[(2R,3S,5R)-3-羟基-5-(5-碘-2,4-二氧代嘧啶-1-基)四氢呋喃-2-基]甲基(羟基-膦酰氧基磷酰)磷酸氢酯 | 3731-55-3

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘧啶核苷酸
• 中文名称: [(2R,3S,5R)-3-羟基-5-(5-碘-2,4-二氧代嘧啶-1-基)四氢呋喃-2-基]甲基(羟基-膦酰氧基磷酰)磷酸氢酯
• 英文名称: 8-iodo-2'-deoxyuridine-5'-O-triphosphate
• 英文别名: 5-iodo-2'-deoxyuridine 5'-triphosphate；5-iodo-2'-deoxyuridine-5'-triphosphate；5-iododideoxyuridine 5'-triphosphate；2'-deoxy-5-iodouridine triphosphate；5-iodo-dUTP；triphosphoric acid 1-(5-iodo-2'-deoxy-uridin-5'-yl) ester；5-Iodo-2'-deoxyuridine triphosphate；[hydroxy-[[(2R,3S,5R)-3-hydroxy-5-(5-iodo-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy]phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate
• CAS: 3731-55-3
• 化学式: C₉H₁₄IN₂O₁₄P₃
• 分子量: 594.041
• InChiKey: ZWDWDTXYXXJLJB-RRKCRQDMSA-N

物化性质

• 密度：
  2.35±0.1 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -4.8
• 重原子数：
  29
• 可旋转键数：
  8
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.56
• 拓扑面积：
  239
• 氢给体数：
  6
• 氢受体数：
  14

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  炔丙胺 、 [(2R,3S,5R)-3-羟基-5-(5-碘-2,4-二氧代嘧啶-1-基)四氢呋喃-2-基]甲基(羟基-膦酰氧基磷酰)磷酸氢酯 在 copper(l) iodide 、 四(三苯基膦)钯 、 三乙胺 、 sodium perchlorate 作用下， 以 N,N-二甲基甲酰胺 、 水 、 丙酮 为溶剂， 反应 4.0h， 以85%的产率得到5-(3-aminopropargyl)-2'-deoxyuridine-5'-triphosphate sodium salt
  参考文献：
  名称：

  5-碘碘-5'-三磷酸与炔丙基胺的高化学选择性钯催化的Sonogashira偶联：一种合成5-氨基炔丙基-尿苷-5'-三磷酸的有效新方法

  摘要：

  描述了5-碘尿苷-5'-三磷酸与炔丙基胺的有效钯催化的Sonogashira偶联。催化反应具有高度的化学选择性，可以高纯度（> 99.8％）的高收率仅提供5-氨基炔丙基-尿苷-5'-三磷酸酯。

  DOI：

  10.1016/j.tetlet.2012.04.023
• 作为产物：
  描述：

  2-脱氧尿苷 在 磷酸三甲酯 、 碘 、 1,8-双二甲氨基萘 、 silver nitrate 、 三氯氧磷 作用下， 以 甲醇 为溶剂， 反应 3.08h， 生成 [(2R,3S,5R)-3-羟基-5-(5-碘-2,4-二氧代嘧啶-1-基)四氢呋喃-2-基]甲基(羟基-膦酰氧基磷酰)磷酸氢酯
  参考文献：
  名称：

  多种大小的方法可将高度荧光的非天然核苷酸掺入并延伸到DNA中。

  摘要：

  我们准备了一系列大小不一的非天然核苷酸，它们均基于荧光（dApyrTP，dUpyrTP，dUantTP，dUthiTP）和淬灭（dUazoTP）单元，以及具有小的官能团（dAethTP，dAoctTP，dUethTP，dUiodTP）的核苷酸。脱氧腺苷和脱氧尿苷，并检查了它们在酶促掺入和扩展到DNA中的适用性。我们观察到引物延伸过程中掺入和延伸能力的大小依赖性（遵循dUiodTP = dUethTP = dUthiTP> dUazoTP> dUpyrTP> dUantTP的顺序）。该结果得到圆二色性（CD）光谱的支持，圆二色性光谱揭示了不同B型DNA结构的趋势，该结构取决于脱氧尿苷5位单元的大小（dUiodTP> dUethTP> dUthiTP> dUpyrTP）。从PCR产物。有趣的是，dUthiTP可以在引物延伸甚至PCR扩增过程中掺入并延伸到长DNA链中，CD光谱证实了稳定的二级B

  DOI：

  10.1016/j.bmc.2017.03.045

文献信息

• [EN] LIPIDIC COMPOUNDS COMPRISING AT LEAST ONE TERMINAL RADICAL OF FORMULA -NH-CX-A OR -NH-CX-NH-A, COMPOSITIONS CONTAINING THEM AND USES THEREOF<br/>[FR] COMPOSÉS LIPIDIQUES COMPRENANT AU MOINS UN RADICAL TERMINAL DE FORMULE -NH-CX-A OU -NH-CX-NH-A, COMPOSITIONS LES CONTENANT ET LEURS UTILISATIONS
  申请人：SANOFI PASTEUR

  公开号：WO2022013443A1

  公开（公告）日：2022-01-20

  The disclosure relates to novel lipidic compounds, lipid nanoparticles (LNPs) containing thereof, and the use of the lipidic compounds or the LNPs for the delivery of nucleic acid. The lipidic compounds as disclosed herein comprise at least one terminal radical of formula (I): *-NH-CX-(NH)n-A (I) wherein: - *- represents a single bond linking said radical of formula (I), directly or not, to to one C10 to C55 lipophilic or hydrophobic tail-group; - n is 0 or 1; - X is an oxygen or sulfur atom, and - A represents an optionally substituted 5- or 6-membered unsaturated heterocyclic radical or 5- or 6-membered heteroaromatic ring radical, both containing at least one nitrogen atom; or one of the pharmaceutically acceptable salts of said radical of formula (I); and with said compound that is in all the possible racemic, enantiomeric and diastereoisomeric isomer forms.

  该披露涉及新型脂质化合物，含有该脂质化合物的脂质纳米颗粒（LNPs），以及利用该脂质化合物或LNPs用于传递核酸。所述的脂质化合物至少包括一个式（I）的末端基团：*-NH-CX-(NH)n-A（I）其中：- *-代表连接所述式（I）的基团的单键，直接或间接地，连接到一个C10至C55的亲脂性或疏水性尾基团；- n为0或1；- X为氧或硫原子，- A代表一个可选择地取代的含有至少一个氮原子的5-或6-成员不饱和杂环基团或5-或6-成员杂芳环基团；或所述的式（I）基团的药学上可接受的盐之一；以及与所述化合物一起，以所有可能的外消旋、对映异构体和顺反异构体形式存在。
• [EN] CLEAVABLE LIPIDIC COMPOUNDS, COMPOSITIONS CONTAINING THEREOF, AND USES THEREOF<br/>[FR] COMPOSÉS LIPIDIQUES CLIVABLES, COMPOSITIONS LES CONTENANT ET UTILISATIONS ASSOCIÉES
  申请人：SANOFI PASTEUR

  公开号：WO2022013439A1

  公开（公告）日：2022-01-20

  The disclosure relates to novel lipidic compounds, method of manufacturing lipid nanoparticles (LNPs) containing thereof, lipid nanoparticles (LNPs) containing thereof, and the use of the LNPs for the delivery of nucleic acid. The lipidic compounds as disclosed herein is a cleavable lipidic compound comprising at least one terminal radical of formula (I): Y-(CHR)n-Z-(CHR')p-Q * (I) wherein: - * is the end linked, directly or not, to one C10 to C55 lipophilic or hydrophobic tail-group; - Y is a radical selected in the group consisting of methyl, methoxy, trifluoromethyl, imidazolyl, or is one hydrogen; - Z is a radical -NH-CH2-CO-O-** or a radical -CR''(NH2)-CO-O-** with ** that is the end closest to Q and R'' that is selected in the group consisting of hydrogen, methyl radical and trifluoromethyl radical; - Q is a radical -NH-CH2-CO-O-*** or a radical -CR''(NH2)-CO-O-*** with R'' selected in the group consisting of hydrogen, methyl radical and trifluoromethyl radical and *** that is the end linked, directly or not, to said lipophilic or hydrophobic tail-group; - R et R' are, independently one from the other, one hydrogen, one methyl radical or one trifluoromethyl radical; - n et p are independently one from the other 0, 1 or 2; or one of its pharmaceutically acceptable salts and with said compound being in all the possible racemic, enantiomeric and diastereoisomeric isomer forms.

  该披露涉及新型脂质化合物，制造含有脂质纳米颗粒（LNPs）的方法，含有脂质纳米颗粒（LNPs），以及将LNPs用于传递核酸。所述的脂质化合物是一种可切割的脂质化合物，包括至少一个式（I）的末端基团：Y-(CHR)n-Z-(CHR')p-Q *（I）其中：- *是末端连接的，直接或间接连接到一个C10至C55的亲脂性或疏水性尾基团；- Y是在甲基，甲氧基，三氟甲基，咪唑基中选择的基团，或是一个氢原子；- Z是一个基团-NH-CH2-CO-O-**或一个基团-CR''(NH2)-CO-O-**，其中**是最接近Q的末端，R''在氢原子，甲基基团和三氟甲基基团中选择；- Q是一个基团-NH-CH2-CO-O-***或一个基团-CR''(NH2)-CO-O-***，其中R''在氢原子，甲基基团和三氟甲基基团中选择，***是直接或间接连接到所述亲脂性或疏水性尾基团的末端；- R和R'是彼此独立的氢原子，甲基基团或三氟甲基基团；- n和p是彼此独立的0、1或2；或其药用可接受的盐，所述化合物以所有可能的外消旋、对映异构体和顄对映异构体形式存在。
• Rigid, Conjugated, Fluoresceinated Thymidine Triphosphates: Syntheses and Polymerase Mediated Incorporation into DNA Analogues
  作者：Lars H. Thoresen、Guan-Sheng Jiao、Wade C. Haaland、Michael L. Metzker、Kevin Burgess

  DOI：10.1002/chem.200304944

  日期：2003.10.6

  increases with length, so does the intensity of the fluorescein emission. A gel assay was used to gauge relative incorporation efficiencies of compounds 1-3, dTTP, ddTTP, and 6-TAMRA-ddTTP. Throughout, the thermostable polymerase TaqFS was used, as it is the one most widely applied in high throughput DNA sequencing. This assay showed that only compounds 3 were incorporated efficiently; these have the longest

  描述了一组独特的能量转移染料标记的三磷酸核苷化合物1-3的合成。只有在将染料偶联至核碱基之前进行了三磷酸化反应，才能成功制备这些化合物，而反之则没有。将化合物制备为2'-脱氧（a）和2'，3'-二脱氧-（b）形式。它们具有连接核碱基和羟吨蒽酮部分的逐渐更长的刚性共轭接头。亲本核苷12-14的UV光谱表明，随着接头长度的增加，供体在320-330nm区域的吸收也增加，但是最大值的红移相对较小。相同化合物的荧光光谱表明，在320-330 nm范围内的辐射导致荧光素的主要发射。当在320 nm处辐照连接子时，观察到的唯一显着发射峰对应于520 nm处分子的羟基黄酮部分；这对应于200 nm的有效斯托克斯位移。随着接头在320-330 nm处的吸收随长度增加，荧光素发射的强度也随之增加。凝胶测定法用于测定化合物1-3，dTTP，ddTTP和6-TAMRA-ddTTP的相对掺入效率。在整个过程中，使
• LIPID NANOPARTICLE MRNA VACCINES
  申请人：CureVac AG

  公开号：US20200163878A1

  公开（公告）日：2020-05-28

  The invention relates to mRNA comprising lipid nanoparticles and their medical uses. The lipid nanoparticles of the present invention comprise a cationic lipid according to formula (I), (II) or (III) and/or a PEG lipid according to formula (IV), as well as an mRNA compound comprising an mRNA sequence encoding an antigenic peptide or protein. The invention further relates to the use of said lipid nanoparticles as vaccines or medicaments, in particular with respect to influenza or rabies vaccination.

  该发明涉及包含脂质纳米粒子的mRNA及其医药用途。本发明的脂质纳米粒子包括根据化学式(I)、(II)或(III)的阳离子脂质和/或根据化学式(IV)的PEG脂质，以及包含编码抗原肽或蛋白质的mRNA序列的mRNA化合物。该发明还涉及将所述脂质纳米粒子用作疫苗或药物，特别是针对流感或狂犬病疫苗接种。
• A New Efficient Stereoselective Method for the Synthesis of (<i>E</i>)-5-Aminoallyl-Pyrimidine-5′-Triphosphates Using Palladium-Catalyzed Heck Reaction
  作者：Anilkumar R. Kore、Annamalai Senthilvelan、Muthian Shanmugasundaram、David Sandoval、Andrew Pardo

  DOI：10.1080/15257770.2014.978013

  日期：2015.3.4

  An efficient overall two-step strategy for the synthesis of (E)-5-aminoallyl-pyrimidine-5′-triphoshate, starting from commercially available pyrimidine-5′-triphosphate is described. The method involves regioselective iodination of pyrimidine-5′-triphosphate, followed by the palladium-catalyzed Heck coupling with allylamine. The catalytic reaction is highly stereoselective and compatible with many functional

  描述了一种从商业上可获得的嘧啶-5'-三磷酸酯开始合成（E）-5-氨基烯丙基-嘧啶-5'-三磷酸酯的有效的总体两步策略。该方法包括嘧啶-5'-三磷酸的区域选择性碘化，然后钯催化的Heck与烯丙胺的偶联。催化反应是高度立体选择性的，并且与反应物中存在的许多官能团相容。