC丢失，mdC是基因上游启动子区域的转录沉默子，导致相应基因（包括抑癌基因）的重新激活，从而产生有益的作用。与AzadC相关的问题是该化合物水解不稳定。在处理过程中，它会分解为多种特性不佳的水解产物。将其掺入基因组后，这种水解不稳定性会产生无碱基位点。因此，很难剖析化合物的活性是由DNMT抑制引起的还是更普遍地由DNA损伤的形成引起的。我们现在发现，脱核版本的AzadC（其中核糖氧被CH2基团取代）在各种pH值下都非常稳定，同时保持了针对DNMT的活性。